Springen naar inhoud

Biochemie: alfa-helices en lipidemembranen


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Thomas93

    Thomas93


  • >25 berichten
  • 57 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 27 januari 2013 - 12:19

Ik vroeg mij af hoe je op deze vraag antwoordt:
"Leg uit waar de positieve aminozuren en de negatieve aminozuren zich in een transmembranaire helix bevinden aan de hand van de structuur van de alfa-helix en de structuur van de membraan."

Wat ik dus zou antwoorden, maar ben er dus niet zeker van of het klopt:

Als je eerst naar een alfa-helix kijkt, weet je dat er een globaal dipoolmoment wordt gecreëerd door de H-bruggen tussen -NH en C=O groepen van de polypeptideruggengraat; N-terminus is de positieve zijde en de C-terminus de negatieve zijde. Dit wordt respectievelijk vaak door een glutamine (negatieve lading) en minder vaak door een lysine (positieve lading) gecompenseerd.
Om efficient in de lipidemembraan te passen moeten er hydrofobe AZ aanwezig zijn in het transmembranaire deel van de helix, zodat het geheel stabiel blijft door middel van hydrofobe interacties en Vander Waals interacties, en geladen AZ aan de gedeelten die met de polaire groepen van de lipiden interageren. Nu weten we ook dat neutrale/negatieve fosfolipiden de intracellulaire zijde van de membraan opbouwen en de cholinebevattende fosfolipiden (i.e postief geladen) en glycolipiden de extracellulaire zijde opbouwen.

Dus door de aanwezigheid van de negatieve Gln residus aan de N terminus zal deze naar de extracellulaire zijde gericht zijn, en de C terminus naar de intracellulaire zijde.

Graag wat feedback

Alvast bedankt!

Veranderd door Thomas93, 27 januari 2013 - 12:21


Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 27 januari 2013 - 15:20

Dit is vast niet wat men bedoelt.

Als je naar een membraan kijkt zonder eiwit erin, zitten daar dan ladingen in? Of andere polaire groepen? Zo ja, waar?

#3

Thomas93

    Thomas93


  • >25 berichten
  • 57 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 27 januari 2013 - 17:56

Membraan = lipidendubbellaag, bovenste laag naar extracellulair gericht en onderste laag naar intracellulair. Extracellulaire laag bestaat uit glycolipiden en positief geladen fosfolipiden. Intracellulaire laag bestaat uit negatief geladen en neutrale fosfolipiden. Ladingen zitten op de 'koppen', de staarten bestaan uit hydrofobe ongeladen vetzuurketens...alé, zo staat dat toch in mijn cursus.

Veranderd door Thomas93, 27 januari 2013 - 18:01


#4

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 30 januari 2013 - 20:53

Ladingen zitten op de 'koppen', de staarten bestaan uit hydrofobe ongeladen vetzuurketens

Volgens mij ben je al een heel end. Zou een polair gedeelte van het eiwit zich erg prettig voelen tussen die ongeladen vetzuurketens?

#5

Thomas93

    Thomas93


  • >25 berichten
  • 57 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 31 januari 2013 - 07:50

Neen, uiteraard niet. Dat zei ik ook al (misschien was het niet duidelijk genoeg uit mijn eerste uitleg, excuses hiervoor)

Ik denk dus dat de Alfa-helix dus zal bestaan 1) hydrofobe (ongeladen) aminozuren die met de ongeladen vetzuurketens interageren, en 2) polaire (geladen) aminozuren aan de 'uiteinden', om met de polaire koppen te interageren.

Veranderd door Thomas93, 31 januari 2013 - 07:52


#6

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 31 januari 2013 - 19:25

Sorry, inderdaad is die ene zin de essentie van het geheel, ik had dat in je hele verhaal bovenin gemist. Je aanvulling over positieve en negatieve ladingen en dipool-richting van de helix is niet juist: veel transmembraan-eiwitten gaan verschillende malen heen-en-weer, en elke volgende helix zit dan andersom. Wel is dus elke keer het transmembraanstuk apolair aan de buitenkant van het eiwit, en dat is niet typisch voor andere eiwitten: bij eiwitten die vrij bewegen in het cytoplasma zitten aan de buitenkant veel polaire residuen en wordt de vouwing vaak gedreven door de hydrofobe residuen in de kern van het eiwit tegen elkaar te leggen.





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures