Hallo,
Waarom "moet" je repetitieve nucleotiden, korte motieven of bijvoorbeeld regio's met lage kwaliteit best verwijderen na RNA sequencing?
Alvast bedankt!
Laatste berichten
-
18:09
Rotatie van het heelal 32
-
17:25
Herleiden afmetingen vanaf een foto 4
-
17:19
Ervaringen met "herontdekkingen" 12
-
21:28
hall effect in vloeistof gebruiken als stromingssensor 6
-
18 apr
Gezocht: de/een naam voor een getallenrij met een cauchyrij als partieelsommenrij
-
18 apr
Casus uit de praktijk: positief test THC 18
-
17 apr
speciale rel. theorie 4
-
17 apr
Vreemde stank in huis 11
-
17 apr
3 vragen over mijn rooskleurige r.berekening H2netGekoppeldeHBrflowbatterij.
-
17 apr
Interpretatie reactie-energie 3
-
17 apr
Logistic equation (Pierre Verhulst,Belgian Mathematician) 5
-
16 apr
vB 9
-
15 apr
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 1
-
15 apr
Python: sockets sluiten 4
-
14 apr
Een eenvoudige logische redenering waarom tijd niet kan bestaan 'daarbuiten' 6
-
14 apr
Hoe kun je op quantumwijze getallen vinden in een rij die kleiner zijn dan getal k 3
-
13 apr
Documentenverdwijnen uit onedrive 1
-
12 apr
Behoud van impulsmoment en energie 5
-
12 apr
INLOG STORING / TIPS 4
-
09 apr
[natuurkunde] systeemgrafen 1
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
RNA sequencing: waarom repetitieve nucleotiden en korte motieven verwijderen?
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 8.557
Re: RNA sequencing: waarom repetitieve nucleotiden en korte motieven verwijderen?
Repetitieve nucleotiden kunnen een sequencing artefact zijn. Korte motieven zijn lastig the mappen. Waarom je lage kwaliteit reads verwijderd moge voor zich spreken.
Natuurlijk 'moet' niks. Het gaat om algemene best-practices. Hier zijn afhankelijk van de toepassing altijd uitzonderingen op te verzinnen.
Natuurlijk 'moet' niks. Het gaat om algemene best-practices. Hier zijn afhankelijk van de toepassing altijd uitzonderingen op te verzinnen.
"Meep meep meep." Beaker
-
- Berichten: 252
Re: RNA sequencing: waarom repetitieve nucleotiden en korte motieven verwijderen?
Wouter_Masselink schreef: Repetitieve nucleotiden kunnen een sequencing artefact zijn. Korte motieven zijn lastig the mappen. Waarom je lage kwaliteit reads verwijderd moge voor zich spreken.
Natuurlijk 'moet' niks. Het gaat om algemene best-practices. Hier zijn afhankelijk van de toepassing altijd uitzonderingen op te verzinnen.
Ok, bedankt voor het antwoord. Waarom zijn korte motieven lastig te mappen?
-
- Berichten: 8.557
Re: RNA sequencing: waarom repetitieve nucleotiden en korte motieven verwijderen?
Hoe korter het motief des te meer willekeurige regios het naartoe kan mappen. Een sequentie van AGT zal je veel vaker puur op toeval tegenkomen dan bijvoorbeeld AGTCGTACGTAAAGT. Aangezien je uiteindelijk wilt dat je read naar een uniek punt mapt zijn te korte reads niet nuttig.
Korte reads kunnen ook door technische problemen worden veroorzaakt, ook hierbij is het beter om ze te verwijderen.
Korte reads kunnen ook door technische problemen worden veroorzaakt, ook hierbij is het beter om ze te verwijderen.
"Meep meep meep." Beaker
