Springen naar inhoud

Evolutie stamboom


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Exception

    Exception


  • >100 berichten
  • 113 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 18 april 2013 - 11:49

Ik was een discussie aan het lezen over de vraag hoe evolutie gefalsificeerd kan worden. Ik zag dit bericht van Wouter_Masselink:

Bij 'erfelijk materiaal' moet er aan een aantal zeer belangrijke dingen worden gedacht:

  • DNA
  • RNA
  • epigenetische factoren

En toen dacht ik aan een andere vraag. Is een stamboom programmeerbaar?
Hoe wordt een klassiek stamboom gepresenteerd en hoe zou het eruitzien indien we hertekenen op basis van programmeerbare genetische data?

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Xenion

    Xenion


  • >1k berichten
  • 2609 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 23 april 2013 - 11:24

Ik begrijp niet precies wat je bedoelt met 'programmeerbaar'.

Uiteraard is het mogelijk om stambomen voor te stellen: je kan bv in OO doen via klasses met pointers naar objecten (bv een klasse Person heeft een pointer naar een andere Person mother en door die pointer te volgen kan je de eigenschappen van de moeder opvragen), in relationele databases kan je de relaties dan weer via tabellen en IDs vastleggen.

#3

Exception

    Exception


  • >100 berichten
  • 113 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 23 april 2013 - 18:03

Bedankt voor de reactie. :)
Uit een klein onderzoekje is gebleken dat er twee disciplines zijn waarvan we kunnen profiteren: bio-informatica en computational epigenetics; op de Wikipedia wordt vermeld dat deze laatste gebruik maakt van bio-informatica methoden (moet bevestigd worden). De bio-informatica is uitgebreid ontwikkeld terwijl computational epigenetics misschien nog in zijn kinderschoenen staat.

Ik weet niet of het voldoende is om daardoor tot een abstract model te komen.

Wat ik graag zou willen doen is een database programma maken waarmee ik genetische sequenties voor een bepaald soort ingeef om een stamboom weer te geven en verder detailleren naarmate er meer data ter beschikking komt.

Met programmeerbaar bedoel ik modelleerbaar.

Veranderd door Exception, 23 april 2013 - 18:03


#4

Xenion

    Xenion


  • >1k berichten
  • 2609 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 23 april 2013 - 21:03

In dat opzicht ga ik dit topic dan verplaatsen naar het biologie forum.

Misschien moet je ook een concreter voorbeeld geven van de data die je hebt en wat je daaruit zou willen halen.

#5

Exception

    Exception


  • >100 berichten
  • 113 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 25 april 2013 - 01:02

Het lukt mij niet. Hoe meer ik hierover lees, hoe meer ik besef dat ik er niets van begrijp.
De DNA is modelleerbaar in de vorm van sequenties die geprogrammeerd kunnen worden m.b.v een datastructuur; en het is ook vertaalbaar (dna naar rna en rna naar dna) heb ik gezien. Maar hoe is het mogelijk om epigenetische factoren te structuraliseren? Ik heb hier geen voorbeeld van kunnen vinden.

Nog iets anders dat moeilijker schijnt te zijn: sommige methoden van fylogenie zijn niet of zeer moeilijk te modelleren.
Wat ik heb begrepen is dat het genotype het fenotype bepaalt. Waarom zijn de anatomische eigenschappen van levende soorten en fossielen dan nodig bij het visualiseren van fylogenetische stamboom?

#6

Themisto

    Themisto


  • >25 berichten
  • 86 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 29 april 2013 - 17:43

Je begrip van genotype en fenotype is niet geheel correct. Het genotype bestaat uit alle genetische informatie die vanaf de geboorte vaststaat. Het fenotype, echter, is een combinatie van de genetische factoren en omgeving. Dat is waarom het fenotype in eenzelfde diersoort nooit geheel gelijk is.

De link tussen genetische factoren en omgeving wordt o.a. verklaard aan de hand van epigenetica. Epigenetica, kortweg, is hoe de omgeving bepaalde genen 'aan/uit' kan zetten en zodoende de het vertaling stigma 'DNA --> RNA --> eiwit' reguleren. Hierover wordt nog veel onderzoek gedaan; het is nog niet geheel duidelijk hoe omgevingsstimuli een gevolg hebben het wel of niet vertalen van de genetische informatie.

Nu ben ik geen expert in het bepalen van evolutionaire stambomen, maar zover ik heb begrepen is het momenteel een combinatie van homologie analyse (bio-informatica) en anatomie/fysiologie.

Ik geloof dat het bepalen van een evolutionaire stamboom simpelweg te bewerkelijk is op basis van genetica alleen. Dit omdat het op basis gaat van de DNA sequenties, verscheidene analyses ervan (conservering van genen, functie-analyse van genen, epigenetica etc.) en het genoom simpelweg erg ingewikkeld in elkaar zit. Sowieso vereist het krijgen van die DNA sequenties het volgende: materiaal om DNA uit te isoleren, erg dure technieken (zoals sequencing). Sowieso bij fossielen is het al erg moeilijk om alleen al het materiaal te krijgen, om al niet te spreken van alle kosten die komen kijken bij het genetisch analyseren van alle diersoorten.

Wat dat betreft lijkt het mij voornamelijk een praktische zaak dat het bepalen van een evolutionaire stamboom op basis van anatomische/fysiologische eigenschappen wordt gedaan. Die informatie is direct te verkrijgen vanuit de diersoorten/fossielen die je ziet, en is veel beter uit te kaarten dan de genetische informatie. Het is dus gemakkelijker, goedkoper en minder tijdrovend.

Als ik praktisch naar je idee zou kijken, en hoe je dit zou kunnen uitwerken... zou ik je suggereren om eens in te gaan lezen in sterk geconserveerde genen. Dit zijn genen die weinig veranderingen in de gensequentie en eiwit functie laten zien, wat betekend dat ze erg belangrijk zijn... en hoogstwaarschijnlijk ook al in vroegere generaties aanwezig waren. Ik betwijfel echter of je hiermee een correcte evolutionaire boom gaat krijgen.

Veranderd door Callisto, 29 april 2013 - 17:50






0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Vacatures