Springen naar inhoud

Gelijk aantal genen in rijstplant en mens.


  • Log in om te kunnen reageren

#1

descheleschilder

    descheleschilder


  • >1k berichten
  • 1165 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 07 juli 2014 - 23:11

Ik las onlangs in een artikel dat het aantal genen die correseponderen met eiwitten in een rijstplant ongeveer hetzelfde is als bij de mens. Je zou denken hoe het dan kan dat een mens zoveel compexer is dan een rijstplantje. 

Bovendien stond er in het artikel dat de hoeveelheid junk DNA bij de mens echter enorm veel groter is dan bij de rijstplant.

Er werd altijd gedacht dat junk-DNA een overblijfsel was van genen die ooit nuttig waren maar dat nu niet meer zijn. Zou het zo kunnen zijn dat junk-DNA niet dat soort genen waren maar wel een grote invloed op de compexiteit van het wezen hebben die dat junk-DNA bevatten?

Ik lach en dans, dus ik ben; bovendien blijft ondanks de wetenschap het mysterie bestaan!

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Typhoner

    Typhoner


  • >1k berichten
  • 2446 berichten
  • VIP

Geplaatst op 08 juli 2014 - 16:51

 dat een mens zoveel compexer is dan een rijstplantje.

 

Waarom? Er zijn veel dingen die planten wel (moeten) kunnen, en mensen niet. Planten hebben een complexe biochemie (bijvoorbeeld om het gebrek aan specifieke excretie-mechanismen vereist te compenseren) en moeten bijvoorbeeld in staat zijn bepaalde stress-situaties te overleven: situaties waarbij bijvoorbeeld dieren gewoon kunnen weglopen (koude, hitte, droogte, veel water, straling), terwijl planten deze moeten trotseren.

 

Zie bijvoorbeeld hier.

Veranderd door Typhoner, 08 juli 2014 - 16:54

This is weird as hell. I approve.

#3

descheleschilder

    descheleschilder


  • >1k berichten
  • 1165 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 10 juli 2014 - 13:46

Het mij toch aannemelijker dat er meer dingen zijn die mensen (moeten) kunnen en planten niet. Er zijn ook situaties denkbaar waar mensen niet zomaar van de door jou aangehaalde voorbeelden kunnen weglopen. En wat dacht je van het weglopen op zich, of meer in het algemeen het hele scala aan mogelijke bewegingen die de mens meester is. Of het feit dat ik met jou over dit onderwerp schrijf. De enorme complexiteit van het centrale zenuwstelsel. Of de excretie-mechanismen waarvoor de plant moet compenseren. Wat te denken van ogen, en de lange weg die voedsel moet gaan te beginnen bij de mond en eindigend bij de anus.

Het probleem is Natuurlijk wat de criteria voor complexiteit zijn.

Ik lach en dans, dus ik ben; bovendien blijft ondanks de wetenschap het mysterie bestaan!

#4

Fuzzwood

    Fuzzwood


  • >5k berichten
  • 11101 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 10 juli 2014 - 15:13

Die lange weg is niet zo complex hoor. In wezen is de mens te vergelijken met een donut.


#5

descheleschilder

    descheleschilder


  • >1k berichten
  • 1165 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 11 juli 2014 - 08:55

Ik denk eerder dat de mens toplogisch equivalent is met een stuk PVC-buis.

Ik lach en dans, dus ik ben; bovendien blijft ondanks de wetenschap het mysterie bestaan!

#6

luc

    luc


  • >100 berichten
  • 242 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 11 juli 2014 - 09:36

Ik denk eerder dat de mens toplogisch equivalent is met een stuk PVC-buis.

 

Kun je dit onderbouwen? Van toplogisch heb ik nog nooit gehoord en als je topologisch bedoeld snap ik je al helemaal niet meer.

 

Als dit een grap is vind ik dit een beetje respectloos ten opzichte van Fuzzwood. Fuzzwood heeft namelijk wel een punt maar die heb je niet begrepen. Je vergelijking klopt in ieder geval niet aangezien PVC een kunstmatig plastic is en een donut tenminste nog vol dit met plantaardige stoffen.

Als dit een serieuze reactie was en ik je gewoon niet snap dan mijn excuses en ik kijk uit naar je onderbouwing van je statement.

