Posttranslationele modificatie

Moderator: ArcherBarry

Reageer

Bericht 10-10-'12, 12:35

Cura

Gebruikersavatar
Berichten: 2.973

Posttranslationele modificatie

Oefenvraag:

Fosforylering is een vorm van posttranslationele modificatie. In figuur 3 (zie hieronder) zijn een viertal aminozuren weergegeven. Welk van de gegeven aminozuren in een interne peptide sequentie is een mogelijk substraat voor fosforylering?

A. Alanine

B. Phenylalanine

C. Serine

D. Leucine
2012-10-10 12.25.01.jpg
2012-10-10 12.25.01.jpg (58.28 KiB) 693 keer bekeken
Ik weet dat een posttranslationele modificatie een eiwitverandering is, na de synthese (tijdens de translatie). Er kunnen dan allerlei groepen aan het eiwit zijn gebonden, zoals fosfaatgroepen, suikergroepen etc.

Maar ik weet niet hoe ik verder moet redeneren om tot het juiste antwoord te komen...

Zo weet ik niet wat ze precies bedoelen met een interne peptide, hoe ik dat aan de molecuulformule kan zien en op welke manier ik dat kan reflecteren aan de vraag en antwoordopties.
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
Omhoog

Bericht 10-10-'12, 15:07

Kravitz

Gebruikersavatar
Berichten: 3.963

Re: Posttranslationele modificatie

Pectus schreef: ↑wo 10 okt 2012, 12:35
Zo weet ik niet wat ze precies bedoelen met een interne peptide
Je beschouwt eigenlijk een polypeptide met daarin (intern) een alanine, fenylalanine, serine of leucine residu. Op die manier verdwijnen er heel wat reactieve groepen. Zie je wat er overblijft? Of m.a.w. waar fosforylatie mogelijk is?
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
Omhoog

Bericht 10-10-'12, 15:15

Cura

Gebruikersavatar
Berichten: 2.973

Re: Posttranslationele modificatie

Kravitz schreef: ↑wo 10 okt 2012, 15:07
Op die manier verdwijnen er heel wat reactieve groepen.
Hmm, dat heb ik nog niet helemaal door. Hoe verdwijnen er groepen als alanine, fenylalanine, serine of leucine in een peptide zitten... 8-[

Ik weet wel dat voor fosforylering OH-groepen nodig zijn, waardoor optie D (Leucine) al afvalt.
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
Omhoog

Bericht 10-10-'12, 18:09

Kravitz

Gebruikersavatar
Berichten: 3.963

Re: Posttranslationele modificatie

Pectus schreef: ↑wo 10 okt 2012, 15:15
Hmm, dat heb ik nog niet helemaal door. Hoe verdwijnen er groepen als alanine, fenylalanine, serine of leucine in een peptide zitten... 8-[
Een aminofunctie en een carboxylfunctie zijn reactief. Teken eens een tripeptide van bijv. Gly-Ala-Ser en kijk eens naar alanine, valt je iets op?
Verborgen inhoud
Tekenen of neerschrijven met symbolen is ook goed hoor, iets als H3N+-CH(H)-.... is eigenlijk al voldoende.

Ik weet wel dat voor fosforylering OH-groepen nodig zijn, waardoor optie D (Leucine) al afvalt.
Dat is sowieso al goed ;) .
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
Omhoog

Bericht 11-10-'12, 16:56

Cura

Gebruikersavatar
Berichten: 2.973

Re: Posttranslationele modificatie

Kravitz schreef: ↑wo 10 okt 2012, 18:09
Teken eens een tripeptide van bijv. Gly-Ala-Ser en kijk eens naar alanine, valt je iets op?
Ehm, dan zou ik op het volgende uitkomen (de golftekentjes even niet meegetekend):
2012-10-11 16.56.46.jpg
2012-10-11 16.56.46.jpg (48.08 KiB) 683 keer bekeken
Ik zie niets bijzonders, behalve dat uiteraard alle drie de aminozuren een wat andere structuurformule krijgen door de samenvoeging en er daarbij 2H2O ontstaat.

Alanine los is: C3O2NH7

Bij reactie: C3ONH5

Ofwel: er is een H2O verdwenen...zoals al in m'n tekening zichtbaar was.
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
Omhoog

Bericht 11-10-'12, 20:09

Kravitz

Gebruikersavatar
Berichten: 3.963

Re: Posttranslationele modificatie

Je hebt wat aparte aminozuren, je mist een koolstofatoom met zijketen bij glycine en ook bij serine...


Gly-Ala-Ser.png
Gly-Ala-Ser.png (50.38 KiB) 683 keer bekeken
De bedoeling van die tekening was om te kijken naar het middelste aminozuur (hier alanine) en dit te vergelijken met de losse toestand. Zoals je in de figuur ziet wordt er een peptidebinding (het zwarte lijntje) gevormd tussen Gly-Ala en Ala-Ser. Daarbij komt, zoals je al aanhaalde, steeds een watermolecule vrij.

Verder zie je dat de aminogroep van alanine vast zit in die peptidebinding, hetzelfde geldt voor de carboxylgroep achteraan.

Dit wetende, denk je dan dat aminogroep en/of de carboxylgroep gebruikt kan worden voor posttranslationele modificatie? Wat zou er dan wel gebruikt kunnen worden?
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
Omhoog

Bericht 13-10-'12, 13:28

Cura

Gebruikersavatar
Berichten: 2.973

Re: Posttranslationele modificatie

Kravitz schreef: ↑do 11 okt 2012, 20:09
Je hebt wat aparte aminozuren, je mist een koolstofatoom met zijketen bij glycine en ook bij serine...
Oeps... :oops:
Kravitz schreef: ↑do 11 okt 2012, 20:09
Dit wetende, denk je dan dat aminogroep en/of de carboxylgroep gebruikt kan worden voor posttranslationele modificatie? Wat zou er dan wel gebruikt kunnen worden?
De OH-groep van serine...?
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
Omhoog

Bericht 13-10-'12, 17:49

Typhoner

Gebruikersavatar
Berichten: 2.455

Re: Posttranslationele modificatie

Pectus schreef: ↑za 13 okt 2012, 13:28
De OH-groep van serine...?
jep.

In essentie bevat elk aminozuur een OH-groep (in het carbonzuurstuk), maar die verdwijnen bij het vormen van de peptidebinding. Serine heeft er dan nog eentje over (kort door de bocht natuurlijk, gezien een OH van COOH wel verschilt van een OH die apart staat).
This is weird as hell. I approve.
Omhoog

Bericht 13-10-'12, 17:59

Cura

Gebruikersavatar
Berichten: 2.973

Re: Posttranslationele modificatie

Ok, ik heb het weer op een rijtje! :)

Bedankt beide!
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)
Omhoog

Bericht 14-10-'12, 11:34

Kravitz

Gebruikersavatar
Berichten: 3.963

Re: Posttranslationele modificatie

Om diezelfde reden (een vrije OH-groep op de zijketen) zijn threonine en tyrosine ook twee typische substraten voor fosforylatie.
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill
Omhoog
Reageer

Terug naar “Moleculaire biologie en biochemie”