Springen naar inhoud

Genen: snp's en rflp's


  • Log in om te kunnen reageren

#1

M. Mulder

    M. Mulder


  • >100 berichten
  • 118 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 18 oktober 2007 - 15:31

Beste mensen,

Toegespitst op het menselijk genoom:
  • Als een gen 2 allelen heeft die verschillen, is het gen dan automatisch ook een SNP ?
  • Bepalen restrictienzymen wat SNP's kunnen zijn ?
  • Kunnen alle genen d.m.v. restrictieenzymen exact geknipt worden (dus zowel de inrons als extrons worden meegenomen)
  • RFLP's overlappen elkaar en het gebruik van meerdere restrictieenzymen die werkzaam zijn op de restrictieplaatsen van het DNA. levert meerdere RFLP's op. Leveren RFLP's niet vaak SNP's op en is daarom een SNP automatisch een RFLP
Graag zou ik wel wat anwoorden op deze, in mij opkomende, vragen willen hebben wat zeker aanleiding zal geven tot wellicht meerdere vragen. Want de moleculaire genomics met de verscheidenheid aan technieken maak het soms wat onoverzichtelijk. Ik moest ook even goed lezen wat "Chromosome Walking" was.
Team TFC; member of the Dutch Power Cows

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

WendyTje

    WendyTje


  • >250 berichten
  • 773 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 18 oktober 2007 - 19:04

Beste mensen,

Toegespitst op het menselijk genoom:

  • Als een gen 2 allelen heeft die verschillen, is het gen dan automatisch ook een SNP ?

Dan zit er een SNP in dat allel ja (als het om een punt"mutatie"gaat !!! dus niet bij grote verschillen), maar een gen is nooit een SNP, een SNP is alleen dat punt die die variatie heeft

  • Bepalen restrictienzymen wat SNP's kunnen zijn ?

  • Nee, maar met restrictieenzymen zou je een SNP kunnen vinden (maar is niet perse de makkelijkste manier, omdat het om puntmutaties gaat, sequencen levert een stuk meer op, maar is nog erg duur)

  • Kunnen alle genen d.m.v. restrictieenzymen exact geknipt worden (dus zowel de inrons als extrons worden meegenomen)



  • Bedoel je dat een restrictieenzym precies bij het begin van een gen knipt en aan het einde nog een keer?
    Nou... in theorie heel misschien, maar eigenlijk niet, een restrictieenzym herkend een stukje sequentie, en knipt overal waar dat stukje zit.. dus stel een restrictieenzym knipt GATC, en dat komt elke paarduizend basenparen voor in het genoom (zoiets, kan even de goede verhoudingen niet vinden) dus zal het restrictieenzym op al die plaatsen knippen. Enzymen die grotere sequenties herkennen knippen ook minder vaak, want die sequentie komt dan minder vaak voor, maar het moet wel enorme toeval zijn wil een enzym alleen precies aan het begin en aan het eind van een gen knippen.. en niet erin enzo. Een restrictieenzym houd geen rekening met wat een gen en wat een promotor of een intron is, het knipt gewoon op sequentie.
    Als ik je vraag goed begrijp dan.


  • RFLP's overlappen elkaar en het gebruik van meerdere restrictieenzymen die werkzaam zijn op de restrictieplaatsen van het DNA. levert meerdere RFLP's op. Leveren RFLP's niet vaak SNP's op en is daarom een SNP automatisch een RFLP
  • eehm, beetje moeilijk verwoord allemaal, maar een SNP is niet een RFLP, een RFLP (Restriction fragment length polymorphism) is een verschil in restrictiefragmenten, die veroorzaakt kunnen worden door een SNP, een SNP levert niet perse een RFLP op.

    Ook vind ik de term "restricitieplaatsen van het DNA" een beetje vreemd, er is niets speciaals aan en het zijn geen specifieke plaatsen, maar restricitieenzymen kunnen overal in het DNA knipen, afhankelijk van hun herkenningssequentie

    nog wat info in het nederlands: http://nl.wikipedia....de_polymorphism
    en in t engels, staat ook veel meer info en over RFLP`s:
    http://en.wikipedia..../SNP_genotyping

    Veranderd door WendyTje, 18 oktober 2007 - 19:06

    To boldly go where I`ve never been before

    Be nice to nerds, chances are you`ll end up working for one

    #3

    M. Mulder

      M. Mulder


    • >100 berichten
    • 118 berichten
    • Ervaren gebruiker

    Geplaatst op 20 oktober 2007 - 12:27

    WendyTje

    Allereerst bedankt voor je reply :D
    • Dus een SNP is alleen een variatie van 1 basepaar (puntmutatie) en is niet gelieerd aan een fragment van DNA. M andere woorden een gen kan dus meerdere SNP's bevatten.
    • Stel dat je een gen wilt klonen, dan kun je a.d.h.v. probes (markers) het gen hybridiseren. Maar hoe kun je nou exact weten wat de sequentie (inclusief alle introns en extrons) is. Elk gen begint met een promotor en eindigt met een polyadenyleringssignaal? Daartussen zullen de probes moeten werken. Dan zullen er meerdere probes zijn neem ik aan om die sequentie te hybridiseren. Hoe hebben ze die probes zo kunnen vormen dat het alleen op een specifiek gen werkt?
    De term restrictieplaatsen komt van "Biology" Campbell. Daar hebben ze het over "restrictionsites". Dit zijn dus de plaatsen op het DNA waar de restrictieenzymen op inwerken.
    Team TFC; member of the Dutch Power Cows

    #4

    WendyTje

      WendyTje


    • >250 berichten
    • 773 berichten
    • Ervaren gebruiker

    Geplaatst op 23 oktober 2007 - 08:20

    WendyTje

    Allereerst bedankt voor je reply :D

    • Dus een SNP is alleen een variatie van 1 basepaar (puntmutatie) en is niet gelieerd aan een fragment van DNA. M andere woorden een gen kan dus meerdere SNP's bevatten.

    Juist!

  • Stel dat je een gen wilt klonen, dan kun je a.d.h.v. probes (markers) het gen hybridiseren. Maar hoe kun je nou exact weten wat de sequentie (inclusief alle introns en extrons) is. Elk gen begint met een promotor en eindigt met een polyadenyleringssignaal? Daartussen zullen de probes moeten werken. Dan zullen er meerdere probes zijn neem ik aan om die sequentie te hybridiseren. Hoe hebben ze die probes zo kunnen vormen dat het alleen op een specifiek gen werkt?

  • De sequenties van het gen zijn uniek in het genoom, dus als je een aantal probes hebt met die sequenties, weet je zeker dat je dat gen te pakken hebt, daar hoef je echt niet alles voor te hyben, als je 3 probes hebt in een gen en die binden, hoef je echt niet perse ook te kijken naar de promotor etc.

    Als je echt een sequentie helemaal wilt weten dan moet je sequencen. Dat ga ik hier niet uitleggen dat kan je ook vast op internet vinden. Als je al zeker weet wat de sequentie is en je wilt alleen even checken of je het goede stukje hebt, dan kun je een knipje doen met restrictieenzymen, want je weet precies waar het volgens de theoretische sequentie zou moeten knippen en welke lengtes fragmenten eruit horen te komen. Op een (agarose)gel kun je dan zien of dat klopt

  • De term restrictieplaatsen komt van "Biology" Campbell. Daar hebben ze het over "restrictionsites". Dit zijn dus de plaatsen op het DNA waar de restrictieenzymen op inwerken.


    Restrictionsites is een juiste term, maar door de vertaling restrictieplaatsen van het DNA lijkt het net of dat er apart gereserveerde stukjes voor zijn, gewoon beetje ongebruikelijk het zo te zeggen..

    Veranderd door WendyTje, 23 oktober 2007 - 08:23

    To boldly go where I`ve never been before

    Be nice to nerds, chances are you`ll end up working for one





    0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

    0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

    Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

    Gesponsorde vacatures

    Vacatures