Springen naar inhoud

Repetitief DNA


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Aurelia

    Aurelia


  • 0 - 25 berichten
  • 20 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 01 maart 2014 - 14:43

Hallo allemaal,

Er zijn een aantal dingen ivm repetitief DNA die ik niet zo goed snap:

Ik weet ondertussen dat er gekoppelde en niet-gekoppelde herhalingen voorkomen. Maar deze twee groepen worden nog verder opgesplitst. De gekoppelde herhalingen worden gesplitst in tandem herhaalde sequenties en genen clusters voor ribosomale RNAs. Wat zijn genenclusters voor ribosomaal RNA, wat moet ik me erbij voorstellen? Kan iemand hier meer uitleg over geven aub?

Vervolgens worden de niet gekoppelde (of verspreide) herhaalde sequenties ook opgesplitst in LINE en SINE. Deze SINE en LINE snap ik ook niet, iemand die mij deze begrippen zou kunnen uitleggen aub?

Tot slot heb ik ook gevonden dat 45% van ons volledig genoom afkomstig is van (retro)transposons maar wat zijn dit?

Zou iemand mij al deze begrippen kunnen uitleggen aub?


Alvast bedankt!! :)

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Kravitz

    Kravitz


  • >1k berichten
  • 4042 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 02 maart 2014 - 23:07

De gekoppelde herhalingen worden gesplitst in tandem herhaalde sequenties en genen clusters voor ribosomale RNAs. Wat zijn genenclusters voor ribosomaal RNA, wat moet ik me erbij voorstellen? Kan iemand hier meer uitleg over geven aub?

Genen die voor ribosomaal DNA coderen zijn in tandem repeat achter elkaar gelegen. Bij hogere eukaryoten kunnen dat 100-en kopijen zijn en bij de mens loopt dit zelfs op tot 400 repeats gelegen op 5 verschillende chromosomen. Iedere repeat wordt gescheiden van de volgende door een non-transcribed spacer (NTS) die controle signalen bevat voor de transcriptie. Door al die repeats worden er gigantische hoeveelheden rRNA geproduceerd (zie figuur). Om dit even in perspectief te plaatsen; bij zoogdieren staat de rDNA transcriptie in voor 35-65% van de totale transcriptie!

germ21p.GIF

11.12.jpg


Vervolgens worden de niet gekoppelde (of verspreide) herhaalde sequenties ook opgesplitst in LINE en SINE. Deze SINE en LINE snap ik ook niet, iemand die mij deze begrippen zou kunnen uitleggen aub?

LINE en SINEs zijn retrotransposons die op willekeurige plaatsen in het humaan genoom gelegen zijn. LINEs zijn Long Interspersed Elements and SINEs zijn Short Interspersed Elements. LINEs lijken op retrotransposons en bezitten een reverse transcriptase in hun ORF, maar missen de LTR die typisch zijn voor een "echt" retrotranspon. Als gevolg van het reverse transcriptase kan de transpositie bij LINES dus autonoom gebeuren.
In tegenstelling tot LINEs bezitten SINEs geen reverse transcriptase en deze zijn dus bijgevolg niet autonoom. Misschien een weetje is dat de meest abundante SINE in het humane genoom Alu wordt genoemd. De naam is afkomstig omdat deze een targetsite bevat voor het restrictie-enzym Alu.

Tot slot heb ik ook gevonden dat 45% van ons volledig genoom afkomstig is van (retro)transposons maar wat zijn dit?

Tansposons zijn stukken DNA die van positie kunnen wisselen in genoom. Maar eigenlijk is dit een heel algemene vraag. Als je bovenstaande vragen stelt neem ik aan dat je ook basis van transposons hebt gezien, misschien moet je daar eens naar terugkijken? Eventueel kan je ook een kijkje nemen op:
http://en.wikipedia....wiki/Transposon
http://nl.wikipedia....i/Springend_gen

Als je nog specifieke vragen hebt ben je zeker welkom!
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill

#3

Aurelia

    Aurelia


  • 0 - 25 berichten
  • 20 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 09 maart 2014 - 09:24

Hallo,

we hebben transposons niet gezien in de cursus want men veronderstelt dat we dit gezien hebben in het middelbaar (wat bij mij dus niet het geval is). Ik heb ondertussen al opgezocht wat transposons zijn, maar het is nog steeds niet helemaal duidelijk.

Wanneer verspringen deze genen, kan dit op ieder moment gebeuren of enkel tijdens celdeling? De functie van transposons snap ik ook nog niet zo goed. Waarom verspringen deze genen, welke functie heeft dit? Is dit een soort van mutatie en welke gevolgen heeft dit dan (is het schadelijk voor de gezondheid, kan dit kanker veroorzaken?)

Alvast bedankt! :)

#4

Kravitz

    Kravitz


  • >1k berichten
  • 4042 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 14 maart 2014 - 21:36

Transposons worden in het genoom normaal gezien gesilenced waardoor ze niet gaan springen, maar in principe kunnen ze ieder moment naar een andere positie springen. Tijdens de celdeling is er een grote switch van genen die afgeschreven worden, als gevolg hiervan is er dus lokaal meer kans dat enkele transposons minder gesilenced worden en bijgevolg actief worden.

Waarom verspringen ze? Dat is een lastige vraag. Evolutionair gezien kunnen duplicaties van target-sites (die ontstaan bij insertie van het transposon) voordelig zijn voor een species. Daarenboven wordt het genoom hierdoor een stuk dynamischer wat op lange termijn ook voordelen zou kunnen hebben. In sommige gevallen zijn transposons ook belangrijk bij de ontwikkeling van het species.

Niettegenstaande bovenstaande zijn transposons ook regelmatig betrokken bij ziektes. Ze veroorzaken inderdaad mutaties en je kan je wel voorstellen wat er gebeurt wanneer een transposon in een tumorsupressorgen zoals p53 springt.
"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures