Springen naar inhoud

DNA



  • Log in om te kunnen reageren

#1

limburg027

    limburg027


  • 0 - 25 berichten
  • 20 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 29 maart 2014 - 18:29

Ik begrijp het niet waarom je nu telkens een nieuwe nucleotide aan een 3' uiteinde moet plaatsen bij een replicatie. Ik snap wel als dit plaats vindt dat van de ATP,GTP,CTP en TTP energie wordt genomen van de 2 fosfaat groepen van de nucleotide.

Maar dit zou net zo goed ook kunnen aan de 5' uiteinde toch ?

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Theo22

    Theo22


  • >25 berichten
  • 74 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 29 maart 2014 - 23:07

Nee, tijdens replicatie wordt de DNA strand altijd afgelezen van 3'naar 5' en dus altijd aangemaakt van 5' naar 3'. Overigens geldt dit niet alleen voor DNA replicatie. Ook bij RNA replicatie (bij RNA-afhankelijke polymerases) is dit het geval.

#3

limburg027

    limburg027


  • 0 - 25 berichten
  • 20 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 30 maart 2014 - 11:14

dat begrijp ik, maar mijn vraag is nu, stel dat tijdens een replicatie of een transcriptie plaatsvindt en De nucletide aan de RNA-primer niet aan de 3' uiteinde wordt geplaatst, maar aan de 5' uiteinde. Kan dit ?

#4

Theo22

    Theo22


  • >25 berichten
  • 74 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 30 maart 2014 - 11:21

Ik ken geen voorbeeld van een polymerase die dit kan.

#5

limburg027

    limburg027


  • 0 - 25 berichten
  • 20 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 30 maart 2014 - 11:22

ik ook niet, het kan schijnbaar dus niet. maar waarom dan niet ?

#6

Theo22

    Theo22


  • >25 berichten
  • 74 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 30 maart 2014 - 11:38

Tja, waarom gebruikt het lichaam alleen rechtsdraaiende suikers en linksdraaiende aminozuren? Waarom alleen polymerase activiteit in de ene richting en niet in de andere richting? Ik denk dat deze keuzes het gevolg zijn van evolutionaire selecties, Maar hoe het precies zit weet niemand. Kijk ook maar eens HIER

#7

JelmerMVL

    JelmerMVL


  • >250 berichten
  • 468 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 13 november 2014 - 19:31

Wanneer er gevraagd wordt naar de transcriptierichting kun je dit toch eigenlijk op twee manieren opvatten? De transcriptie vindt namelijk plaats van 3' naar 5' over de template en van 5' naar 3' over het nieuw gevormde mRNA. Wat is dan dé transcriptierichting?

Veranderd door JelmerMVL, 13 november 2014 - 19:32


#8

Arjen.

    Arjen.


  • 0 - 25 berichten
  • 5 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 15 november 2014 - 21:37

Ik kan proberen te veklaren waarom DNA (en ook RNA) alleen richting de 3' kant van de nieuw gevormde DNA streng groeit.

 

Als er een nieuwe base aangevoerd wordt, komen er 3 fosfaat groepen mee. 2 om energie te leveren voor de binding en 1 voor in de backbone. 

Stel dat er een fout gemaakt wordt door DNA polymerase, dan wordt de fout gesynthetiseerde base er weer uitgehaald door proofreading. De situatie is precies zoals het was.

 

Stel dat hypothetisch DNA aan de 5' van de nieuwe DNA streng zou synthetiseren:

Aangezien de 3 fosfaatgroepen aan de 5' kant van de nucleotide zitten, moeten de 2 fosfaat groepen die voor de energie leveren al in de template streng zitten. 

Als er nu een fout wordt gemaakt door DNA polymerase, wordt de base weer verwijderd. De 2 fosfaatgroepen die de energie leverden zijn al 'gebruikt' en zitten dus niet meer aan de template strand. Als er een nieuwe base aan komt, zal deze niet meer kunnen binden, aangezien er geen fosfaatgroepen meer zijn die energie kunnen leveren.

 

Als je niet echt een beeld hebt bij mijn verhaal, kijk dan op de onderstaande afbeelding:

 

4X4M3P3.png

Veranderd door Kravitz, 15 november 2014 - 22:23
afbeelding als bijlage toegevoegd


#9

JelmerMVL

    JelmerMVL


  • >250 berichten
  • 468 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 16 november 2014 - 12:09

Bedankt voor de reactie. In het boek dat wij gebruiken (Essential Cell Biology, ook van Garland Science) wordt dit helaas niet behandeld, dus het is handig dat ik nu deze afbeelding zie. 

 

Dan vraag ik me toch nog wel af of hetgeen ik in post 7 formuleerde wel klopt.

 

Kleine correctie: dit wordt wel degelijk ook in Essential Cell Biology behandeld, maar niet in de hoofdstukken die ik voor het tentamen moet leren. Desalniettemin wel nuttig om te weten.

Veranderd door JelmerMVL, 16 november 2014 - 12:15


#10

Kravitz

    Kravitz


  • >1k berichten
  • 4042 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 16 november 2014 - 18:59

Met transcriptierichting bedoelen ze de richting waarin het nieuw mRNA gesynthetiseerd wordt. Het woord komt in feite van "richting van transcriptie" en dus is dat altijd van 5' naar 3'.

"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill

#11

JelmerMVL

    JelmerMVL


  • >250 berichten
  • 468 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 17 november 2014 - 12:28

Na de bijbehorende tekst in het boek te hebben gelezen, heersen er alsnog een aantal vragen omtrent proofreading en DNA-replicatie.

Als ik het goed begrijp, wordt hier een verkeerde nucleotide ingebouwd (donkergroen). Door proofreading wordt die verkeerde nucleotide eruitgehaald. Echter is het vervolgens niet meer mogelijk om de correcte nucleotide (rood) in te bouwen. In het boek staat hierover:

 

... a hypothetical DNA polymerase that synthesized in the 3'-to-5' direction would be unable to proofread: if it removed an incorrectly paired nucleotide, the polymerase would create a chain end that is chemically dead, in the sense that it could not be elongated.

 

Kan iemand uitleggen wat er met het dikgedrukte bedoeld wordt? Kennelijk kan aan de 5'-kant de juiste nucleotide niet meer binden. Arjen is hier al over begonnen, maar toch begrijp ik het nog niet.


#12

Arjen.

    Arjen.


  • 0 - 25 berichten
  • 5 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 17 november 2014 - 16:08

Wat ermee bedoeld wordt is het volgende:

 

De 3 fosfaatgroepen worden per definitie aan het 5' uiteinde van de nucleotide vervoerd. 

In deze hypothetische situatie moet de 3' kant van de nucleotide aan de streng gevoegd worden. De energie uit 3 fosfaten die daarvoor nodig is, moet dus al in de streng zitten (de vorige ingebouwde nucleotide). 

Dit zou hypothetisch kunnen.

 

Stel je nu eens voor dat de laatste nucleotide verwijderd wordt (zie ook de afbeelding). In dat geval zitten er geen 3 fosfaten meer aan het 5' uiteinde van de nieuwe streng. 

Zoals ik net al uitgelegd heb, zijn deze 3 fosfaten wel nodig voor de binding. Zonder deze fosfaten kan er niet genoeg energie geleverd worden om de juiste nucleotide aan de nieuwe streng vast te maken. Zodoende is de streng dood in de zin dat het niet verlengd kan worden.


#13

JelmerMVL

    JelmerMVL


  • >250 berichten
  • 468 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 21 november 2014 - 20:40

Bedankt, dat begrijp ik nu. Dan heb ik nog wel een vraag over de afbeelding. Wat ik nog niet helemaal begrijp is de eerste situatie, dus de toevoeging van de verkeerde (groene) nucleotide. De primer strand heeft aan zijn 5' drie fosfaatgroepen gebonden. De groene nucleotide heeft ook drie fosfaatgroepen gebonden en daarvan worden er kennelijk twee afgehaald, waardoor de groene nucleotide één fosfaatgroep overhoudt. Dan zou je zeggen dat de primer strand op de tweede regel aan de 5' één fosfaatgroep heeft. Immers zijn er helemaal bovenin drie fosfaatgroepen aanwezig, die zijn alle drie nodig voor de binding en de groene nucleotide bevat zelf nog één fosfaatgroep. Waarom zijn er op de tweede regel dan toch drie fosfaatgroepen aan de 5'-kant getekend?







Also tagged with one or more of these keywords: biologie

0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures