Springen naar inhoud

RNA sequencing


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Rientje

    Rientje


  • >25 berichten
  • 43 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 03 mei 2014 - 12:55

Hallo,
Hoe gebeurt het sequencen van erna? Gebeurt dat op dezelfde manier als DNA of moet dat eerst omgevormd worden tot DNA?

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Themisto

    Themisto


  • >25 berichten
  • 86 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 03 mei 2014 - 13:26

Je hebt het al bij het juiste eind :) RNA moet eerst omgevormd worden tot DNA, dit DNA noemen we copy DNA(cDNA) en wordt gevormd middels een techniek wat Reverse Transcriptase PCR heet. Je zal vast meer informatie vinden als je daar eens op googled ;)

#3

Rientje

    Rientje


  • >25 berichten
  • 43 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 03 mei 2014 - 14:33

Maar als je dat via dat rtPCR doet dan heb je van beide strengen DNA aanwezig, maar hoe kan je dan die ene streng van het RNA sequencen?


Mijn vorige reactie was niet heel duidelijk. Voor een ISH gebruik je toch een antisense en een sense probe. Bij onderzoek wat uitgevoerd werd, werd er gedacht dat op de epjes waar de antisense en de sense probe inzaten, dat die omgekeerd gelabeld waren. Dus hebben ze gesequenced om te zien of de antisense RNA probe inderdaad in het epje zat waar antisense opstond. Maar als je nu zo een RNA streng gaat omvormen naar cDNA via rtPCR dan heb je toch zowel het DNA van je antisense als sense probe aanwezig en weet je toch nog niet welke nu in dat potje zat?


#4

Themisto

    Themisto


  • >25 berichten
  • 86 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 03 mei 2014 - 19:59

Met sequencen kan je altijd beide strengen sequencen, door zowel de forward als de reverse reactie te sequencen. Maar in het probleem wat jij beschrijft kan dit inderdaad niet, tenzij je een unieke sequentie in je RNA probes hebt opgenomen om ze van elkaar te kunnen onderscheiden na de rtPCR en sequencing. Waarom vermoed je dat ze verkeerd gelabeld zijn?

#5

Rientje

    Rientje


  • >25 berichten
  • 43 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 04 mei 2014 - 15:14

Ze hadden het DNA waarvan de RNA probe van gemaakt was gesequenced en terug nieuwe probe gemaakt maar hetzelfde resultaat werd bekomen. Met de antisense probe werd zo goed als geen signaal waargenomen en met de sense wel






0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures