SDS-PAGE

forumask

Hallo ,

ik heb een vraag over de techniek SDS-PAGE. daarin worden eiwitten gedenatureerd mbv SDS.
Per aminozuur binden er 2 SDs? Dus aan een groot eiwit zit meer SDS gekoppeld.
Als je de eiwitten dan scheidt via elektroforesisch, zou ik denken dat de grote eiwitten juist het verst migreren omdat zij de meeste negatieve lading bezitten (meer sds) en dus meer naar de positieve pool willen gaan.
Nochtans zijn het de korte eiwitten die het verst migreren, omdat zij het minste weerstand hebben?

Kravitz

forumask schreef: Per aminozuur binden er 2 SDs?

Klopt, dat wordt ook bevestigd in deze paper [doi]10.1073/pnas.0602816103[/doi].

Dus aan een groot eiwit zit meer SDS gekoppeld.
Als je de eiwitten dan scheidt via elektroforesisch, zou ik denken dat de grote eiwitten juist het verst migreren omdat zij de meeste negatieve lading bezitten (meer sds) en dus meer naar de positieve pool willen gaan.
Nochtans zijn het de korte eiwitten die het verst migreren, omdat zij het minste weerstand hebben?

Grote eiwitten hebben ook een grotere massa. Door de binding van SDS krijgen alle eiwitten een gelijke massa/ladings balans en krijgen ze allemaal ongeveer dezelfde vorm (ze worden immers gedenatureerd). Als gevolg hiervan gebeurt de scheiding enkel op basis van grootte en zal enkel het moleculaire zeefeffect van de gel een rol spelen in hoe snel een specifiek eiwit zal migreren.

De gel is in feite een soort van zeef, de poriën van de zeef zijn afhankelijk van de concentratie acrylamide die je gebruikte hebt. Een 5% gel zal dus grotere poriën hebben dan een 10% gel.
Zoals je wel kan begrijpen is het voor kleine eiwitten gemakkelijker om door de gaatjes te kruipen in vergelijking met de grote eiwitten. Bijgevolg migreren de grote eiwitten trager dan de kleine.

QuarkSV

forumask schreef: Per aminozuur binden er 2 SDs? Dus aan een groot eiwit zit meer SDS gekoppeld.

Kravitz schreef: Klopt, dat wordt ook bevestigd in deze paper [doi]10.1073/pnas.0602816103[/doi].

Een detail, maar is het niet andersom? Ik dacht dat er 1 molecule SDS per 2 aminozuren bond...

Kravitz

QuarkSV schreef: Een detail, maar is het niet andersom? Ik dacht dat er 1 molecule SDS per 2 aminozuren bond...

Ja klopt! Overheen gelezen denk ik

.

forumask

Dus als een groot en een klein eiwit dezelfde lading/massa balans hebben, dan nemen ze ongeveer dezelfde vorm aan?
En dus het effect van die "hoeveelheid lading" maakt dan eigenlijk niets uit?

Bedankt!

QuarkSV

forumask schreef: Dus als een groot en een klein eiwit dezelfde lading/massa balans hebben, dan nemen ze ongeveer dezelfde vorm aan?
En dus het effect van die "hoeveelheid lading" maakt dan eigenlijk niets uit?

Ze krijgen dezelfde 'vorm' omdat ze gedenatureerd worden.

Er zijn twee begrippen van tel: lading/massa balans en moleculaire grootte. De lading/massa balans wordt voor alle te scheiden eiwitten gelijk gemaakt (door SDS) omdat grote eiwitten een grotere lading krijgen en vice versa. De scheiding in een SDS-PAGE gebeurt dus enkel o.b.v. de moleculaire grootte van de eiwitten.

Grote eiwitten migreren trager dan kleine eiwitten doorheen de gel en dat wordt dan het "moleculaire zeefeffect" genoemd... Hoe kleiner je de 'poriën' in je gel maakt, hoe strenger je gaat scheiden (als je bv staal hebt met allemaal relatief 'kleine' eiwitten), namelijk de relatief grotere eiwitten migreren niet of bijna niet en de relatief kleinere eiwitten kunnen gescheiden worden (en vice versa). Als je een gewone polyacrylamide-gel gebruikt, zullen de kleine eiwitten gewoon sneller migreren (hoe kleiner, hoe sneller) en vice versa... Zie de uitleg van Kravitz hierboven ergens

. Resultaat: een 'ladder' van je staal waarvan elke 'trede'/'sport' een eiwit is, gescheiden o.b.v. moleculaire grootte.

Wetenschapsforum

Laatste berichten

Nieuwsberichten

SDS-PAGE

SDS-PAGE

Re: SDS-PAGE

Re: SDS-PAGE

Re: SDS-PAGE

Re: SDS-PAGE

Re: SDS-PAGE