Springen naar inhoud

- - - - -

Revolutie in dna-sequencing brengt duizend-dollargenoom nabij


  • Log in om te kunnen reageren

#1

PdeJongh

    PdeJongh


  • >1k berichten
  • 2005 berichten
  • VIP

Geplaatst op 14 oktober 2007 - 10:36

De 79-jarige Nobelprijswinnaar James Watson, ontdekker van de DNA-structuur, was 31 mei de eerste die hét cadeau van de toekomst mocht ontvangen: zijn volledig in kaart gebrachte genoom, opgeslagen op twee dvd’s.

Lees meer... NRC
...verhit de dichloormono-oxide tot 277 graden Celcius en geniet van het effect...

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

zpidermen

    zpidermen


  • >1k berichten
  • 1623 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 14 oktober 2007 - 11:32

Ik heb het artikel gelezen, maar sommige dingen snap ik nog niet helemaal (helemaal aan het eind van dat artikel, waar 5 stappen staan beschreven):

Aan elk geknipt DNA-strengetje wordt o.a. een klein stukje 'A' DNA geplakt, en een enzym gaat daardoor dat DNA-strengetje miljoenen malen kopieren. Waar is dat kopieren goed voor?

Verderop in het proces worden de DNA-strengetjes gecentrifugeerd, zodat na afloop op een kunststof kaartje in elk van de 1,6 miljoen gaatjes een DNA-strengetje zit. Maar hoe weet je na het sequencen van al die DNA-strengetjes in welke volgorde die DNA-strengetjes onderling geplaatst moeten worden? Dat centrifugeren van die DNA-strengetjes gaat immers volstrekt willekeurig?
Beter kaal als geen haar want een kip snurkt

#3

Benm

    Benm


  • >5k berichten
  • 8811 berichten
  • VIP

Geplaatst op 14 oktober 2007 - 13:08

Het is niet zo heel duidelijk geformuleerd, maar ik denk dat ze met stap 2 PCR bedoelen, waarbij die 'extra stukjes' de primers zijn?

Het recombineren van de informatie op de losse stukjes tot 1 genoom is in de basis niet zo moeilijk. Je begint stap 1 niet met een enkele dna streng met het complete genoom, maar met meerdere. Het knippen van de stukjes is tamelijk willekeurig. Je krijgt dus verschillende stukjes, waarvan het einde van het ene overeenkomt met bijv het midden van het andere (afkomstig uit verschillende strengen van het oorspronkelijke DNA).

Vervolgens is het zaak om (middels computers) uit te vogelen hoe al die stukjes overlappen, en hoe dat in 1 genoom in elkaar zat. Zolang de stukjes ettelijke honderden bp groot zijn is dat best haalbaar, al kan het ook wel problemen geven als lange sequenties op meerdere plaatsen voorkomen.
Victory through technology

#4

zpidermen

    zpidermen


  • >1k berichten
  • 1623 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 14 oktober 2007 - 20:16

Aha, dus dat kopieren is nodig om later makkelijker uit te vogelen hoe die losse DNA-strengen aan elkaar horen te zitten... Weer wat geleerd. :D
Beter kaal als geen haar want een kip snurkt

#5

Benm

    Benm


  • >5k berichten
  • 8811 berichten
  • VIP

Geplaatst op 15 oktober 2007 - 00:24

Dat kopieren is ook wel nodig voor het bepalen van de basenvolgorde van de losse stukjes, al is dat afhankelijk van de preciese methode waarmee men dat doet. In het artikel lijken nieuwe technieken gebruiken te maken van een enkel molecuul, maar de gangbare zijn niet gevoelig genoeg om 1 los dna molecuul van bijv 100 bp te sequencen.

Het amplificeren van DNA voor dit soort werk is vrij elegant proces waarbij de hoeveelheid per PCR stap verdubbeld, dus de gevoeligheid an sich is zo'n ramp niet.
Victory through technology





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures