Springen naar inhoud

Swiss-PdbViewer eiwitten kleuren



  • Log in om te kunnen reageren

#1

JelmerMVL

    JelmerMVL


  • >250 berichten
  • 468 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 11 oktober 2014 - 15:28

Als opdracht heb ik meegekregen om in het programma Swiss-PdbViewer enkele eiwitten te tekenen, namelijk GFP, CFP, YFP en RFP. Het is in dit programma ook mogelijk om de eiwitten een kleur mee te geven, want dit zijn allemaal fluorescerende eiwitten. Hoe weet ik welk deel van de structuur verantwoordelijk is voor de betreffende kleur (oftewel, wat is het chromofoor)? Is dat de helix, een sheet of de zijgroep?

 

En het moet ook mogelijk zijn om alleen de structuur van het chormofoor zichtbaar te maken en de rest als 'ribbon' te laten zien. Weet iemand hoe dat werkt?

Veranderd door JelmerMVL, 11 oktober 2014 - 16:13


Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Kravitz

    Kravitz


  • >1k berichten
  • 4042 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 12 oktober 2014 - 10:17

Met Swiss-PdbViewer heb ik geen ervaring (ik gebruik altijd PyMol), maar op de website van Swiss-PdbViewer hebben ze een redelijk uitgebreide user guide & tutorial. Misschien kan je daar iets terugvinden? Kleuren moet je blijkbaar doen via het control panel door waarschijnlijk vooraf eerst de gewenste aminozuren te selecteren.

 
 

Hoe weet ik welk deel van de structuur verantwoordelijk is voor de betreffende kleur (oftewel, wat is het chromofoor)? Is dat de helix, een sheet of de zijgroep?

Dat weet je niet en dat kan je niet zomaar op het zicht zien. Zoiets wordt onderzocht via random mutagenese en door vervolgens te screenen welke (getransformeerde) bacterie niet langer fluorescent is. In praktijk is het dus een kwestie van in de literatuur te kijken.

 

In het geval van GFP zijn slechts 3 aminozuren verantwoordelijk voor de fluorescentie, namelijk S65,Y66,G67. 

 

En het moet ook mogelijk zijn om alleen de structuur van het chormofoor zichtbaar te maken en de rest als 'ribbon' te laten zien. Weet iemand hoe dat werkt?

Geen idee.

"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill

#3

JelmerMVL

    JelmerMVL


  • >250 berichten
  • 468 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 oktober 2014 - 12:41

Ik heb op internet nu ook gevonden dat drie aminozuren het chromofoor vormen. Het is me echter nog niet duidelijk hoe ik deze in het control panel kan selecteren. Dit is namelijk wat ik te zien krijg. De nummers 65, 66 en 67 komen niet achter elkaar voor.

 

Control Panel.PNG


#4

Kravitz

    Kravitz


  • >1k berichten
  • 4042 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 12 oktober 2014 - 13:33

Ik heb het even vlug geïnstalleerd en ik kan er eerlijk gezegd ook niet goed mee overweg.

 

Selecteren kan ik door op de aminozuren te klikken in het control panel. Meerdere opeenvolgende kan ik selecteren door met de muis te slepen of door shift te gebruiken. Met CTRL kan ik afzonderlijke aminozuren selecteren.

Verborgen inhoud
Ik werk op een laptop (zonder muis) en in veel van die programma's kan je de instellingen aanpassen naargelang het toestel waarop je werkt. Ik kan dus niet garanderen dat wat bij mij werkt ook bij jou zal werken. Anderzijds heb ik niets aan de instellingen aangepast, ik zou zelfs niet weten hoe :? .

 

Ik zag dat je de structuur van een mutant GFP gebruikt (PDB: 1EMC) en daar worden de aminozuren inderdaad niet in de juiste volgorde weergegeven. Waarschijnlijk is die instelling mee opgeslagen wanneer de auteurs hun structuur publiceerden in de PDB. Ik weet niet hoe je via het control panel kan sorteren op aminozuurnummer.

 

Als je echter PDB: 1GFL opvraagt staat alles wel in de juiste volgorde.

"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill

#5

JelmerMVL

    JelmerMVL


  • >250 berichten
  • 468 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 oktober 2014 - 13:37

Voor het computerpracticum dat ik moet doen, werd gezegd dat ik de 1EMC moet gebruiken. Maakt het eigenlijk uit als ik toch kies voor 1GFL? Bij het openen van het PDB-bestand van 1EMC krijg ik tevens een rare melding. Misschien dat dit niet gebeurt als ik de 1GFL gebruik.

 

Foutmelding.PNG


#6

Kravitz

    Kravitz


  • >1k berichten
  • 4042 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 12 oktober 2014 - 13:51

Die melding kreeg ik ook. 

 

Een ander PDB nummer = een andere structuur, dus er zal wel een reden zijn dat je 1EMC moet gebruiken.

 

Kan je anders eens de volledige opdracht posten? Wat is precies de bedoeling? 

"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill

#7

JelmerMVL

    JelmerMVL


  • >250 berichten
  • 468 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 12 oktober 2014 - 13:53

De opdracht luidt als volgt:

 

Maak plaatjes van de structuren van de vier eiwitten die we tijdens het practicum gebruiken: GFP, CFP, YFP en RFP. Laat in de plaatjes zien in welk opzicht deze eiwitten verschillen. Waarom is de één geel en de ander groen? Voeg de vier of meer plaatjes die je hebt gemaakt toe aan de inleiding van je verlag.

 

Eigenlijk is mijn enige probleem dus dat het ik niet weet hoe ik het chromofoor kan vinden. Ik wil namelijk een plaatje maken waarin ik het chromofoor de betreffende kleur kan geven.


#8

Kravitz

    Kravitz


  • >1k berichten
  • 4042 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 12 oktober 2014 - 15:01

Laat in de plaatjes zien in welk opzicht deze eiwitten verschillen.

 Tja, het punt is dat ze niet veel van elkaar verschillen. Zeker structureel niet. Als je naar de aminozuursequentie gaat kijken zijn GFP en YFP voor >95% identiek. Je zou dus kunnen veronderstellen dat de beperkte wijziging in sequentie verantwoordelijk zijn voor de kleurverandering, maar eigenlijk moet je dit na checken in de literatuur. Bij GFP waren we het eens dat Ser, Tyr en Gly verantwoordelijk waren voor de groene fluorescentie, als je bij YFP naar dezelfde posities gaat kijken zie je daar Thr, Trp en Gly staan. Een opmerkelijk verschil, dat de kleur zou kunnen verklaren... Maar opnieuw, dit is een veronderstelling.

 

Een indicatie van wat de gelijkenis is tussen twee eiwitten op basis van hun aminozuursequentie kan je krijgen via een protein alignment (bijv. pBLAST of ClustalW). Heb je daar al van gehoord?

"Success is the ability to go from one failure to another with no loss of enthusiasm" - Winston Churchill

#9

JelmerMVL

    JelmerMVL


  • >250 berichten
  • 468 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 13 oktober 2014 - 17:22

Het is uiteindelijk met uw hulp en de hulp van mijn docent gelukt om het chromofoor te vinden.

In post 3 staat een afbeelding van het control panel. Het is natuurlijk zo dat de aminozuren die op plek 65, 66 en 67 zitten en het chromofoor vormen niet meer zichtbaar zijn. Door de interactie met elkaar geeft het eiwit kleur. Daarom is het de bedoeling om alleen 'CSY 66' aan te klikken. 

 

Heel erg bedankt voor de moeite!

Veranderd door JelmerMVL, 13 oktober 2014 - 17:23







Also tagged with one or more of these keywords: scheikunde

0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures