Transcriptie-complex

Moderator: ArcherBarry

Reageer

Bericht 05-09-'12, 11:52

Cura

Gebruikersavatar
Berichten: 2.973

Transcriptie-complex

Naar aanleiding van volgende dia vraag ik me af welke onderdelen nu precies onder het transcriptie-complex behoren.

Daar waar het rechterblokje naar wijst (gele wormpje) is volgens mij niet het gehele complex, aangezien dit AP-1 is, en dus een transcriptie-factor. Wat ik wel voor mogelijk acht is dat de transcriptie-factor een onderdeel is van het transcriptie-complex, aangezien AP-1 op een specifiek stukje DNA gaat zitten dat daarna getranscribeerd wordt.

Het bruin/groene klompje is de RNA-polymerase II, dat niet tot het complex kan behoren omdat het er juist door wordt gepositioneerd. Het blauwe klompje heb ik nog niet weten te plaatsen. Verder zweven er ook nog wat fosfaatgroepen rond.

Wat valt er dus onder het transcriptie-complex? Het blauwe klompje + AP-1 + fosfaatgroepen?

Afbeelding
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
Omhoog

Bericht 05-09-'12, 18:16

Kravitz

Gebruikersavatar
Berichten: 3.963

Re: Transcriptie-complex

Ik vind het eerlijk gezegd niet zo'n fantastische figuur :) .

Normaal gezien rekruteert een transcriptie factor (sigma bij bacteriën, TBP bij de mens) het RNA polymerase ter hoogte van de promotor. Nu is het zo dat die promotor gereguleerd wordt door een operator, dat is een stukje DNA dat voor de promotor gelegen is en waar regulatorische eiwitten kunnen binden. Afhankelijk van de eiwitten die wel of niet binden zal de transcriptie geactiveerd of gerepresseerd worden.


Afbeelding
Die lus in het DNA zit dus vol met eiwitten die betrekking hebben op de regulatie van het RNA polymerase. Verder mag je ook niet vergeten dat je DNA niet zomaar in een lusje gaat liggen, daar heb je ook de juiste eiwitten voor nodig.

Verborgen inhoud
In jouw figuur ziet die lus er gigantisch uit, het lijkt wel alsof ze die hebben aangepast zodat hun tekstballonnetje er mooi inpaste ;)
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
Omhoog

Bericht 06-09-'12, 09:10

Cura

Gebruikersavatar
Berichten: 2.973

Re: Transcriptie-complex

Bedankt voor je reactie!

Als ik een mengelmoes maak van jouw- en mijn figuur + de informatie die ik inmiddels verzameld heb dan hoop ik dat ik de onderdelen in beide figuren nu snap:

Jouw plaatje:

De activatoren stellen een transcriptie-factor voor, aangezien deze verbonden zijn met een enhancer region (geen idee hoe je dit in normaal Nederlands zegt) en met de co-activatoren.

De repressor (paarse klompje) bepaalt in welke enhancer region de transcriptie-factor zal binden. Kan de repressor dan bijvoorbeeld het JNK-eiwit zijn?

Mijn plaatje:

Rode wormpje is TATA-bindingseiwit.

Blauwe klompje is transcriptie-complex, globaal bestaande uit: co-actvitatoren en stukje TATA-bindingseiwit.

Die lus in het DNA zit dus vol met eiwitten die betrekking hebben op de regulatie van het RNA polymerase. Verder mag je ook niet vergeten dat je DNA niet zomaar in een lusje gaat liggen, daar heb je ook de juiste eiwitten voor nodig.
Ok, dat moet ik dan nog even uitwerken...is het iets 'belangrijks' of erg specifieke informatie? Ik heb namelijk de neiging om het allemaal uit te diepen, maar dat is niet helemaal de bedoeling aangezien ik globaal de biochemie moet kunnen volgen. (Ik vind het echter een leuk onderdeel in de geneeskunde :) )

Verborgen inhoud

In jouw figuur ziet die lus er gigantisch uit, het lijkt wel alsof ze die hebben aangepast zodat hun tekstballonnetje er mooi inpaste ;)
Hahaha :P
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
Omhoog

Bericht 06-09-'12, 18:23

Cura

Gebruikersavatar
Berichten: 2.973

Re: Transcriptie-complex

Ik ben er inmiddels achter wat de blauwe klomp is: TFIID, een algemene transcriptie-factor. De gele sliert die er linksonder aan vast zit is dan TBP. Volgens mij heb ik het nu op een rijtje!
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
Omhoog

Bericht 07-09-'12, 12:20

Kravitz

Gebruikersavatar
Berichten: 3.963

Re: Transcriptie-complex

Pectus schreef: ↑do 06 sep 2012, 09:10
Jouw plaatje:

De activatoren stellen een transcriptie-factor voor, aangezien deze verbonden zijn met een enhancer region (geen idee hoe je dit in normaal Nederlands zegt) en met de co-activatoren.
Klopt!
De repressor (paarse klompje) bepaalt in welke enhancer region de transcriptie-factor zal binden.
Een transcriptiefactor is eigenlijk een algemene term voor alle eiwitten die betrokken zijn bij de regulatie van transcriptie, een repressor is dus ook een transcriptiefactor.

Verder kan een repressor de binding van activatoren verhinderen, maar dit is niet noodzakelijk. Het doel van een repressor is simpelweg de transcriptie inhiberen en dat kan op verschillende manieren gebeuren. Zoals gezegd kan je de bindingsplaatsen van activatoren blokkeren, maar effectiever is bijv. om de bindingsplaats van RNA polymerase te blokkeren.
Kan de repressor dan bijvoorbeeld het JNK-eiwit zijn?
JNK is een stress gerelateerd eiwit hé? Dat kan, maar het zou evengoed een ander eiwit of een secundaire boodschapper (bijv. cAMP) kunnen zijn.

Welke manier van repressie of activatie gebuikt wordt is afhankelijk van operon tot operon.
Mijn plaatje:

Rode wormpje is TATA-bindingseiwit.

Blauwe klompje is transcriptie-complex, globaal bestaande uit: co-actvitatoren en stukje TATA-bindingseiwit.
Ik denk dat je ondertussen dit filmpje hebt gezien, maar voor de zekerheid wou ik het toch nog even meegeven. Het hoort bij je plaatje.
Ok, dat moet ik dan nog even uitwerken...is het iets 'belangrijks' of erg specifieke informatie?
Goh, belangrijk en specifiek... hierboven staan ook enkele erg specifieke zaken. Het is belangrijk om te beseffen dat die lus daar niet zomaar komt, om DNA te buigen heb je DNA buigende eiwitten nodig, welke die nu precies zijn doe er eigenlijk niet zoveel toe.
Ik heb namelijk de neiging om het allemaal uit te diepen, maar dat is niet helemaal de bedoeling aangezien ik globaal de biochemie moet kunnen volgen. (Ik vind het echter een leuk onderdeel in de geneeskunde :) )
Het is een heel interessant onderwerp, maar of je moleculaire details voor een globaal vak biochemie moet kennen weet ik niet. In principe is moleculaire biologie een ander vak dan biochemie. (Dat wil ook zeggen dat er nog héél veel uit te diepen is ;) .)
Pectus schreef: ↑do 06 sep 2012, 18:23
Ik ben er inmiddels achter wat de blauwe klomp is: TFIID, een algemene transcriptie-factor. De gele sliert die er linksonder aan vast zit is dan TBP. Volgens mij heb ik het nu op een rijtje!
Ok, uit het filmpje ;) ?
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
Omhoog

Bericht 07-09-'12, 13:09

Cura

Gebruikersavatar
Berichten: 2.973

Re: Transcriptie-complex

Kravitz schreef: ↑vr 07 sep 2012, 12:20
Een transcriptiefactor is eigenlijk een algemene term voor alle eiwitten die betrokken zijn bij de regulatie van transcriptie, een repressor is dus ook een transcriptiefactor.

Verder kan een repressor de binding van activatoren verhinderen, maar dit is niet noodzakelijk. Het doel van een repressor is simpelweg de transcriptie inhiberen en dat kan op verschillende manieren gebeuren. Zoals gezegd kan je de bindingsplaatsen van activatoren blokkeren, maar effectiever is bijv. om de bindingsplaats van RNA polymerase te blokkeren.
Ofwel: de transcriptie-factor is een belangrijk element binnen de genexpressie. Alleen: waarom is dan het effectiever om de bindingsplaats van RNA-polymerase te blokkeren dan dat van de activatoren?

In beide gevallen zal de transcriptie toch niet verlopen?!
Verborgen inhoud
Ik weet overigens niet of ik het goed interpreteer als ik bij een activator hetzelfde beeld heb als bij een transcriptie-factor...in beide gevallen gaat het om bindings-eiwitten, maar ik zie nergens staan dat het wel/geen synoniem aan elkaar is.

Ik denk dat je ondertussen dit filmpje hebt gezien, maar voor de zekerheid wou ik het toch nog even meegeven. Het hoort bij je plaatje.
Ja, ik heb de hele site inmiddels doorgespit! ;)
Het is belangrijk om te beseffen dat die lus daar niet zomaar komt, om DNA te buigen heb je DNA buigende eiwitten nodig, welke die nu precies zijn doe er eigenlijk niet zoveel toe.
Ok!

Het is een heel interessant onderwerp, maar of je moleculaire details voor een globaal vak biochemie moet kennen weet ik niet. In principe is moleculaire biologie een ander vak dan biochemie. (Dat wil ook zeggen dat er nog héél veel uit te diepen is ;) .)
Nuja, het is een combi van biochemie en moleculaire biologie. Het onderwijssysteem dat ze op m'n uni geven is echter heel veel zelf doen en uitzoeken. Erg fijn, alleen is het lastig om in te schatten hoe diep je iets moet uitwerken.

Ok, uit het filmpje ;) ?
Haha, ja! :lol:
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
Omhoog

Bericht 07-09-'12, 14:15

Kravitz

Gebruikersavatar
Berichten: 3.963

Re: Transcriptie-complex

Pectus schreef: ↑vr 07 sep 2012, 13:09
Ofwel: de transcriptie-factor is een belangrijk element binnen de genexpressie. Alleen: waarom is dan het effectiever om de bindingsplaats van RNA-polymerase te blokkeren dan dat van de activatoren?

In beide gevallen zal de transcriptie toch niet verlopen?!
Neen, toch niet. Wanneer je de bindingsplaats van het polymerase gaat blokkeren kan transcriptie onmogelijk doorgaan. Wanneer je daarentegen een activator gaat blokkeren kan het polymerase wel nog binden en zal er transcriptie doorgaan. Weliswaar op een veel lager pitje dan met activatoren.

Je kan het een beetje als volgt omschrijven: die activatoren helpen het RNA polymerase zodat het goed op het DNA gaat zitten en mooi van start kan gaan. Die hulp maakt het voor het polymerase veel gemakkelijker en zal de transcriptie sterk ten goede komen. Soms echter slaagt het RNA polymerase er ook in om zonder hulp de hele klus te klaren, dat zorgt dan voor een kleine, maar niet onbelangrijke, basis-expressie.

Ken je het Lac operon in E. Coli? Dat wordt geactiveerd door cAMP (CAP-eiwit) en gerepresseerd afhankelijk van de hoeveelheid lactose. Dit filmpje legt o.a. de repressie uit, onderstaande afbeelding legt de volledige regulatie uit.


Afbeelding
Verborgen inhoud
Ik weet overigens niet of ik het goed interpreteer als ik bij een activator hetzelfde beeld heb als bij een transcriptie-factor...in beide gevallen gaat het om bindings-eiwitten, maar ik zie nergens staan dat het wel/geen synoniem aan elkaar is.
Sigma of AP-1 is een transcriptiefactor, een activator is een transcriptiefactor en een repressor kan je ook zien als een transcriptiefactor, maar een activator is geen repressor en zeker geen AP-1.
Ja, ik heb de hele site inmiddels doorgespit! ;)
Ja, het is zeker een goeie site!
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
Omhoog

Bericht 07-09-'12, 17:22

Cura

Gebruikersavatar
Berichten: 2.973

Re: Transcriptie-complex

Kravitz schreef: ↑vr 07 sep 2012, 14:15
[...]maar een activator is geen repressor en zeker geen AP-1.


Maar ehm, AP-1 staat toch juist voor activator proteïn 1...dus hoe kan het dan dat een activator zeker geen AP-1 kan zijn? 8-[
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
Omhoog

Bericht 07-09-'12, 21:55

Kravitz

Gebruikersavatar
Berichten: 3.963

Re: Transcriptie-complex

Euhm ja, je hebt helemaal gelijk.

Ik weet niet waar ik het haalde, maar ik verwarde AP-1 met TBP. De afkortingen zijn nochtans duidelijk... :oops:

AP-1 is inderdaad een activator. TBP is de eukaryotische variant van de sigma-factor die het RNA polymerase zal rekruteren.

Wat ik bedoelde was dat beide factoren betrekking hebben op de transcriptie en dus transcriptiefactoren genoemd worden, toch hebben ze een verschillende functie.

Excuses voor de verwarring.
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
Omhoog

Bericht 07-09-'12, 22:41

Cura

Gebruikersavatar
Berichten: 2.973

Re: Transcriptie-complex

Kravitz schreef: ↑vr 07 sep 2012, 21:55
Wat ik bedoelde was dat beide factoren betrekking hebben op de transcriptie en dus transcriptiefactoren genoemd worden, toch hebben ze een verschillende functie.
Hartstikke bedankt voor je input, het is me een stuk duidelijker geworden! :)

Excuses voor de verwarring.
Geen probleem, het houdt me scherp! ;)
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
Omhoog

Bericht 08-09-'12, 16:28

Kravitz

Gebruikersavatar
Berichten: 3.963

Re: Transcriptie-complex

Graag gedaan!
Pectus schreef: ↑vr 07 sep 2012, 22:41
Geen probleem, het houdt me scherp! ;)
Mij ook :P
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
Omhoog
Reageer

Terug naar “Moleculaire biologie en biochemie”