Springen naar inhoud

FASTA (bio informatica)


  • Log in om te kunnen reageren

#1

mrlngtng

    mrlngtng


  • >250 berichten
  • 251 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 21 juni 2014 - 18:16

Hallo,

 

Een FASTA werkt in een aantal stappen, die ik niet zo goed begrijp, zoals deze

 

"Extend these segments to include similar residues, use the appropriate matrix"


Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

In physics I trust

    In physics I trust


  • >5k berichten
  • 7384 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 22 juni 2014 - 15:14

Je kan een substitutie of scoring matrix gebruiken, dat is wat er bedoeld wordt meet 'use the appropiate matrix'. Verder is FASTA bedoeld om globale sequenties te gaan vergelijken (let op performantie hierbij!)n eb wat er bedoel is met extend these sequences verwijst volgens mij naar:

 

these: van de gevonden identieke k-tuples.

 

Je vertrekt dus van de overeenkomstige k-tuples, en je begint dan uit te breiden, om ook de residues te incorporeren.

 

Dus aligneren, en verder kijken langs de sequentie.

"C++ : Where friends have access to your private members." — Gavin Russell Baker.





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures