Springen naar inhoud

DNA onderzoek PCR 'amplicon' bij primers


  • Log in om te kunnen reageren

#1

HelpIzzy

    HelpIzzy


  • 0 - 25 berichten
  • 5 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 03 april 2014 - 11:04

Hallo
Voor mijn opleiding ben ik een project gestart naar het identificeren van tonijnsoorten.
Dit wil ik gaan doen door middel van PCR. Ik heb de Primers van verschillende tonijnsoorten gevonden, maar er wordt gesproken van Amplicon in BP. Ik heb gelezen dat dit iets te maken heeft met de lengte van het DNA en dat deze het best tussen de 50 en 200 bp moet liggen. Maar wat betekent dit precies?

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Themisto

    Themisto


  • >25 berichten
  • 86 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 03 april 2014 - 11:22

Het amplicon is simpelweg een andere naam voor je PCR product. De lengte hiervan wordt uitgedrukt in baseparen/basepairs, ofwel Bp. De plaatsing van je primers bepaald de lengte van je amplicon/PCR product

Veranderd door Callisto, 03 april 2014 - 11:26


#3

HelpIzzy

    HelpIzzy


  • 0 - 25 berichten
  • 5 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 03 april 2014 - 12:20

Dankjewel voor je reactie! Waarom wordt er aanbevolen deze amplicon kort te kiezen? Wat is/zijn de gevolg(en) als deze te lang (bijv. rond de 600 bp) zijn?

#4

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8248 berichten
  • VIP

Geplaatst op 03 april 2014 - 13:15

600 bp kan nog wel werken. De elongatie stap is korter als je een korter pcr product hebt. Ook zal het betekenen dat je het product niet zo lang op gel hoeft te zetten om duidelijk een bandje te zien. 200 bp gaat nu eenmaal vlotter op gel dan 600 bp.
"Meep meep meep." Beaker

#5

Theo22

    Theo22


  • >25 berichten
  • 74 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 03 april 2014 - 16:36

en dat deze het best tussen de 50 en 200 bp moet liggen. Maar wat betekent dit precies?

Een klein PCR product (100-150 bp) is met name van belang wanneer je een kwantitatieve PCR (qPCR) gaat uitvoeren. Voor een normale PCR zijn lengtes van 200-1000 bp helemaal geen probleem.

#6

Jaffaa

    Jaffaa


  • >25 berichten
  • 83 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 04 april 2014 - 12:09

verder is het ook van belang dat je rekening houdt met extensie tijd in de PCR reactie afhankelijk van de lengte.. DNA polymerases bouwen maar een bepaald aantal bp in per minuut...





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures