Laatste berichten
-
16:34
[wiskunde] Prijs Product per KG; Alternatief Inzicht 3
-
14:55
wig
-
14:55
Herleiden afmetingen vanaf een foto 20
-
13:57
do-re-mi-fa-so vliegtuigen 9
-
13:16
geen minkowski-ruimte toch? Doe ik dit nou fout? 17
-
13:12
[natuurkunde] kroon van koning op Syracuse 10
-
12:01
Gravity and gravitation 1
-
10:15
2013 – Augustus Vraag 3 3
-
09:54
Bruine vlekken op treinaanwijzerbord 6
-
23:07
Rood laserlicht 2
-
24 apr
Vraag 2009 Juli Vraag 5 5
-
24 apr
positie 2
-
24 apr
Schroefdraad berekening 8
-
24 apr
[scheikunde] Kan chloorgas de geleiding van elektriciteit belemmeren? 9
-
23 apr
Weerfrustratie 9
-
23 apr
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 3
-
23 apr
De Euro Nederlandse 100 qubit computer komt eraan
-
23 apr
projectiel 8
-
23 apr
Verschil tussen deze 2 vragen 5
-
23 apr
[scheikunde] berekeningen labo vitamine c bepaling 1
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
restrictie-enzymen en BSA
Moderator: ArcherBarry
Forumregels
(Middelbare) school-achtige vragen naar het forum "Huiswerk en Practica" a.u.b.
Zie eerst de Huiswerkbijsluiter
(Middelbare) school-achtige vragen naar het forum "Huiswerk en Practica" a.u.b.
Zie eerst de Huiswerkbijsluiter
-
- Berichten: 8.557
restrictie-enzymen en BSA
Hoe kan BSA de stabiliteit van een restrictie-enzym verhogen?
"Meep meep meep." Beaker
-
- Berichten: 808
Re: restrictie-enzymen en BSA
Puur door aanwezig te zijn.
Volgens mij is de echte verklaring nog niet bewezen en wordt er alleen maar naar gegokt. Ik ken twee mogelijkheden die het verklaren.
De belangrijkste is coaten.
Eiwitten hebben de nare eigenschap dat ze overal aan binden, echt overal dus ook aan je epje. Zelfs aan speciale non-stick epjes.
Bij hoge concentraties is dit bijna verwaarloosbaar, maar bij lage concentraties zoals de meeste enzymreacties is dit alles behalve verwaarloosbaar. Zeker bij 37 graden.
BSA zorgt voor een hoger totaal eiwit concentratie zodat er minder plek overblijft voor je enzym aan de rand van het epje.
Ik werk zelf erg veel met enzymreacties en zonder iets stabiliserends erbij is al het eiwit zo verdwenen, na 5 dagen 37 graden was het bijna compleet weg.
Met BSA of iets anders erbij bleef het meeste aanwezig.
Natuurlijk varieerd dit heel erg per eiwit en concentratie.
De tweede verklaring is door de volume van het BSA. Doordat er veel BSA aanwezig is, is er minder ruimte over voor enzym en substraat waardoor ze elkaar makkelijker vinden.
Zelf heb ik een paar maanden geleden nog getest wat de invloed van BSA is in een nieuwe assay die ik had opgezet. Het ging hier om een 5-tal opeenvolgende enzymreacties in 1 reactie. Met BSA deed ie het een stuk beter totdat je boven 0,5% kwam, vanaf daar bleef de activiteit hetzelfde.
Met toevoeging van Tween-20 (emulgator, zeepachtig) deed de reactie het zelfs nog beter dan met BSA. Een zeep voorkomt dat je eiwit aan de wand plakt dus zou je denken dat de eerste verklaring de ware is.
Maar het blijft gis werk.
Volgens mij is de echte verklaring nog niet bewezen en wordt er alleen maar naar gegokt. Ik ken twee mogelijkheden die het verklaren.
De belangrijkste is coaten.
Eiwitten hebben de nare eigenschap dat ze overal aan binden, echt overal dus ook aan je epje. Zelfs aan speciale non-stick epjes.
Bij hoge concentraties is dit bijna verwaarloosbaar, maar bij lage concentraties zoals de meeste enzymreacties is dit alles behalve verwaarloosbaar. Zeker bij 37 graden.
BSA zorgt voor een hoger totaal eiwit concentratie zodat er minder plek overblijft voor je enzym aan de rand van het epje.
Ik werk zelf erg veel met enzymreacties en zonder iets stabiliserends erbij is al het eiwit zo verdwenen, na 5 dagen 37 graden was het bijna compleet weg.
Met BSA of iets anders erbij bleef het meeste aanwezig.
Natuurlijk varieerd dit heel erg per eiwit en concentratie.
De tweede verklaring is door de volume van het BSA. Doordat er veel BSA aanwezig is, is er minder ruimte over voor enzym en substraat waardoor ze elkaar makkelijker vinden.
Zelf heb ik een paar maanden geleden nog getest wat de invloed van BSA is in een nieuwe assay die ik had opgezet. Het ging hier om een 5-tal opeenvolgende enzymreacties in 1 reactie. Met BSA deed ie het een stuk beter totdat je boven 0,5% kwam, vanaf daar bleef de activiteit hetzelfde.
Met toevoeging van Tween-20 (emulgator, zeepachtig) deed de reactie het zelfs nog beter dan met BSA. Een zeep voorkomt dat je eiwit aan de wand plakt dus zou je denken dat de eerste verklaring de ware is.
Maar het blijft gis werk.
-
- Berichten: 8.557
Re: restrictie-enzymen en BSA
Heel interessant, zit wel enige logica achter 
Heb je misschien nog (gepubliceerde) experimentele resultaten die ik zou kunnen/ mogen verwerken.
Heb je misschien nog (gepubliceerde) experimentele resultaten die ik zou kunnen/ mogen verwerken.
"Meep meep meep." Beaker
-
- Berichten: 196
Re: restrictie-enzymen en BSA
Dit is een onmogelijke googleopdracht. Ik heb geen idee. voorkoming van adsorptie, wegvangen van proteinase-activiteit, ik kan er duizend-en-een verklaring voor verzinnen maar geen tref ik op google als de juiste aan.
Net zoiets als DMSO in een PCR: die werkt daadoor bijna altijd, ongeacht de moelijkheden voor het toevoegen van DMSO. Een probaat wondermiddel. Maar heeft iemand van jullie hier een verklaring voor? Niemand die ik het vroeg had een beter argument dan dat PCRs nu eenmaal beter werken met DMSO erbij.
Hm. Er bestaat een hoop abacadabra in de natte biochemie.
Net zoiets als DMSO in een PCR: die werkt daadoor bijna altijd, ongeacht de moelijkheden voor het toevoegen van DMSO. Een probaat wondermiddel. Maar heeft iemand van jullie hier een verklaring voor? Niemand die ik het vroeg had een beter argument dan dat PCRs nu eenmaal beter werken met DMSO erbij.
Hm. Er bestaat een hoop abacadabra in de natte biochemie.
"Pfff... Facts. You can prove anything with facts" -
Homer Simpson
Homer Simpson
-
- Berichten: 808
Re: restrictie-enzymen en BSA
@Bartsel
Grappig,
Vanmiddag was een meisje bij ons op het lab op zoek naar DMSO voor een PCR.
Dit was de allereerste keer dat ik dit gehoord had en dezelfde dag begin jij er ook over. Uiteraard vroeg ik wat het doet in een PCR, ik wil altijd weten wat alles stofjes overal doen. Maar niemand wist het, het enige antwoord dat ik kreeg was dat het hielp bij de annealing van primers.
@Wouter
De bepaling waar ik het over heb is deze:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...st+kinetic+tafi
Deze bepaling heb ik in Amsterdam opgezet met een aantal aanpassingen.
De resultaten van BSA/ tween zullen nooit gepubliceerd worden.
Dat was een gewoon een optimalisatie stap die waarschijnlijk een impact factor van -4 zou krijgen.
Resulaten wil ik je wel geven maar meer dan een paar cijfers (mOD/min) zou het niet zijn.
Misschien kan ik wel een SDS-PAGE gel scan vinden waar mooi op te zien is dat het verdwijnd.
Wat zou je precies willen hebben?
Grappig,
Vanmiddag was een meisje bij ons op het lab op zoek naar DMSO voor een PCR.
Dit was de allereerste keer dat ik dit gehoord had en dezelfde dag begin jij er ook over. Uiteraard vroeg ik wat het doet in een PCR, ik wil altijd weten wat alles stofjes overal doen. Maar niemand wist het, het enige antwoord dat ik kreeg was dat het hielp bij de annealing van primers.
@Wouter
De bepaling waar ik het over heb is deze:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...st+kinetic+tafi
Deze bepaling heb ik in Amsterdam opgezet met een aantal aanpassingen.
De resultaten van BSA/ tween zullen nooit gepubliceerd worden.
Dat was een gewoon een optimalisatie stap die waarschijnlijk een impact factor van -4 zou krijgen.
Resulaten wil ik je wel geven maar meer dan een paar cijfers (mOD/min) zou het niet zijn.
Misschien kan ik wel een SDS-PAGE gel scan vinden waar mooi op te zien is dat het verdwijnd.
Wat zou je precies willen hebben?
-
- Berichten: 8.557
Re: restrictie-enzymen en BSA
Wat cijfers zijn altijd fijn. Tevens is een SDS-page scan altijd mooi. Ik stuur je wel even een pb.
EDIT: Ik heb trouwens altijd begrepen dat DMSO de self-annealing van sDNA tegen gaat waardoor de primers beter kunnen hechten. Deze structuur is te onderzoeken met mfold (moet je maar even googlen naar de exacte site). Deze bepaling is direct op het internet uit te voeren, hiervoor hoef je niks te downloaden.
Bij een Real-Time PCR moet je dan ook oppassen met het toevoegen van DMSO wanneer je gebruik maakt van molecular probes. Je kan dan een fout positief resultaat krijgen.
EDIT: Ik heb trouwens altijd begrepen dat DMSO de self-annealing van sDNA tegen gaat waardoor de primers beter kunnen hechten. Deze structuur is te onderzoeken met mfold (moet je maar even googlen naar de exacte site). Deze bepaling is direct op het internet uit te voeren, hiervoor hoef je niks te downloaden.
Bij een Real-Time PCR moet je dan ook oppassen met het toevoegen van DMSO wanneer je gebruik maakt van molecular probes. Je kan dan een fout positief resultaat krijgen.
"Meep meep meep." Beaker