 

Veranderd door luc, 11 juli 2014 - 09:37

HBO Elektrotechniek student 3de jaar

#7

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 12 juli 2014 - 09:29

Topologisch zijn een pvcbuis en een donut identiek. Ze hebben beide 1 gat.

Terug op het onderwerp: het aantal genen van veel complexe organismen is heel erg vergelijkbaar. Maar net als met andere delen van het leven hebben verschillende organismen verschillende genetische oplossingen voor hetzelfde probleem. Daardoor kunnen de genomen behoorlijk anders uitpakken. Als we dichtbij elkaar beginnen: Het verschil tussen de genomen van een chimpansee en een mens is 1%, en de meeste van de verschillen liggen buiten de genen. Dat lijkt inderdaad niet op junk. Heel veel van die junk heeft een functie, en dat begrijpen we lang nog niet allemaal. Helemaal aan de andere kant van het spectrum vinden we niet rijst, maar bijvoorbeeld een dennenboom met een genoom dat 30x zo groot is als dat van een mens, en een amoebe die daar met 300x nog een schepje bovenop doet.

#8

descheleschilder

    descheleschilder


  • >1k berichten
  • 1165 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 juli 2014 - 15:30

Aan Luc:

Ik schreef inderdaad toplogisch. Misschien bestaat het woord wel en is het een top logisch woord. Maar ik bedoelde het serieus. Het bekende voorbeeld van twee topologisch gelijkwaardige objecten is dat van de vorm van een theekopje met oor en een donutvorm: Je kunt het theekopje zo vervormen dat er een donutvorm tevoorschijn komt. Een donutvorm is gesloten, een stuk pvc-buis niet. Jouw mond is dan één kant van de buis, je kontgat het andere. Aan de ene kant gaat er eten in en aan de andere kant komen er de uitwerpselen uit. Hierbij laten we de blaas en het gaatje waar plas uitkomt even buiten beschouwing (neem je die wél in beschouwing dan wordt de pvc buis vorm een andere vorm). Het greote verschil tussen een donutvorm en een pvc buis is dat er van buiten de donut niets de donut in kan, terwijl dit bij een pvc buis duidelijk wel het geval is. Ik zeg ook net dat we van plastic zijn, net zo min als dat we van donut materiaal gemaakt zijn, maar ik praat over de vorm. Misschien zijn volgens de definitie van topologisch gelijkwaardig (en die definitie is best wel moeilijk (http://www.encyclo.nl/begrip/topologie) ) een donut en pvc buis vorm wél topologisch evenwaardig, feit blijft dat we niet met een mond voedsel tot ons zouden kunnen nemen als we wat vorm betreft teruggebracht konden tot een donut.

Dit heeft echter weinig te maken met het onderwerp waar het hier om gaat. Daarvoor kun je beter bij de wiskunde terecht.

Ik ben echt verbaasd dat rwwh vermeldt dat er amoeben bestaan die 300 maal zoveel genen bevatten als de mens. Een amoebe is toch duidelijk minder complex dan de mens? Hoe zit het met junk-DNA bij amoeben. Ik vermoed dat dat percentage junk-DNA bij amoeben veel kleiner is dan bij mensen, hetgeen doet vermoeden dat niet het percentage genen in DNA van een dier of plant bepalend is voor de complexiteit voor een dier of plant (waarbij ik alleen het genoom dat de kern bevat beschouw)

 


Het verschil tussen de genomen van een chimpansee en een mens is 1%, en de meeste van de verschillen liggen buiten de genen.

 

Bedoel je daarmee de verschillen in het fenotype?

Ik lach en dans, dus ik ben; bovendien blijft ondanks de wetenschap het mysterie bestaan!

#9

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 12 juli 2014 - 16:49

Er lopen nu twee discussies door elkaar:
1) een donut, een pvc pijp, een koffiekopje en een mens hebben alledrie precies 1 gat door zich heen. Het equivalent is eten bovenin een donut gooien en de uitwerpselen er onderuit.

2) voor de amoebe had ik het niet over 300x zoveel genen, maar over een genoom van 900 gigabasen. Omdat dat zo groot is hebben we nog geen idee hoe dat eruit ziet.

Die 1% verschil tussen aap en mens is 1% van het genotype, dus 30 miljoen posities in het genoom. Dat verschil is kleiner dan tussen een man en een vrouw ( x chromosoom tegen y chromosoom).

#10

descheleschilder

    descheleschilder


  • >1k berichten
  • 1165 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 13 juli 2014 - 11:27

Goed. Even voor de "goede" orde: een donut vorm en een pijp vorm zijn niet topologisch gelijk. De donut vorm die ik in gedachte had was een wiskundig hol object, niet massief, met oneindig dunne wanden (een tweedimensionale variëteit) maar als je een massieve donut vorm bedoelt, dan is het lichaam inderdaad terug te brengen (wat vorm betreft) tot een massieve donut: je gooit eten door één kant van de donut dat er aan de andere kant als uitwerpselen uit komt. In dat geval zijn de massieve donut en de cylinder die ik in gedachte had, namelijk ook een wiskundig object (en geen pvc buis, want die is ook driedimensionaal en te vervormen tot een driedimensionale donut; mijn fout om dat object zo te noemen) met oneindig dunne wanden (ook een tweedimensionale variëteit), evenmin gelijk als de tweedimensionale donut en de tweedimensionale pijp. De tweedimensionale pijp heeft randen, de donut (massief of tweedimensionaal) niet. Genoeg hierover.

 

Als het genoom van de amoebe 300 maal zoveel basen (bedoel je daar baseparen mee?) bevat als de mens, zou het dan mogelijk zijn dat het grootste deel daarvan uit genen bestaat? Volgens mijn denkwijze dat het percentage junk-DNA (dat inderdaad een functie heeft, en dus geen junk is) in het genoom groter wordt naarmate flora en fauna complexer worden zou dit best het geval kunnen zijn.

Wat betreft het 1% verschil tussen het genoom van de mens en een chimpansee (30miljoen posities, hetgeen inderdaad 1% van de drie miljard posities in de mens: de amoebe heeft 900 miljard basen, dus de mens 3 miljard 1% van 3 miljard is 30 miljoen): die verschillen liggen buiten de genen. Is het grootste deel van die 30 miljoen basen die de mens meer heeft dan de chimpansee "junk"-DNA? En hoe zit dat met het percentage basen dat de vrouw meer heeft dan de man? Vormen die basen genen?

Ik lach en dans, dus ik ben; bovendien blijft ondanks de wetenschap het mysterie bestaan!

#11

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 13 juli 2014 - 12:27

Over de amoebe weten we niets. Voordat het humaan genoom was opgelost dachten we ook te weten dat een mens ca 100000 genen had, dus laten we over die amoebe maar niet speculeren. En inderdaad: bij 300x zoveel basen zijn er ook 300x zoveel baseparen....

Die 30 miljoen verschil tussen een chimpansee en een mens zijn geen uitbreiding, maar kleine verschillen hier en daar. Veel van die wijzigingen komen in de vorm van een "snp" (single nucleotide polymorphism), maar er zijn ook kleine en grotere "inserties, deleties, en inversies" (in goed Nederlands) en nog wat andere mogelijkheden. Tussen twee mensen zitten ook al ongeveer 1 miljoen verschillen, en in totaal zijn er als ik het goed ook al 10 miljoen verschillen tussen menselijke genomen gevonden. Tussen een man en een vrouw zit 1 heel chromosoom verschil: een man heeft een X en een Y, en een vrouw 2 X. Op het Y chromosoom zitten weinig genen, en de meeste daarvan hebben ook een variant op het X chromosoom.

#12

descheleschilder

    descheleschilder


  • >1k berichten
  • 1165 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 13 juli 2014 - 20:26

Wil dat laatste zeggen dat een X chromosoom voor een groot deel uit "junk" DNA bestaat?

Ik lach en dans, dus ik ben; bovendien blijft ondanks de wetenschap het mysterie bestaan!

#13

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 13 juli 2014 - 20:27

Niet meer of minder dan de andere chromosomen.

#14

descheleschilder

    descheleschilder


  • >1k berichten
  • 1165 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 13 juli 2014 - 21:32

Zitten er dan op het X chromosoom meer genen dan op het Y chromosoom?

Ik lach en dans, dus ik ben; bovendien blijft ondanks de wetenschap het mysterie bestaan!

#15

rwwh

    rwwh


  • >5k berichten
  • 6847 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 13 juli 2014 - 21:32

Ja, het Y chromosoom is slechts een klein restje van wat het ooit moet zijn geweest.





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures