Beste,
Kan iemand mij het mechanisme van de deacetylatie van lysine (door HDAC) uitleggen of zeggen waar ik het kan vinden?
Alvast bedankt!
Laatste berichten
-
18:53
Ik wil studeren via afstandsonderwijs, kennen jullie Tech?
-
18:51
Herleiden afmetingen vanaf een foto 5
-
18:09
Rotatie van het heelal 32
-
17:19
Ervaringen met "herontdekkingen" 12
-
21:28
hall effect in vloeistof gebruiken als stromingssensor 6
-
18 apr
Gezocht: de/een naam voor een getallenrij met een cauchyrij als partieelsommenrij
-
18 apr
Casus uit de praktijk: positief test THC 18
-
17 apr
speciale rel. theorie 4
-
17 apr
Vreemde stank in huis 11
-
17 apr
3 vragen over mijn rooskleurige r.berekening H2netGekoppeldeHBrflowbatterij.
-
17 apr
Interpretatie reactie-energie 3
-
17 apr
Logistic equation (Pierre Verhulst,Belgian Mathematician) 5
-
16 apr
vB 9
-
15 apr
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 1
-
15 apr
Python: sockets sluiten 4
-
14 apr
Een eenvoudige logische redenering waarom tijd niet kan bestaan 'daarbuiten' 6
-
14 apr
Hoe kun je op quantumwijze getallen vinden in een rij die kleiner zijn dan getal k 3
-
13 apr
Documentenverdwijnen uit onedrive 1
-
12 apr
Behoud van impulsmoment en energie 5
-
12 apr
INLOG STORING / TIPS 4
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
deacetylatie lysine
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 10.561
Re: deacetylatie lysine
2 seconden Googlen op "HDAC mechanism" toonde mij het volgende plaatje, afkomstig van dit artikel (doi:10.1016/j.sbi.2011.08.004)
Dit is volgens de begeleidende tekst een voorgesteld mechanisme, maar da's toch al een begin.
Dit is volgens de begeleidende tekst een voorgesteld mechanisme, maar da's toch al een begin.
Cetero censeo Senseo non esse bibendum
-
- Berichten: 252
Re: deacetylatie lysine
Hmja, alvast bedankt! Ik zal het eens bekijkenMarko schreef: ↑do 16 mei 2013, 16:44
2 seconden Googlen op "HDAC mechanism" toonde mij het volgende plaatje, afkomstig van dit artikel (doi:10.1016/j.sbi.2011.08.004)
Dit is volgens de begeleidende tekst een voorgesteld mechanisme, maar da's toch al een begin.
-
- Berichten: 252
Re: deacetylatie lysine
Kan iemand mij uitleggen wat Y306 en H142 en H143 etc is... Zijn dat zijtakken van de HDAC? of?
-
- Berichten: 10.561
Re: deacetylatie lysine
Dat zijn de betreffende aminozuren, Y=tyrosine dat op plaats 306 zit, en H=histidine op plaats 142 en 143. De structuren die erbij staan weergegeven zijn de R-groepen van deze aminozuren.
Cetero censeo Senseo non esse bibendum
-
- Berichten: 252
Re: deacetylatie lysine
Marko schreef: ↑ma 27 mei 2013, 00:15
Dat zijn de betreffende aminozuren, Y=tyrosine dat op plaats 306 zit, en H=histidine op plaats 142 en 143. De structuren die erbij staan weergegeven zijn de R-groepen van deze aminozuren.
Bedankt voor het snelle antwoord. Deze aminozuren zijn onderdelen van het HDAC eiwit?
-
- Berichten: 252
Re: deacetylatie lysine
Nogmaals bedankt voor uw snelle antwoord, het is van grote hulp! Zoals ik het begrijp is de actieve site van het enzym het metaal ion? Of behoren de andere aminozuren tyrosine en histidine ook tot de actieve site?
-
- Berichten: 10.561
Re: deacetylatie lysine
Dat laatste. Het metaalion is betrokken bij de reactie, maar je kunt dat niet los zien van de andere aminozuren die daar staan getekend. Het wordt "op zijn plaats gehouden" door de aminozuren D178, H180 en D267 (D is asparaginezuur), dus die horen ook bij de actieve site
De aminozuren Y306 en G151 (G = glycine) "helpen" om het acetyl-lysine op zijn plaats te krijgen, en helpen in de laatste stap van de de-acetylering om het lysinemolecuul en het acetaat-ion te binden. Daarna diffunderen deze moleculen uit het enzym, waarna de cyclus weer opnieuw kan beginnen. Maar deze aminozuren horen dus ook bij de actieve site.
De beide histidines H142 en H143 zijn direct betrokken bij de katalytische reactie, omdat ze de benodigde proton-overdracht faciliteren.
Het plaatje wat daar getoond wordt is in feite de actieve site, of natuurlijk liever gezegd: het is een schematische weergave van de actieve site..
De aminozuren Y306 en G151 (G = glycine) "helpen" om het acetyl-lysine op zijn plaats te krijgen, en helpen in de laatste stap van de de-acetylering om het lysinemolecuul en het acetaat-ion te binden. Daarna diffunderen deze moleculen uit het enzym, waarna de cyclus weer opnieuw kan beginnen. Maar deze aminozuren horen dus ook bij de actieve site.
De beide histidines H142 en H143 zijn direct betrokken bij de katalytische reactie, omdat ze de benodigde proton-overdracht faciliteren.
Het plaatje wat daar getoond wordt is in feite de actieve site, of natuurlijk liever gezegd: het is een schematische weergave van de actieve site..
Cetero censeo Senseo non esse bibendum
-
- Berichten: 252
Re: deacetylatie lysine
Wederom bedankt voor het snelle antwoord! Ik heb echter nog een vraag; ik snap niet goed de organische denkwijze achter de stap van het intermediair naar het gedeacetyleerde lysine op volgende afbeelding.Marko schreef: ↑ma 27 mei 2013, 12:07
Dat laatste. Het metaalion is betrokken bij de reactie, maar je kunt dat niet los zien van de andere aminozuren die daar staan getekend. Het wordt "op zijn plaats gehouden" door de aminozuren D178, H180 en D267 (D is asparaginezuur), dus die horen ook bij de actieve site
De aminozuren Y306 en G151 (G = glycine) "helpen" om het acetyl-lysine op zijn plaats te krijgen, en helpen in de laatste stap van de de-acetylering om het lysinemolecuul en het acetaat-ion te binden. Daarna diffunderen deze moleculen uit het enzym, waarna de cyclus weer opnieuw kan beginnen. Maar deze aminozuren horen dus ook bij de actieve site.
De beide histidines H142 en H143 zijn direct betrokken bij de katalytische reactie, omdat ze de benodigde proton-overdracht faciliteren.
Het plaatje wat daar getoond wordt is in feite de actieve site, of natuurlijk liever gezegd: het is een schematische weergave van de actieve site..
Ik snap wel dat de negatieve lading overgaat naar een stabielere resonantievorm waarbij er een dubbele binding tussen C en O komt. Hierdoor heeft het C-atoom 5 bindingen (kan er maar 4 hebben) dus er moet een verbinding verbroken worden. Ik snap echter niet hoe het H-atoom van het histidine residue en H atoom van de OH-groep naar N gaan ter vorming van NH3+...
Oprecht bedankt voor de hulp!
-
- Berichten: 10.561
Re: deacetylatie lysine
De pijlen geven (hypotetische) elektronenpaar-bewegingen aan, dat weet je als het goed is nog van je organische chemielessen.
De tweede stap geeft het volgende aan:
Het vrije elektronenpaar van het O- atoom verschuift naar C; het elektronenpaar van de N-C binding wordt een bindingselektronenpaar van een N-H binding op lysine. je gaf al aan dat er één elektronenpaar van het C-atoom moest verdwijnen; dat is deze. Om die binding aan te kunnen gaan moet het H-atoom zijn binding met de N van histidine opgeven, dat wordt een vrij elektronenpaar. Histidine is dan dus ongeladen, azijnzuur is ongeladen, en lysine is ongeladen.
Na deze stap is de splitsing dus al gebeurd. Echter, azijnzuur is een sterker zuur dan het geconjugeerde zuur van lysine; Er zal dus ook een zuur-basereactie plaatsvinden, waarbij dat proton wordt overgedragen. Waarschijnlijk omdat zuur-basereacties zo snel gaan staat deze zuur-basereactie niet als aparte stap, maar is opgenomen in stap 2.
De tweede stap geeft het volgende aan:
Het vrije elektronenpaar van het O- atoom verschuift naar C; het elektronenpaar van de N-C binding wordt een bindingselektronenpaar van een N-H binding op lysine. je gaf al aan dat er één elektronenpaar van het C-atoom moest verdwijnen; dat is deze. Om die binding aan te kunnen gaan moet het H-atoom zijn binding met de N van histidine opgeven, dat wordt een vrij elektronenpaar. Histidine is dan dus ongeladen, azijnzuur is ongeladen, en lysine is ongeladen.
Na deze stap is de splitsing dus al gebeurd. Echter, azijnzuur is een sterker zuur dan het geconjugeerde zuur van lysine; Er zal dus ook een zuur-basereactie plaatsvinden, waarbij dat proton wordt overgedragen. Waarschijnlijk omdat zuur-basereacties zo snel gaan staat deze zuur-basereactie niet als aparte stap, maar is opgenomen in stap 2.
Cetero censeo Senseo non esse bibendum
