Springen naar inhoud

Sequentie analyse


  • Log in om te kunnen reageren

#1

zwitterion

    zwitterion


  • >100 berichten
  • 108 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 10 december 2007 - 18:21

Ik had 'n vraagje over sequentie analyse, meer bepaald over N-terminale eindgroepbepaling en Edman-degradatie.
Ik weet hoe beide zaken werken, maar als je nu es met een multisubunit eiwit te maken hebt. Dan zie je 2 pieken bij detectie, neem ik aan(bij 1 eiwit zie je gwn 1 piek voor het desbetreffende aminozuur). Geldt dit voor zowel eindgroepbepaling als Edman?
Ik ben er vrij zeker van dat dit geldt voor eindgroepbepaling, als je 2 eindstandige aminozuren vindt, moet je wel te maken hebben met meerdere subeenheden. Maar eigenlijk geldt dan toch identiek hetzelfde voor Edmandegradatie? En niet alleen voor het 1ste afgesplitste aminozuur(het N-terminale op het oorspronkelijke eiwit), maar ook voor de verder afgesplitste aminozuren?

Ik had 'n vraagje over sequentie analyse, meer bepaald over N-terminale eindgroepbepaling en Edman-degradatie.
Ik weet hoe beide zaken werken, maar als je nu es met een multisubunit eiwit te maken hebt. Dan zie je 2 pieken bij detectie, neem ik aan(bij 1 eiwit zie je gwn 1 piek voor het desbetreffende aminozuur). Geldt dit voor zowel eindgroepbepaling als Edman?
Ik ben er vrij zeker van dat dit geldt voor eindgroepbepaling, als je 2 eindstandige aminozuren vindt, moet je wel te maken hebben met meerdere subeenheden. Maar eigenlijk geldt dan toch identiek hetzelfde voor Edmandegradatie? En niet alleen voor het 1ste afgesplitste aminozuur(het N-terminale op het oorspronkelijke eiwit), maar ook voor de verder afgesplitste aminozuren?

Moest het nodig zijn, wil ik hier eerst nog even de theorie van eindgroepbepaling en Edmandegradatie uit de doeken doen, ben dat toch net aan het blokken(vandaar die vraag hh).
Everything is chemistry.

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Benm

    Benm


  • >5k berichten
  • 8780 berichten
  • VIP

Geplaatst op 11 december 2007 - 16:54

Ik ben er vrij zeker van dat dit geldt voor eindgroepbepaling, als je 2 eindstandige aminozuren vindt, moet je wel te maken hebben met meerdere subeenheden.


Even de praktische kant daarvan:

Ik neem aan dat je doelt op wat er zou gebeuren als je eiwit met verschilende subunits (zeg een heterodimeer) in zn geheel middels edman- of andere n-terminale degradatie probeert te analyseren. Je hebt gelijk voor wat betreft dat je dan 2 verschillende aminozuren zou terugzien per stap.

Alleen is het praktisch zo dat deze analyse alleen werkt op relatief korte peptide (zeg 30 aminozuren). Nagenoeg ieder eiwit is groter dan dat, en een (hetero)dimeer in ze geheel sowieso. Daardoor is het nodig een eiwit eerst te knippen in hanteerbare stuken (met trypsine oid). Die stukken worden vervolgens eerst van elkaar gescheiden en dan geanalyseerd. Zou je een heterodimeer hebben, dan zie je dus stukken van beide subunits.
Victory through technology

#3

zwitterion

    zwitterion


  • >100 berichten
  • 108 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 11 december 2007 - 22:11

Even de praktische kant daarvan:

Ik neem aan dat je doelt op wat er zou gebeuren als je eiwit met verschilende subunits (zeg een heterodimeer) in zn geheel middels edman- of andere n-terminale degradatie probeert te analyseren. Je hebt gelijk voor wat betreft dat je dan 2 verschillende aminozuren zou terugzien per stap.

Alleen is het praktisch zo dat deze analyse alleen werkt op relatief korte peptide (zeg 30 aminozuren). Nagenoeg ieder eiwit is groter dan dat, en een (hetero)dimeer in ze geheel sowieso. Daardoor is het nodig een eiwit eerst te knippen in hanteerbare stuken (met trypsine oid). Die stukken worden vervolgens eerst van elkaar gescheiden en dan geanalyseerd. Zou je een heterodimeer hebben, dan zie je dus stukken van beide subunits.

Bedankt!
Everything is chemistry.

#4

Wouter_Masselink

    Wouter_Masselink


  • >5k berichten
  • 8246 berichten
  • VIP

Geplaatst op 16 december 2007 - 13:58

Doordat deze digestie aspecifiek gebeurd, zullen er gedeeltelijke overlappingen ontstaan van peptideketens ontstaan. Hierdoor is het eenvoudig om de gehele sequentie aan elkaar te puzzelen.
"Meep meep meep." Beaker

#5

Benm

    Benm


  • >5k berichten
  • 8780 berichten
  • VIP

Geplaatst op 16 december 2007 - 14:14

Dat klopt inderdaad.. dus als je een hetereodimeer (of gewoon 2 verschillende eiwitten in een sample hebt) lukt het meestal niet de sequenties aan elkaar te knopen. Overigens kunnen daarbij wel problemen optreden als beide eiwitten een redelijk deel van gelijke sequentie hebben, maar daar komt men normaliter wel uit.
Victory through technology





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures