Springen naar inhoud

Herkenning eiwit aan sequentie gen


  • Log in om te kunnen reageren

#1

wordnerd

    wordnerd


  • >25 berichten
  • 47 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 17 januari 2005 - 23:12

Stel: ik heb voor me liggen de sequentie van een gen. Kan ik aan de hand van deze sequentie zeggen of we te maken hebben met een G-eiwit gekoppelde receptor? Zo nee, waarom niet? Zo ja, hoe dan?

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

aspergillie

    aspergillie


  • >25 berichten
  • 28 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 18 januari 2005 - 14:54

Als je de sequentie van het gen hebt, kan je dit omzetten in een eiwitsequentie. De meeste eiwitdomeinen hebben vaste sequenties, dus je kan het zeker voorspellen.
FRET: de beste uitvinding sinds het gesneden brood.

#3

wordnerd

    wordnerd


  • >25 berichten
  • 47 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 18 januari 2005 - 19:34

Als je de sequentie van het gen hebt, kan je dit omzetten in een eiwitsequentie. De meeste eiwitdomeinen hebben vaste sequenties, dus je kan het zeker voorspellen.


Aha, dus dan zal ik nu moeten kijken naar de 7 transmembrane domeinen?

#4

aspergillie

    aspergillie


  • >25 berichten
  • 28 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 18 januari 2005 - 20:32

Inderdaad. Bekijk anders dit artikel eens http://www.ncbi.nlm....8&dopt=Abstract
Ik kan evt morgen op het werk kijken of ik het hele artikel kan krijgen.
Of misschien blasten op ncbi.
Misschien heeft ook een programma als DNAman of Vector NTI wel zo'n zoekfunctie naar eiwitdomeinen.
Ik weet die sequenties nl echt niet uit mijn hoofd.

Maar het blijft een voorspelling, je kan nooit met 100% zekerheid zeggen dat het 7 transmembraan domeinen heeft en dan nog of het echt een G-protein receptor is. Maar meestal klopt het wel.
FRET: de beste uitvinding sinds het gesneden brood.

#5

wordnerd

    wordnerd


  • >25 berichten
  • 47 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 18 januari 2005 - 22:44

Inderdaad. Bekijk anders dit artikel eens http://www.ncbi.nlm....8&dopt=Abstract
Ik kan evt morgen op het werk kijken of ik het hele artikel kan krijgen.
Of misschien blasten op ncbi.
Misschien heeft ook een programma als DNAman of Vector NTI wel zo'n zoekfunctie naar eiwitdomeinen.
Ik weet die sequenties nl echt niet uit mijn hoofd.

Maar het blijft een voorspelling, je kan nooit met 100% zekerheid zeggen dat het 7 transmembraan domeinen heeft en dan nog of het echt een G-protein receptor is. Maar meestal klopt het wel.


Interessant artikel. Maar ik hoef de sequenties niet precies te weten, het gaat meer om de redenatie, hoe je aan een de sequentie van een gen kan zien/voorspellen of het een G-eiwit gekoppelde receptor op zal leveren. Weet je misschien nog een aanvullend kenmerk van een G-eiwit gekoppelde receptor, waardoor de voorspelling nog nauwkeuriger wordt?

#6

aspergillie

    aspergillie


  • >25 berichten
  • 28 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 20 januari 2005 - 12:45

Kijk hier eens op:
http://en.wikipedia....oupled_receptor
Daar staat nog wat meer informatie over de structuur.
Verder weet ik er zelf niet zoveel vanaf.
FRET: de beste uitvinding sinds het gesneden brood.

#7


  • Gast

Geplaatst op 20 januari 2005 - 14:58

OK, je hebt de sequentie van het gen, die kun je vertalen naar een aminozuursequentie.
Met deze aminozuursequentie kun je een hydrofobiciteitsplot maken. Mbv hiervan kun je transmembraandomeinen voorspellen, aangezien hydrofobe aminozuren in de transmembraandomeinen zitten.

#8

wordnerd

    wordnerd


  • >25 berichten
  • 47 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 20 januari 2005 - 15:34

Kijk hier eens op:
http://en.wikipedia....oupled_receptor
Daar staat nog wat meer informatie over de structuur.
Verder weet ik er zelf niet zoveel vanaf.


In de bron staat dat de extracellulaire loops van de receptor met elkaar verbonden zijn door disulfide-bruggen, gevormd door cysteine-resicues die sterk geconserveerd zijn in de aminozuursequentie.

Zijn deze zwavelbruggen ook te voorspellen uit de aminozuursequentie, of is dat niet te doen omdat er (misschien) ook cysteines zijn die geen zwavelbruggen vormen.

#9

wordnerd

    wordnerd


  • >25 berichten
  • 47 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 20 januari 2005 - 15:36

OK, je hebt de sequentie van het gen, die kun je vertalen naar een aminozuursequentie.
Met deze aminozuursequentie kun je een hydrofobiciteitsplot maken. Mbv hiervan kun je transmembraandomeinen voorspellen, aangezien hydrofobe aminozuren in de transmembraandomeinen zitten.


Ok, een G-eiwit gekoppelde receptor heeft 7 transmembrane domeinen, maar is het omgekeerde ook waar: als een eiwit 7 transmembrane domeinen heeft is het een G-eiwit gekoppelde receptor?

#10

aspergillie

    aspergillie


  • >25 berichten
  • 28 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 20 januari 2005 - 16:09

Dat van de cysteines weet ik niet zo goed, maar het is wel alvast een aanwijzing dat ze erin moeten zitten.

Er zijn overigens ook andere eiwitten met 7 transmembrane domeinen, zoals bijvoorbeeld bekend is in S. cerevisiae chitin synthase I, mannosyltransferase, mRNA maturase BI4 en nog vele andere.

Als je een sequentie hebt, is het waarschijnlijk handiger om deze eerst te blasten, zeker dit soort eiwitten blijven een vrij grote homologie houden tussen organismen.

En zoals ik al zei, het blijft ook voorspellen, je moet echt meerdere proeven doen om het zeker te weten. Zoals bijv. het eiwit uitknocken of juist tot overexpressie brengen.
FRET: de beste uitvinding sinds het gesneden brood.

#11

wordnerd

    wordnerd


  • >25 berichten
  • 47 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 20 januari 2005 - 16:33

hmm lastig, 't is namelijk een (waarschijnlijke) tentamenvraag.

#12


  • Gast

Geplaatst op 15 oktober 2007 - 13:38

Ja het kan als jij de sequentie van aminozuren weet waaruit het g-eiwit is opgebouwd en weet me god niet waar je dat kan vinden maar is vast wel door een japanner in kaart gebracht. Dan kan je deze sequentie terug coderen naar de codons om samen een mRna sequentie te vormen let wel dat je alleen de sequentie hebt van initiator tot terminator werkelijk mRna is langer. En dan wordt t nog lastiger om het terug te vertalen naar DNA omdat je daar nog introns hebt die er uit zijn gehaald bij translatie-proces. Dus word best lastig nu zijn wel bekend voor bijvoorbeeld Beta-globine eiwit waar de introns zich bevinden.

#13

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8252 berichten
  • VIP

Geplaatst op 15 oktober 2007 - 14:58

Frank, losstaand van het feit dat je regeert in een nogal oud topic (waar niks op tegen is) heb je de vraag van de topic starter waarschijnlijk verkeerd begrepen. Jij gaat uit van een bekende eiwitsequentie. Terwijl de TS uitgaat van een bekende DNA sequentie. Zowel genomisch DNA als cDNA als mRNA als eiwitten zijn met blast eenvoudig om te zetten en te vergelijken tegen een database van bekende sequenties. Ik zie dus niet echt in waar je zo'n probleem van maakt. Dit is een nogal lastig op te lossen vraagstuk.
"Meep meep meep." Beaker





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures