Springen naar inhoud

Opwerking van een reactie


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Berkenboom

    Berkenboom


  • 0 - 25 berichten
  • 8 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 21 oktober 2012 - 09:09

Ik zit met het volgende probleem. Ik doe een peptidekoppelings reactie in oplossing (met HOBt, EDCI) in Dimethylformamide als solvent. De reactie is zo goed als compleet, maar bij de opwerking verlies ik minstens de helft van mijn product. Mij opwerking is als volgt: Additie van een organisch solvent (heb zowel ethylacetaat als DCM geprobeerd), 3 keer wassen met pekel en vervolgens de organische fase wassen met zuur water, basisch water en opnieuw met pekel, drogen met magnesiumsulfaat en evaporeren. Volgens mij neemt de DMF bij het wassen met de pekel een groot deel van mijn product mee!!! Heeft iemand een opwerkingsmethode die hier wat aan kan doen?

Alvast bedankt

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

druipertje

    druipertje


  • >250 berichten
  • 374 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 21 oktober 2012 - 14:52

Dat is zeker realistisch, dmf is water-oplosbaar, maar organische componenten kan hij meetrekken. Oplossing kan zijn dmf eerst te evaporeren, (maar dan concentreer je je reactiemix met mogelijke nevenreacties), maar dmf is een vervelend oplosmiddel.

Heb je niet al eens geprobeerd de peptidekoppeling in een ander oplosmiddel te doen? Mijn ervaring is dat peptidekoppelingen ook prima gaan in ethylacetate, ook een iets gezonder oplosmiddel dan dmf of dcm

#3

DrQuico

    DrQuico


  • >1k berichten
  • 2952 berichten
  • VIP

Geplaatst op 21 oktober 2012 - 20:29

Kun je het product niet precipiteren door toevoeging van (een overmaat) water? Of dit werkt hangt natuurlijk wel af of je gekoppelde verbinding slecht wateroplosbaar is.

Verder was je in je procedure met zowel een zure als een basische oplossing. Wanneer je gekoppelde verbinding een basische (amine) of zure (fenol, carbonzuur) groep bevat dan is het ook zeer mogelijk dat je je product bij één van deze wasstappen hebt weggewassen.

Ten slotte heb ik ook wel goede ervaringen met peptide koppelingen in THF.

#4

Marko

    Marko


  • >5k berichten
  • 8937 berichten
  • VIP

Geplaatst op 21 oktober 2012 - 23:00

Wat is de structuur van de verbinding die je hebt gemaakt. Zonder die structuur valt er niet zoveel zinnigs te zeggen over waar het gebleven kan zijn en op welke manier je de koppeling het beste kunt doen.

Maar los van de structuur vind ik het niet verrassend dat een peptide of peptide gefunctionaliseerd molecuul liever in een water/DMF laag gaat zitten dan in een DCM-laag.

Of bedoel je peptide als synoniem voor amide?

Hoe dan ook, met een structuur zijn we een stuk verder.

Cetero censeo Senseo non esse bibendum


#5

Berkenboom

    Berkenboom


  • 0 - 25 berichten
  • 8 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 22 oktober 2012 - 10:42

Bedankt voor de reacties! Het gaat inderdaad om de vorming van een amidebinding vanuit een (amino)zuur en een amine. De exacte structuur kan ik helaas niet publiceren, want ik werk onder een IWT Baekeland mandaat ism een industrieël bedrijf, maar het gaat over een Boc beschermd Glycine met een olefinische zijketen (BocGly[R]OH) dat ik wil koppelen met een secundair amine waarop een benzyl en een gehalogeneerd olefin zitten. Ik ga alvast de reactie eens proberen in THF en EtOAc.

Veranderd door Berkenboom, 22 oktober 2012 - 10:43


#6

Marko

    Marko


  • >5k berichten
  • 8937 berichten
  • VIP

Geplaatst op 22 oktober 2012 - 13:00

Afhankelijk van de lengte van de beide staarten kan ik me niet tot nauwelijks voorstellen dat dat in een waterlaag gaat zitten, ook niet in de aanwezigheid van DMF, ook niet als de laag zuur of basisch is. Een en ander wél weer afhankelijk van de hoeveelheid DCM, DMF en brine.

Voor je uit de losse pols allerlei oplosmiddelen gaat proberen, moet je je eerst eens afvragen:

1. Is de reactie daadwerkelijk compleet? Hoe heb je dat bepaald en kan het zijn dat de conversie eventueel compleet lijkt maar het niet is?
2. Als je product toch in een waterfase zou zitten, dan is eenvoudig na te gaan wanneer dat gebeurt door bij iedere extractiestap een monster te nemen van beide fasen.
3. Is EDC-koppeling wel de beste strategie? Er zijn talloze methodes, EDC heeft als voordeel dat de opwerking doorgaans makkelijker is, maar als juist de opwerking bij jou fout loopt, kun je ook andere methodes overwegen.

Cetero censeo Senseo non esse bibendum


#7

Berkenboom

    Berkenboom


  • 0 - 25 berichten
  • 8 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 22 oktober 2012 - 14:10

Afhankelijk van de lengte van de beide staarten kan ik me niet tot nauwelijks voorstellen dat dat in een waterlaag gaat zitten, ook niet in de aanwezigheid van DMF, ook niet als de laag zuur of basisch is. Een en ander wél weer afhankelijk van de hoeveelheid DCM, DMF en brine.

Voor je uit de losse pols allerlei oplosmiddelen gaat proberen, moet je je eerst eens afvragen:

1. Is de reactie daadwerkelijk compleet? Hoe heb je dat bepaald en kan het zijn dat de conversie eventueel compleet lijkt maar het niet is?
2. Als je product toch in een waterfase zou zitten, dan is eenvoudig na te gaan wanneer dat gebeurt door bij iedere extractiestap een monster te nemen van beide fasen.
3. Is EDC-koppeling wel de beste strategie? Er zijn talloze methodes, EDC heeft als voordeel dat de opwerking doorgaans makkelijker is, maar als juist de opwerking bij jou fout loopt, kun je ook andere methodes overwegen.


Bedankt voor je antwoord.

Het zijn niet zo'n lange staarten, maar het molecule is best apolair. Het komt op HPLC (reverse phase C18; 97/3 H2O/CH3CN --> 100% CH3CN in 20 min er pas uit op 18 minuten)

1. Het zuur is mijn beperkend reagens, en dat verdwijnt uit mijn reactiemidden zoals ik kan aantonen met TLC.
2. Er zit wel degelijk product in mijn waterfase, want ik kan het er met mondjesmaat terug uit extraheren (en met tlc aantonen).
3. Heb verschillende carbodiimides geprobeerd, uroniumzouten en fosfoniumzouten. EDCI geeft het beste resultaat, maar enkel in DMF (heb enkel DCM nog maar geprobeerd) en ik moet de oplossing van HOBt en het zuur koelen (0°C), de EDCI+base er aan toevoegen, een half uur blijven koelen, het amine erbij, een half uur koelen en verder bij kT overnacht, anders gebeurt er niet veel...

Veranderd door Berkenboom, 22 oktober 2012 - 14:12


#8

DrQuico

    DrQuico


  • >1k berichten
  • 2952 berichten
  • VIP

Geplaatst op 22 oktober 2012 - 20:55

Nog even ter overweging:

-Weet je zeker dat je je product niet de-Boc-yleert bij de zure wasstap?
-Je wast je reactiemengsel wel heel erg vaak met waterige oplossingen, kun je dit niet wat minderen en de laatste beetjes DMF op een andere manier verwijderen?

-Als alternatieve opwerkingsmethode kun je de DMF ook proberen te verwijderen over een reversed phase silica kolommetje. Je brengt je ruwe reactiemengsel op een RP-silica kolom in water en spoelt met water totdat de DMF er af is òf totdat je product gaat (begint te) elueren (de DMF zal product een stukje mee kunnen nemen). Vervolgens je product er met methanol of acetonitril afspoelen. Misschien is je product dan nog niet helemaal DMF vrij, maar met wat kleine restjes DMF kun je zonder al te veel problemen een zuivering over een gewone kolom proberen.

#9

Berkenboom

    Berkenboom


  • 0 - 25 berichten
  • 8 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 23 oktober 2012 - 07:40

Nog even ter overweging:

-Weet je zeker dat je je product niet de-Boc-yleert bij de zure wasstap?
-Je wast je reactiemengsel wel heel erg vaak met waterige oplossingen, kun je dit niet wat minderen en de laatste beetjes DMF op een andere manier verwijderen?

-Als alternatieve opwerkingsmethode kun je de DMF ook proberen te verwijderen over een reversed phase silica kolommetje. Je brengt je ruwe reactiemengsel op een RP-silica kolom in water en spoelt met water totdat de DMF er af is òf totdat je product gaat (begint te) elueren (de DMF zal product een stukje mee kunnen nemen). Vervolgens je product er met methanol of acetonitril afspoelen. Misschien is je product dan nog niet helemaal DMF vrij, maar met wat kleine restjes DMF kun je zonder al te veel problemen een zuivering over een gewone kolom proberen.


Bedankt voor je antwoord

De Boc gaat er niet af volgens mij omdat ik 1) nog product kan extraheren uit mijn waterfasen en 2) bij de Boc bescherming uit een vorige stap, aanzuur met 1N HClaq en waar ik een yield van meer dan 80% krijg. De zure wasstap is ook slechts met 5% NaHSO4.
Ik ga een student de reactie op kleine schaal in wat andere solventen laten proberen (i.e. EtOAc, THF), en een keer de opwerking wat aanpassen aan de hand van jullie tips o.a. de DMF proberen zo veel mogelijk te evaporeren en met wat minder waterige extracties werken, die ook een kleiner volume zullen hebben. Ik zal de resultaten posten als ik zo ver ben.

Bedankt!

#10

Marko

    Marko


  • >5k berichten
  • 8937 berichten
  • VIP

Geplaatst op 23 oktober 2012 - 11:12

Bedankt voor je antwoord.

Het zijn niet zo'n lange staarten, maar het molecule is best apolair. Het komt op HPLC (reverse phase C18; 97/3 H2O/CH3CN --> 100% CH3CN in 20 min er pas uit op 18 minuten)

1. Het zuur is mijn beperkend reagens, en dat verdwijnt uit mijn reactiemidden zoals ik kan aantonen met TLC.
2. Er zit wel degelijk product in mijn waterfase, want ik kan het er met mondjesmaat terug uit extraheren (en met tlc aantonen).


Maar in welke waterfase zit het dan? En welke volume-verhoudingen gebruik je nou precies?


Kijk, waar ik een probleem mee heb is het volgende: EDC heeft als voordeel dat het ureum dat gevormd wordt wateroplosbaar is. Maar dat betekent tegelijkertijd dat je in je opwerking normaal gesproken een wasstap met water nodig hebt, en als je product daar kennelijk inderdaad in oplost, ben je nog nergens, en dit probleem zal óók optreden wanneer je andere oplosmiddelen gebruikt.

Bovendien: Het amine dat je gebruikt is niet erg nucleofiel vanwege de benzylgroep. Maar als je reactie in DMF al moeizaam verloopt, wat verwacht je dan van THF of ethylacetaat?

Andere oplosmiddelen in combinatie met een andere opwerking (chromatografie) kan dan natuurlijk wel, maar je reactiemengsel bestaat voor een groot deel uit je hulpstoffen. Daardoor moet je in verhouding ook veel kolom-materiaal gebruiken en dus ook meer eluens. Je kunt op voorhand al een inschatting maken hoeveel eluens je nodig zult hebben per gram materiaal, en je zult je af moeten vragen of dat de moeite waard is (of dat je liever gewoon 50% product verliest...)

Even los van dit alles: Lost het amine dat je gebruikt op in water?

Cetero censeo Senseo non esse bibendum






0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures