Springen naar inhoud

deacetylatie lysine


  • Log in om te kunnen reageren

#1

mrlngtng

    mrlngtng


  • >250 berichten
  • 251 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 16 mei 2013 - 14:12

Beste,

Kan iemand mij het mechanisme van de deacetylatie van lysine (door HDAC) uitleggen of zeggen waar ik het kan vinden?

Alvast bedankt!

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Marko

    Marko


  • >5k berichten
  • 8933 berichten
  • VIP

Geplaatst op 16 mei 2013 - 15:44

2 seconden Googlen op "HDAC mechanism" toonde mij het volgende plaatje, afkomstig van dit artikel (doi:10.1016/j.sbi.2011.08.004)

Geplaatste afbeelding

Dit is volgens de begeleidende tekst een voorgesteld mechanisme, maar da's toch al een begin.

Cetero censeo Senseo non esse bibendum


#3

mrlngtng

    mrlngtng


  • >250 berichten
  • 251 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 17 mei 2013 - 09:15

2 seconden Googlen op "HDAC mechanism" toonde mij het volgende plaatje, afkomstig van dit artikel (doi:10.1016/j.sbi.2011.08.004)

Geplaatste afbeelding

Dit is volgens de begeleidende tekst een voorgesteld mechanisme, maar da's toch al een begin.


Hmja, alvast bedankt! Ik zal het eens bekijken

#4

mrlngtng

    mrlngtng


  • >250 berichten
  • 251 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 26 mei 2013 - 20:52

Kan iemand mij uitleggen wat Y306 en H142 en H143 etc is... Zijn dat zijtakken van de HDAC? of?

#5

Marko

    Marko


  • >5k berichten
  • 8933 berichten
  • VIP

Geplaatst op 26 mei 2013 - 23:15

Dat zijn de betreffende aminozuren, Y=tyrosine dat op plaats 306 zit, en H=histidine op plaats 142 en 143. De structuren die erbij staan weergegeven zijn de R-groepen van deze aminozuren.

Cetero censeo Senseo non esse bibendum


#6

mrlngtng

    mrlngtng


  • >250 berichten
  • 251 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 27 mei 2013 - 09:07

Dat zijn de betreffende aminozuren, Y=tyrosine dat op plaats 306 zit, en H=histidine op plaats 142 en 143. De structuren die erbij staan weergegeven zijn de R-groepen van deze aminozuren.


Bedankt voor het snelle antwoord. Deze aminozuren zijn onderdelen van het HDAC eiwit?

#7

Marko

    Marko


  • >5k berichten
  • 8933 berichten
  • VIP

Geplaatst op 27 mei 2013 - 10:05

Ja.

Cetero censeo Senseo non esse bibendum


#8

mrlngtng

    mrlngtng


  • >250 berichten
  • 251 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 27 mei 2013 - 10:42

Ja.


Nogmaals bedankt voor uw snelle antwoord, het is van grote hulp! Zoals ik het begrijp is de actieve site van het enzym het metaal ion? Of behoren de andere aminozuren tyrosine en histidine ook tot de actieve site?

#9

Marko

    Marko


  • >5k berichten
  • 8933 berichten
  • VIP

Geplaatst op 27 mei 2013 - 11:07

Dat laatste. Het metaalion is betrokken bij de reactie, maar je kunt dat niet los zien van de andere aminozuren die daar staan getekend. Het wordt "op zijn plaats gehouden" door de aminozuren D178, H180 en D267 (D is asparaginezuur), dus die horen ook bij de actieve site

De aminozuren Y306 en G151 (G = glycine) "helpen" om het acetyl-lysine op zijn plaats te krijgen, en helpen in de laatste stap van de de-acetylering om het lysinemolecuul en het acetaat-ion te binden. Daarna diffunderen deze moleculen uit het enzym, waarna de cyclus weer opnieuw kan beginnen. Maar deze aminozuren horen dus ook bij de actieve site.

De beide histidines H142 en H143 zijn direct betrokken bij de katalytische reactie, omdat ze de benodigde proton-overdracht faciliteren.

Het plaatje wat daar getoond wordt is in feite de actieve site, of natuurlijk liever gezegd: het is een schematische weergave van de actieve site..

Cetero censeo Senseo non esse bibendum


#10

mrlngtng

    mrlngtng


  • >250 berichten
  • 251 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 27 mei 2013 - 20:56

Dat laatste. Het metaalion is betrokken bij de reactie, maar je kunt dat niet los zien van de andere aminozuren die daar staan getekend. Het wordt "op zijn plaats gehouden" door de aminozuren D178, H180 en D267 (D is asparaginezuur), dus die horen ook bij de actieve site

De aminozuren Y306 en G151 (G = glycine) "helpen" om het acetyl-lysine op zijn plaats te krijgen, en helpen in de laatste stap van de de-acetylering om het lysinemolecuul en het acetaat-ion te binden. Daarna diffunderen deze moleculen uit het enzym, waarna de cyclus weer opnieuw kan beginnen. Maar deze aminozuren horen dus ook bij de actieve site.

De beide histidines H142 en H143 zijn direct betrokken bij de katalytische reactie, omdat ze de benodigde proton-overdracht faciliteren.

Het plaatje wat daar getoond wordt is in feite de actieve site, of natuurlijk liever gezegd: het is een schematische weergave van de actieve site..

Wederom bedankt voor het snelle antwoord! Ik heb echter nog een vraag; ik snap niet goed de organische denkwijze achter de stap van het intermediair naar het gedeacetyleerde lysine op volgende afbeelding.

Geplaatste afbeelding

Ik snap wel dat de negatieve lading overgaat naar een stabielere resonantievorm waarbij er een dubbele binding tussen C en O komt. Hierdoor heeft het C-atoom 5 bindingen (kan er maar 4 hebben) dus er moet een verbinding verbroken worden. Ik snap echter niet hoe het H-atoom van het histidine residue en H atoom van de OH-groep naar N gaan ter vorming van NH3+...

Oprecht bedankt voor de hulp!

Veranderd door Kravitz, 27 mei 2013 - 22:02
afbeelding ingesloten


#11

Marko

    Marko


  • >5k berichten
  • 8933 berichten
  • VIP

Geplaatst op 28 mei 2013 - 13:28

De pijlen geven (hypotetische) elektronenpaar-bewegingen aan, dat weet je als het goed is nog van je organische chemielessen.

De tweede stap geeft het volgende aan:

Het vrije elektronenpaar van het O- atoom verschuift naar C; het elektronenpaar van de N-C binding wordt een bindingselektronenpaar van een N-H binding op lysine. je gaf al aan dat er één elektronenpaar van het C-atoom moest verdwijnen; dat is deze. Om die binding aan te kunnen gaan moet het H-atoom zijn binding met de N van histidine opgeven, dat wordt een vrij elektronenpaar. Histidine is dan dus ongeladen, azijnzuur is ongeladen, en lysine is ongeladen.

Na deze stap is de splitsing dus al gebeurd. Echter, azijnzuur is een sterker zuur dan het geconjugeerde zuur van lysine; Er zal dus ook een zuur-basereactie plaatsvinden, waarbij dat proton wordt overgedragen. Waarschijnlijk omdat zuur-basereacties zo snel gaan staat deze zuur-basereactie niet als aparte stap, maar is opgenomen in stap 2.

Cetero censeo Senseo non esse bibendum






0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures