Probability of identity> snap oefenvraag niet

Moderator: ArcherBarry

Reageer
Berichten: 2

Probability of identity> snap oefenvraag niet

Hallo,

Voor mijn aankomende tentamen moet ik weten wat 'probability of identity' betekent en er (handmatig) berekeningen mee kunnen uitvoeren. Nou snap ik het principe en wat de term inhoud wel, alleen er staat een uitgewerkte voorbeeld vraag online die ik niet begrijp.

In het boek staat als eerste het volgende:

Bij een locus met twee allelen is de kans op identity: p^4 + q^4 + 2pq^2

Dit snap ik nog, maar dan komt de uitgewerkte voorbeeld vraag:

Bij deze vraag kijken ze naar 6 loci en berekenen ze hoe groot de kans is dat twee individuen door toeval op alle 6 de loci hetzelfde allel hebben.

Ze berekenen in dit voorbeeld iLocus als volgt: I(van een locus) = 0,5^4 + 0,5^4 + (2*0,5*0,5)^2 + (2*0,5*0,5)^2= 0,625

VRAAG

1. ik neem aan dat ze 0,5 nemen, omdat ze ervan uitgaan dat de allel frequentie van p en q beiden 0,5 is?
2. ik snap niet waarom er twee keer (2*0,5*0,5)^2 staat. In de formule in het boek staat p^4 + q^4 + 2pq^2, dus waar komt die tweede 2pq^2 vandaan?

De vraag gaat verder als volgt

I van 1 locus is 0,625, dus van 6 loci is de I 0,625^6 = 0,0596 (snap ik)

De conclusie is uiteindelijk

Als we 20 samples nemen, verwachten we dat 20*19/2=190 --> 190*0,0596 = 11.32 paren individuen op alle 6 de loci door toeval hetzelfde allel hebben.

VRAAG

1. Is die 20*19 omdat je 20 samples wilt vergelijken en elk sample kan met alle anderen worden vergeleken, behalve met zichzelf (dus 19)? En dat je dan 20*19 mogelijke verschillende paren hebt?

2. Waarom delen ze het door 2? Omdat elk loci twee allelen heeft?

3. die 11,32 paren, houdt dat in dat 11,32 van de 190 paren door toeval op alle 6 de loci hetzelfde allel kunnen hebben? of is dit 11,32 van de 380 paren (omdat je door 2 deelt)?
 
Alvast bedankt voor de hulp!

Gebruikersavatar
Berichten: 6.853

Re: Probability of identity> snap oefenvraag niet

Ik krijg het vermoeden dat er iets misgaat met haakjes. De interpretatie van 2pq^2 moet zijn (2pq)^2, maar dan kunnen de haakjes niet worden weggelaten. Als je 2(pq)^2 doet moet je het wel 2x doen. Er komt dus niet 0,625 maar 0,375 uit. En als je ze allemaal uitschrijft klopt dat ook: 6 van de 16 zijn gelijk.
 
Op je vragen:
  1. Ja
  2. Nee, maar omdat je elk paar twee keer met elkaar vergelijkt. Als je nummer 2 met 6 vergelijkt is dat hetzelfde als 6 met 2.
  3. Er zijn maar 190 paren.
 
De berekening van het aantal paren met 6 gelijke loci is een beetje dodgy omdat je ook nog tripletten kunt hebben (als a=b en b=c dan is c=a geen toeval meer...) maar het zal in de praktijk wel in de buurt komen omdat de kans op een match hier relatief klein is.
 

Opmerking moderator

Verplaatst naar moleculaire biologie, ecologie lijkt me hier een minder goede match

Reageer