Hallo allemaal,
Ik moet de vergelijkbare eiwitten vinden tussen het Zika Virus en menselijk DNA, maar welke matrix moet ik hier nu voor gebruiken? De PAM matrix of de Blosum matrix? En zo ja welke heb ik dan nodig, zo heb je bijvoorbeeld PAM-30 en PAM-70 en BLOSUM-80 en BLOSUM-72.
Alvast bedankt!
Laatste berichten
-
00:15
[scheikunde] Kan chloorgas de geleiding van elektriciteit belemmeren? 9
-
22:27
positie 1
-
21:15
Weerfrustratie 9
-
18:24
Schroefdraad berekening 5
-
18:08
geen minkowski-ruimte toch? Doe ik dit nou fout? 15
-
14:16
do-re-mi-fa-so vliegtuigen 7
-
14:16
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 3
-
13:57
De Euro Nederlandse 100 qubit computer komt eraan
-
10:42
projectiel 8
-
10:37
Verschil tussen deze 2 vragen 5
-
09:25
[scheikunde] berekeningen labo vitamine c bepaling 1
-
22 apr
[wiskunde] rode en witte ballen verdelen 8
-
22 apr
Rotatie van het heelal 41
-
22 apr
Muntje opgooien 14
-
21 apr
Reactiviteit silyl enol ethers 1
-
21 apr
Criterium voor vochtretentie
-
21 apr
speciale rel. theorie 5
-
21 apr
Vogels in de stad zijn goede klussers
-
21 apr
Ervaringen met "herontdekkingen" 15
-
20 apr
Herleiden afmetingen vanaf een foto 19
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
PAM of BLOSUM
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 8.557
Re: PAM of BLOSUM
BLOSUM is in het algemeen beter dan PAM als je zwaar divergente soorten met elkaar wil vergelijken. Binnen BLOSUM gebruik je normaal gesproken een hoger nummer voor minder divergente soorten.
De standaard die de meeste mensen gebruiken is BLOSUM62 (ook standaard in blast bijvoorbeeld). In de praktijk is het vaak een kwestie van kijken welke methode het meest betrouwbare resultaat geeft. De voorbeelden die je hier geeft zou ik zeker niet gebruiken aangezien ze allemaal minder divergentie aannemen. Ik zou het richting de PAM120 - PAM 240 of BLOSUM62 - BLOSUM45 zoeken.
De standaard die de meeste mensen gebruiken is BLOSUM62 (ook standaard in blast bijvoorbeeld). In de praktijk is het vaak een kwestie van kijken welke methode het meest betrouwbare resultaat geeft. De voorbeelden die je hier geeft zou ik zeker niet gebruiken aangezien ze allemaal minder divergentie aannemen. Ik zou het richting de PAM120 - PAM 240 of BLOSUM62 - BLOSUM45 zoeken.
"Meep meep meep." Beaker
