Springen naar inhoud

Vraag over DNA na isolatie op gel


  • Log in om te kunnen reageren

#1

xdianthx

    xdianthx


  • 0 - 25 berichten
  • 3 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 21 maart 2013 - 14:03

Hoi Allemaal,

Ik heb even een vraag.
Als je humaan DNA geïsoleerd hebt en je zet dit vervolgens op een 1% agarose gel zie je het DNA (als het in tact is) ter hoogte van ongeveer 20.000 basenparen.
Eigenlijk is dit vreemd gezien het feit dat intact genomisch DNA veel groter is dan 20.000 basenparen.

Hoe komt het dan dat je op gel toch juist daar een bandje ziet.

Heeft het er mee te maken dat DNA een bepaalde vorm aanneemt die op gel bij 20.000 basenparen wordt gedetecteerd? Of komt het doordat het fragment zo groot is dat het gewoon niet verder kan migreren door de gel? Of is er misschien toch een andere reden?

Please help me out :)

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Themisto

    Themisto


  • >25 berichten
  • 86 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 21 maart 2013 - 14:09

Hallo xdianthx,

Ik weet niet zeker of het inderdaad zo is dat op gel gebracht genomisch DNA daadwerkelijk op 20.000 basenparen blijft zitten. Ik weet wel dat het gewoon zo groot is dat het niet verder de gel in kan migreren. Zelf heb ik wel eens gezien dat het niet veel verder dan het slotje zelf komt.

#3

xdianthx

    xdianthx


  • 0 - 25 berichten
  • 3 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 21 maart 2013 - 14:13

Hoi Callisto bedankt voor je antwoord!
Ja dat is daadwerkelijk zo dat bevestigen meerder artikelen en ook mijn docent zelf. Alleen ze heeft tevens laten doorschemeren dat het een vraag op het assessment wordt. Alleen tot nu toe heb ik nog van niemand een eenduidig antwoord gehad. De een denkt dat het gewoon niet kan migreren en de ander denkt het het vorm van DNA configuratie is en weer anderen denken dat het DNA tijdens de isolatie toch afbreekt in fragmenten van ongeveer 20.000 basenparen.
Ik ga gewoon nog even verder zoeken op internet :)

#4

Themisto

    Themisto


  • >25 berichten
  • 86 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 21 maart 2013 - 15:27

Hallo xdianthx

Ik zat ook te denken dat het ook met de kwaliteit van het DNA te maken kan hebben. De mate van fragmentatie na het isoleren ervan.
Als DNA fragmenteert tijdens het isolatieproces zal dat wel niet perse rond 20.000 basenparen komen. Wel als je ziet dat na het opbrengen van genomisch DNA het band voornamelijk bij de 20.000 bp zit, dan kan je je dus bedenken dat er om de 20.000 bp dus het vaakst een knip/scheur/breuk heeft plaatsgevonden.

Je kan je dan voorstellen dat als het bandje meer op 50.000 bp zit, dat dan het genomisch DNA van betere kwaliteit is. Dit is belangrijk om te weten voor mogelijke foutendiscussie als bijvoorbeeld een PCR niet lukt. Wil je bijvoorbeeld een PCR product hebben van 1000 bp en het blijkt dat je genomisch DNA bij een bandje verschijnt van <1000 bp, dat dan je DNA niet van voldoende kwaliteit is.

Dus het kan wel degelijk zijn dat het ligt aan de mate van fragmentatie van genomisch DNA. Maar dit is variabel, het zal niet standaard rond de 20.000 bp zitten.

#5

Kravitz

    Kravitz


  • >1k berichten
  • 4042 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 21 maart 2013 - 23:58

Hoe dan ook is het een illusie te denken dat DNA niet fragmenteert. Bij eender welke isolatie is het onmogelijk om DNA volledig intact te behouden.
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill

#6

Theo22

    Theo22


  • >25 berichten
  • 74 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 31 augustus 2013 - 22:39

Hoe dan ook is het een illusie te denken dat DNA niet fragmenteert. Bij eender welke isolatie is het onmogelijk om DNA volledig intact te behouden.

In de meeste gevallen zal het ook niet nodig zijn dat genomisch DNA intact blijft. Wil je er bv een gen op PCRren, dan is het zeer onwaarschijnlijk dat alle DNA moleculen binnen dat gen gebroken zal zijn. Toevallig heb ik nu een collega die probeert om het E-coli genoom intact te isoleren om de structuur te bestuderen. Een vrijwel onmogelijke opgave...





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures