Springen naar inhoud

Dna-fingerprinting via pcr


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Danio Rerio

    Danio Rerio


  • 0 - 25 berichten
  • 19 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 13 mei 2007 - 18:35

Zou iemand me aub het principe van DNA-fingerprinting via Polymerase Chain Reaction willen uitleggen?
Ik heb begrepen dat dit iets te maken heeft met een aantal tandem arrays in je genen die bij elk individu verschillend zijn. Men zou grote kopieŽn van een DNA-staal kunnen maken en deze knippen met een bepaald restrictie-enzyme? Om nadien de bekomen fragmenten te scheiden dmv electroforese, waarbij elk individu een verschillend bandenpatroon geeft omwille van de verschillende lengten van tandem repeats.

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8252 berichten
  • VIP

Geplaatst op 13 mei 2007 - 22:02

Je legt het zelf al precies goed uit. Wat snap je hier niet aan?
"Meep meep meep." Beaker

#3

Danio Rerio

    Danio Rerio


  • 0 - 25 berichten
  • 19 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 14 mei 2007 - 12:14

Wel ja, ik denk dat mijn redenering ergens blijft steken in het verband tussen verschillende lengten van tandem repeats & verschillende restrictiefragmenten.
Kan zo'n restrictieenzyme niet knippen 'binnen' een tandem repeat?
Knipt het net buiten de randjes van zo n tandem repeqt ?

En kan ie+and me zeggen hoe je op deze website querty uitschqkeld en azerty aan

#4

Puzemuze

    Puzemuze


  • >25 berichten
  • 70 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 14 mei 2007 - 12:26

Dat is juist het mooie aan het hele systeem, alles wordt op willekeurige grootte geknipt. Als je dus een stuk met ACGTTGAAU hebt kun alle volgende stukjes krijgen van A tot ACGTTGAAU. Je moet namelijk wel een startsequentie hebben, zodat je vanaf een vast punt begint. En door die fragmenten met elektroforese te scheiden krijg je de hele sequentie, omdat alle stukjes steeds ťťn nucleotide van elkaar verschillen.

(op de een of andere manier heb ik het gevoel dat ik dingen door elkaar haal, maar volgens mij komt het hier wel op neer!)

#5

WendyTje

    WendyTje


  • >250 berichten
  • 773 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 14 mei 2007 - 13:02

Dat klopt niet helemaal puzemuze. Ik denk dat je ergens een klok hebt horen luiden over sequencing ofzo.. wat hier dus niet van toepassing is!!


De meeste restrictieenzymen knippen allesbehalve random, ze hebben een vaste seqentie en alleen daar kunnen ze knippen, bijvoorbeeld alleen in CATG, nou komt dat maar eens in de zoveel keer voor in het DNA, en zijn bij sommige mensen de stukken daartussen groter dan bij anderen. Bij sommige mensen is dus het tandem repeat groter/anders/kleiner, en bij de ene zit daar geen restrictie fragment in (groter ongeknipt stuk) en bij anderen misschien weer wel (meerdere kleinere banden). Dit heeft tot gevolg dat de lengte van de stukken die overblijven voor ieder mens ietsje verschillen (dat is dan wel afhankelijk van je restrictie enzym, en je moet wel een goede kiezen, sommige knippen extreem veel en anderen bijna niets, maar daar zijn bepaalde mixen voor.) Als je dit DNA vervolgens op een electroforese gel runt (die scheidt op grootte) krijg je het specifieke bandenpatroon.

Voordat je dit alles gaat doen moet je het DNA eerst amplificeren (vermenigvuldigen) dmv een PCR reactie. Dat stuk snap je wel?

Veranderd door WendyTje, 14 mei 2007 - 13:06

To boldly go where I`ve never been before

Be nice to nerds, chances are you`ll end up working for one

#6

Puzemuze

    Puzemuze


  • >25 berichten
  • 70 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 14 mei 2007 - 13:39

Ik heb het even opgezocht, en ik heb het inderdaad verward met Cycle Sequencing! :D

Nouja, kan gebeuren he..

Wat ik bedoelde met willekeurig bij de restrictie-enzymen: het is niet dat ze allťťn maar de eerste ACT (ofzo) van een DNA-molecuul knippen, maar dat het dus ook de 15e in de reeks kan zijn. En dan had ik in mijn hoofd dat er een boel verschillende restrictie-enzymen worden ingegooid, door de verwarring met het sequencen. Achja..

#7

Danio Rerio

    Danio Rerio


  • 0 - 25 berichten
  • 19 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 14 mei 2007 - 21:07

Wat ik eigenlijk nog wou weten over die PCR-techniek..
Telkens je een cyclus doorloopt, wordt het stuk DNA waarbij je oorspronkelijk begonnen bent een beetje ingekort, omdat je primers gebruikt die achteraf verwijderd worden. Klopt dit? En ga je dan na 30 cycli ofzo niet eindigen met een stompje DNA waar je helemaal niets meer mee kunt aanvangen?

Wat betreft de fingerprinting, ik denk dat ik het nu begrijp, bedankt!

#8

WendyTje

    WendyTje


  • >250 berichten
  • 773 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 15 mei 2007 - 08:36

De primers worden helemaal niet verwijderd, die blijven gewoon lekker ingebouwd, dus al het product heeft dezelfde lengte, op een gel is het dan ook (bij 1 specifieke primerset) maar 1 band. Je stopt dus genoeg primer in je mix zodat dit proces gewoon door kan gaan, zal je de runs extreem lang herhalen stopt het proces op een gegeven moment omdat of de dNTPs (meestal) of de primers op zijn.

Stel dat ze er wel afgehaalt zouden kunnen worden, en het korter zou worden, dan kunnen in de volgende run er toch geen primers meer hechten? omdat hun specifieke sequentie dan weg is. Dan zou de hele PCR niet meer verlopen. Ook de (meeste) primers zijn heel erg specifiek voor een sequentie.

Als je een pool (onbekend) DNA wil amplificeren, dan gebruik je "random primers", dat is een set van meerdere sequenties/primers, en minder specifiek voor maar 1 stuk, en ze vormen ook verschillende Forward/Reverse combi`s. Maar ook deze blijven lekker ingebouwd zitten, alleen hier amplificeer je "random" stukken en krijg je dus daarom verschillende lengtes.

Veranderd door WendyTje, 15 mei 2007 - 08:41

To boldly go where I`ve never been before

Be nice to nerds, chances are you`ll end up working for one

#9

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8252 berichten
  • VIP

Geplaatst op 16 mei 2007 - 15:57

Wat ik eigenlijk nog wou weten over die PCR-techniek..
Telkens je een cyclus doorloopt, wordt het stuk DNA waarbij je oorspronkelijk begonnen bent een beetje ingekort, omdat je primers gebruikt die achteraf verwijderd worden. Klopt dit? En ga je dan na 30 cycli ofzo niet eindigen met een stompje DNA waar je helemaal niets meer mee kunt aanvangen?

Wat betreft de fingerprinting, ik denk dat ik het nu begrijp, bedankt!



De primers worden helemaal niet verwijderd, die blijven gewoon lekker ingebouwd, dus al het product heeft dezelfde lengte, op een gel is het dan ook (bij 1 specifieke primerset) maar 1 band. Je stopt dus genoeg primer in je mix zodat dit proces gewoon door kan gaan, zal je de runs extreem lang herhalen stopt het proces op een gegeven moment omdat of de dNTPs (meestal) of de primers op zijn.


WendyTje heeft zoals gewoonlijk gelijk. Als ik het goed zie verwar je een PCR met de DNA amplificatie in vivo. Hierbij zijn inderdaad telomeren en de bekende okazaki fragmenten bij betrokken.
"Meep meep meep." Beaker

#10

WendyTje

    WendyTje


  • >250 berichten
  • 773 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 16 mei 2007 - 16:02

WendyTje heeft zoals gewoonlijk gelijk.


:grin: :grin: :grin: THX! Gek genoeg krijg ik dat nou bijna nooit te horen irl!

(jaa, I know.. off topic, excuses)

Veranderd door WendyTje, 16 mei 2007 - 16:03

To boldly go where I`ve never been before

Be nice to nerds, chances are you`ll end up working for one

#11

qrnlk

    qrnlk


  • >5k berichten
  • 5079 berichten
  • Lorentziaan

Geplaatst op 16 mei 2007 - 16:50

http://openwetware.org/wiki/PCR
Any sufficiently analyzed magic is indistinguishable from science.
Any sufficiently advanced technology is indistinguishable from magic.

There is no theory of protecting content other than keeping secrets Ė Steve Jobs





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures