Sanger sequention

Moderator: ArcherBarry

Reageer
Gebruikersavatar
Berichten: 2.973

Sanger sequention

Schermafdruk-35.jpg
Schermafdruk-35.jpg (87.08 KiB) 501 keer bekeken


Ik begrijp nog niet helemaal waarom het kleinste stukje het diepst (meest naar beneden) in de gel beland, aangezien ik juist zou verwachten dat de strand met de meeste nucleotiden dit zal doen vanwege een groter gewicht. Hoe zit dit?
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)

Gebruikersavatar
Berichten: 2.455

Re: Sanger sequention

Het heeft iig niets met zwaartekracht te maken, het maakt niet zo uit of het ding horizontaal ligt of niet.

De scheiding gebeurt met gelelektroforese: lichte stukjes zijn mobieler dan zware en gaan dus sneller bewegen.
This is weird as hell. I approve.

Gebruikersavatar
Berichten: 2.973

Re: Sanger sequention

Typhoner schreef: za 20 okt 2012, 13:27
De scheiding gebeurt met gelelektroforese: lichte stukjes zijn mobieler dan zware en gaan dus sneller bewegen.


Ik weet wat gelelektroforese inhoudt, maar vind het principe wat vaag van de deeltjes. Mag ik het dan een beetje vergelijken met massaspectrometrie, in de zin dat de zwaarste deeltjes het eerste tegen die plaat aankomen en de lichtere deeltjes nog even door schieten vooraleer tegen de plaat te botsen?
Small opportunities are often the beginning of great enterprises. (Demosthenes, 384 BC - 322 BC)

Gebruikersavatar
Berichten: 2.455

Re: Sanger sequention

Het is meer een zeef-effect: de gel is poreus en kan dus worden gezien als bestaande uit kanaaltjes van verschillende grootte. Kleine fragmenten passen door de meeste poriën en gaan dus min of meer rechtdoor, terwijl de grote fragmenten alleen door grote poriën kunnen en vaker "omwegen" moeten maken "op zoek" naar poriën die groot genoeg zijn.
This is weird as hell. I approve.

Berichten: 320

Re: Sanger sequention

Typhoner schreef: za 20 okt 2012, 15:57
Het is meer een zeef-effect: de gel is poreus en kan dus worden gezien als bestaande uit kanaaltjes van verschillende grootte. Kleine fragmenten passen door de meeste poriën en gaan dus min of meer rechtdoor, terwijl de grote fragmenten alleen door grote poriën kunnen en vaker "omwegen" moeten maken "op zoek" naar poriën die groot genoeg zijn.


Dit is toch een gevaarlijke vergelijking gezien scheiding aan de hand van gelfiltratie (een andere techniek) net door het feit dat grotere moleculen de kleine kanaaltje omzeilen sneller tot beneden geraken terwiil de kleine moleculen een ommeweg moetn maken doorheen de kleinere poriën. Bij gelelektroferese is er een algemene poriengrootte (afhankelijk van je percentage gel maar overal ongeveer gelijk (dus geen grote en kleine poriën) en grotere moleculen ondervinden gewoon meer weerstand.

Berichten: 320

Re: Sanger sequention

hier is het goed uitgelegd (vooral ook waarom de lading, die nochtans groter is bij grotere moleculen (althans bij een standaard SDS-PAGE), geen snellere migratie verzoorzaakt, en enkel de grootte van he eiwit het meest bepalend is voor de migratiesnelheid door een hogere weerstand doorheen de gel)

http://bitesizebio.c...sds-page-works/
Cura schreef: za 20 okt 2012, 13:31
Ik weet wat gelelektroforese inhoudt, maar vind het principe wat vaag van de deeltjes. Mag ik het dan een beetje vergelijken met massaspectrometrie, in de zin dat de zwaarste deeltjes het eerste tegen die plaat aankomen en de lichtere deeltjes nog even door schieten vooraleer tegen de plaat te botsen?
Het is zo goed als niet vergelijkbaar met massaspectrometrie (waar net WEL ook gebruik gemaakt wordt van ladingsverschillen en massaverschillen (LET OP massa <> grootte) terwijl GE gebruik maakt van grootte verschillen). In massaspectrometriee bereiken de lichtste deeltjes (correcter is ionen met de laagste m/z waarde) trouwens als eerste de detector (indien ze een gelijke lading dragen als de zwaardere) omdat ze meer versneld worden in het heersend elektrisch veld. Zie link voor de goede uitleg van GE ;)

Reageer