Ik heb een vraagje over TILLING (Targeting induced local lesions in genomes).
Kun je met behulp van tilling specifiek een gen selecteren of zijn het random mutaties die ontstaan over het hele genoom.
Ik snap opzich de werking van tilling wel maar ik snap niet hoe de EMS toepassing plaats vind.
Alvast bedankt!
Stefan
Laatste berichten
-
23:25
2013 – Augustus Vraag 3
-
23:07
Rood laserlicht 2
-
23:04
Bruine vlekken op treinaanwijzerbord 5
-
15:28
Vraag 2009 Juli Vraag 5 5
-
12:51
positie 2
-
10:44
Schroefdraad berekening 8
-
24 apr
[scheikunde] Kan chloorgas de geleiding van elektriciteit belemmeren? 9
-
23 apr
Weerfrustratie 9
-
23 apr
geen minkowski-ruimte toch? Doe ik dit nou fout? 15
-
23 apr
do-re-mi-fa-so vliegtuigen 7
-
23 apr
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 3
-
23 apr
De Euro Nederlandse 100 qubit computer komt eraan
-
23 apr
projectiel 8
-
23 apr
Verschil tussen deze 2 vragen 5
-
23 apr
[scheikunde] berekeningen labo vitamine c bepaling 1
-
22 apr
[wiskunde] rode en witte ballen verdelen 8
-
22 apr
Rotatie van het heelal 41
-
22 apr
Muntje opgooien 14
-
21 apr
Reactiviteit silyl enol ethers 1
-
21 apr
Criterium voor vochtretentie
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
TILLING
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 8.557
Re: TILLING
EMS is zoals ENU en vele andere een mutageen. Dit zorgt voor willekeurige mutaties in het hele genoom.
Je kan vervolgens je hele library screenen op het bestaan van een mutatie in een gen van je keuze. Tegenwoordig zal je weinig onderzoeken zien waarbij men TILLING gebruikt. CRISPR/Cas9 is een efficientere methode om een specifieke mutatie te creeren. Tenzij je op zoek bent naar een puntmutatie en niet een in/del dan zou ik nog TILLING gebruiken.
Je kan vervolgens je hele library screenen op het bestaan van een mutatie in een gen van je keuze. Tegenwoordig zal je weinig onderzoeken zien waarbij men TILLING gebruikt. CRISPR/Cas9 is een efficientere methode om een specifieke mutatie te creeren. Tenzij je op zoek bent naar een puntmutatie en niet een in/del dan zou ik nog TILLING gebruiken.
"Meep meep meep." Beaker
-
- Berichten: 60
Re: TILLING
Bedankt Wouter voor je reactie!
Ik ben namelijk bezig met een individuele studie over moderne plant breeding technieken. (QTL mapping / Tilling / Crispr cas9)
Kun je in de meeste gevalenl beter CRISPR gebruiken ipv TIlling ook als het genoom niet gemapt is?
Bij Tilling kunnen er ook inserties en deletions ontstaan toch?
Ik ben namelijk bezig met een individuele studie over moderne plant breeding technieken. (QTL mapping / Tilling / Crispr cas9)
Kun je in de meeste gevalenl beter CRISPR gebruiken ipv TIlling ook als het genoom niet gemapt is?
Bij Tilling kunnen er ook inserties en deletions ontstaan toch?
-
- Berichten: 8.557
Re: TILLING
Bij TILLING kunnen er natuurlijk ook andere mutaties ontstaan, dit zal afhankelijk zijn van je mutageen. ENU en volgens mij ook EMS hebben de voorkeur voor puntmutaties.
Het probleem met CRISPR/cas9 in het geval van een niet gemapt genoom is dat je de waarschijnlijkheid van off-targets moeilijk kan voorspellen. Zolang de sequentie van je gen van interesse maar bekend is kan je met CRISPR/cas9 aan de slag. Dat doe ik ook in het onderzoek wat ik doe met axolotl, waarvan de assembly ook nog lang niet compleet is. Desalniettemin werkt CRISPR/cas9 prima.
Het off-target probleem wat je mogelijkerwijs hebt in het geval van CRISPR/cas9, los je niet op door TILLING. In het geval van TILLING selecteer je voor een mutatie in je gen van interesse, maar aangezien je met willkeurige mutaties te maken hebt kan je andere mutaties niet uitsluiten. Om andere mutaties uit te sluiten bij zowel TILLING en CRISPR/cas9 ben je vaak het beste af om een aantal kruizingen te doen. Hiermee reduceer je telkens de kans op achtergrond mutaties met 50%. Doe dit tot 8 keer en je bent bijna zeker van een achtergond zonder mutaties (0.39% kans op het bestaan van achtergrond mutaties).
Als je een redelijke assembly hebt of een RNA expression library hebt zou je ook je mutanten kunnen sequencen, al is het alleen op RNA transcriptie niveau. Dit geeft je ook een goed inzicht in eventuele achtergrond mutaties.
Het probleem met CRISPR/cas9 in het geval van een niet gemapt genoom is dat je de waarschijnlijkheid van off-targets moeilijk kan voorspellen. Zolang de sequentie van je gen van interesse maar bekend is kan je met CRISPR/cas9 aan de slag. Dat doe ik ook in het onderzoek wat ik doe met axolotl, waarvan de assembly ook nog lang niet compleet is. Desalniettemin werkt CRISPR/cas9 prima.
Het off-target probleem wat je mogelijkerwijs hebt in het geval van CRISPR/cas9, los je niet op door TILLING. In het geval van TILLING selecteer je voor een mutatie in je gen van interesse, maar aangezien je met willkeurige mutaties te maken hebt kan je andere mutaties niet uitsluiten. Om andere mutaties uit te sluiten bij zowel TILLING en CRISPR/cas9 ben je vaak het beste af om een aantal kruizingen te doen. Hiermee reduceer je telkens de kans op achtergrond mutaties met 50%. Doe dit tot 8 keer en je bent bijna zeker van een achtergond zonder mutaties (0.39% kans op het bestaan van achtergrond mutaties).
Als je een redelijke assembly hebt of een RNA expression library hebt zou je ook je mutanten kunnen sequencen, al is het alleen op RNA transcriptie niveau. Dit geeft je ook een goed inzicht in eventuele achtergrond mutaties.
"Meep meep meep." Beaker
