Springen naar inhoud

nicked lineair DNA


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Theo22

    Theo22


  • >25 berichten
  • 74 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 28 juni 2013 - 22:32

Hallo,

Wanneer je een plasmide DNA op een agarose gel zet krijg je 3 banden: een lineaire band, een band van supercoiled plasmide die sneller loopt en een band met nicked DNA die juist meer vertraagd wordt.

Mijn vraag gaat over het loopgedrag van nicked lineair DNA met een lengte van 1 kb.. Hoe loopt dat op een 0,8% agarose gel t.o.v. het intacte lineaire DNA? Heeft iemand daar ervaring mee?

Alvast bedankt,

Theo

Veranderd door Theo22, 28 juni 2013 - 22:32


Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8246 berichten
  • VIP

Geplaatst op 09 juli 2013 - 07:50

een plasmide bestaat niet in nicked lineaire vorm. De nicked open-circulaire vorm bestaat wel.

Kijk voor meer info eens hier:
http://en.wikipedia....d#Conformations
"Meep meep meep." Beaker

#3

Theo22

    Theo22


  • >25 berichten
  • 74 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 09 juli 2013 - 22:07

Hallo Wouter,

Dank je wel voor je reactie. Ik denk dat je mijn vraag niet goed gelezen. Mijn vraag gaat namelijk niet over een plasmide in nicked lineaire vorm. Mijn vraag gaat over nicked lineair DNA van 1kb. Het betreft een PCR product waar ik de nicks zelf in aangebracht heb. Om precies te zijn 5 stuks binnen een lengte van 60 bp.
Ik hoop dat je ook een antwoord op mijn vraag hebt.

groetjes,

Theo

#4

Theo22

    Theo22


  • >25 berichten
  • 74 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 18 juli 2013 - 21:31

Om m'n eigen vraag dan maar te beantwoorden: wanneer ik m'n PCR fragment op een 6% polyacrylamide/TBE gel run, veroorzaken de 5 nicks een enorm verschil in loopsnelheid. En nog verbazingwekkender: het verschil is ook goed te zien wanneer de nicks in een 6 kb PCR fragment aangebracht worden. Op een agarose gel zijn deze verschillen in loopgedrag niet waarneembaar.

#5

Kravitz

    Kravitz


  • >1k berichten
  • 4042 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 07 augustus 2013 - 17:36

Uit interesse Theo, lopen ze sneller?
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill

#6

Theo22

    Theo22


  • >25 berichten
  • 74 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 07 augustus 2013 - 20:42

Uit interesse Theo, lopen ze sneller?


Nee, langzamer





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures