Springen naar inhoud

[microcursus] wat is dna? (basis)


  • Log in om te kunnen reageren

#1

Jan van de Velde

    Jan van de Velde


  • >5k berichten
  • 44880 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 05 mei 2008 - 20:14

Plaats in deze topic je vragen en opmerkingen over de [microcursus] Wat is DNA? (basis)

Er is ook een volledig overzicht van alle cursussen, FAQ's en handleidingen



-----------------------------------------------------------------------------------------
ALS WIJ JE GEHOLPEN HEBBEN....
help ons dan eiwitten vouwen, en help mee ziekten als kanker en zo te bestrijden in de vrije tijd van je chip...
http://www.wetenscha...showtopic=59270

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Hurm

    Hurm


  • >25 berichten
  • 94 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 13 mei 2008 - 22:00

Vanmiddag heb ik de uiterst leerzame DNA-cursus doorgespit. Er is me veel duidelijk geworden, maar er is een vraagje bij me blijven hangen:

Stel, we hebben een cel(kern) met daarin een stukje DNA, met de letters CGA (willekeurig gekozen).
Door transcriptie wordt er een mRNA-streng gevormd, met hier dus de letters GCU
Vervolgens komt hier een stukje tRNA aan te zitten: CGA
Korter: er wordt tRNA gevormd, dat gelijk is aan DNA (behalve dat bij tRNA de T is vervangen door een U).

Nu zijn er tabellen waarin je kunt lezen welk aminozuur er wordt gevormd per combinatie van drie letters. Maar mijn vraag is: welk aminozuur wordt er in de situatie hierboven gevormd, dus: naar welke combinatie van drie letters moeten we kijken?
Nu, in de tabellen komt een U voor, geen T, dus het DNA valt af. Dan blijven over het mRNA en het tRNA. Wordt er nou een aminozuur gevormd aan de hand van het mRNA, dus hier GCU (staat voor Ala),
of wordt het gevormd aan de hand van het tRNA, dus hier CGA (staat voor Arg)?

#3

Jan van de Velde

    Jan van de Velde


  • >5k berichten
  • 44880 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 13 mei 2008 - 23:04

Vanmiddag heb ik de uiterst leerzame DNA-cursus doorgespit. Er is me veel duidelijk geworden,

Namens de club bedankt voor het compliment :D

maar er is een vraagje bij me blijven hangen:

..//..

Als ik je vraag goed begrijp komt die er eigenlijk op neer hoe je zo'n codon-tabel zoals in die wiki-link
http://en.wikipedia.org/wiki/Codon
moet lezen.

Het komt er op neer dat de codes in die tabel gegeven zijn voor de basevolgorde op het mRNA.
Bijvoorbeeld, helemaal linksboven in die tabel staat UUU voor phenylalanine. Dat betekent dat er voor een stukje mRNA met codon UUU een phenylalanine gezocht wordt.

Ik kan me niet herinneren ooit tabellen met tRNA-codons gebruikt te hebben.
Maar een phenylalanine moet dan dus gekoppeld worden aan een tRNA met codon AAA.

En voordat dŠt weer verwarring schept: UUU is niet de enige mRNA code die voor phenylalanine codeert.

Nemen we mee om bij een toekomstige aanpassing even te verduidelijken.
ALS WIJ JE GEHOLPEN HEBBEN....
help ons dan eiwitten vouwen, en help mee ziekten als kanker en zo te bestrijden in de vrije tijd van je chip...
http://www.wetenscha...showtopic=59270

#4

Hurm

    Hurm


  • >25 berichten
  • 94 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 14 mei 2008 - 11:25

Als ik je vraag goed begrijp komt die er eigenlijk op neer hoe je zo'n codon-tabel zoals in die wiki-link
http://en.wikipedia.org/wiki/Codon
moet lezen.

Het komt er op neer dat de codes in die tabel gegeven zijn voor de basevolgorde op het mRNA.


Als examenklasser heb ik dit jaar al aardig wat met die tabellen geoefend. Dit levert geen problemen op, tenzij ik er teveel bij ga nadenken. Dan weet ik namelijk niet meer welke code ik moet opzoeken.. Maar het blauwe zinnetje (^) is de oplossing van mijn problemen. Thanks!

#5

Drs.P

    Drs.P


  • >100 berichten
  • 163 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 14 mei 2008 - 20:04

Om het verhaal nog maar eens compleet te maken:

Coding strand = mRNA
Aan de template strand wordt het RNA gesynthetiseerd, de template strand is dus de inverse van de coding strand.

Andere termen voor coding strand=sense strand=mRNA

Anti-sense=Non-sense=template strand

- en + strand heeft niets met de translatie te maken, dit is een orientatie van het chromosoom (afspraak per chromosoom)

#6

Jan van de Velde

    Jan van de Velde


  • >5k berichten
  • 44880 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 15 mei 2008 - 00:30

Om het verhaal nog maar eens compleet te maken:

..//..

Klinkt alsof je er verstand van hebt (zonder enige spot bedoeld)
http://www.wetenscha...showtopic=84960
klik eens??
ALS WIJ JE GEHOLPEN HEBBEN....
help ons dan eiwitten vouwen, en help mee ziekten als kanker en zo te bestrijden in de vrije tijd van je chip...
http://www.wetenscha...showtopic=59270

#7

kasper90

    kasper90


  • >100 berichten
  • 131 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 19 mei 2008 - 16:45

Stel, we hebben een cel(kern) met daarin een stukje DNA, met de letters CGA (willekeurig gekozen).
Door transcriptie wordt er een mRNA-streng gevormd, met hier dus de letters GCU
Vervolgens komt hier een stukje tRNA aan te zitten: CGA
Korter: er wordt tRNA gevormd, dat gelijk is aan DNA (behalve dat bij tRNA de T is vervangen door een U).


Het zou dus zo moeten zijn:
Als we een stukje DNA van de codon-streng hebben met de letters CGA, dan heeft de template streng dus de letters GCT.
Door transcriptie wordt er een mRNA-streng gevormd, met hier dus de letters CGA.
Vervolgens komt hier een stukje tRNA aan te zitten: GCU
Korter: er wordt mRNA gevormd, dat gelijk is aan de codon streng van het DNA en tRNA dat gelijk is aan de template streng. (behalve dat de T is vervangen door een U)

Bij de tabellen met je kijken naar het mRNA (of naar de codon, en de T'tjes voor U'tjes vervangen).
Je moet hier dus kijken bij CGA (staat voor Arg).

#8

Drs.P

    Drs.P


  • >100 berichten
  • 163 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 19 mei 2008 - 21:08

Kasper90, je haalt codon en coderende streng door elkaar.

Een codon is een triplet (bestaat uit 3) van nucleÔnezuren in een open reading frame. M.a.w. Het een stukje 3 lettercode wat vertaald wordt in een aminozuur.

De coderende streng is het stuk DNA wat gelijk is aan het mRNA.

Haal deze 2 niet door elkaar!

#9

Jan van de Velde

    Jan van de Velde


  • >5k berichten
  • 44880 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 19 mei 2008 - 22:22

Het zou dus zo moeten zijn:
..//..



..//..
Haal deze 2 niet door elkaar!

Een en ander lezende krijg ik de indruk dat er een ERNSTIGE fout in die cursus staat, en ik zie hem niet.

Even versimpeld:
mRNA is een (negatieve) kopie van DNA
tRNA moet dus dezelfde code hebben als het stukje DNA waarvan het MRNA gekopieerd werd, (dwz weer een negatief van het negatief, oftewel een positief) met dit verschil dat thymine is vervangen door uracil.

Net of ik in de voorgaande posts iets anders lees??? :D
ALS WIJ JE GEHOLPEN HEBBEN....
help ons dan eiwitten vouwen, en help mee ziekten als kanker en zo te bestrijden in de vrije tijd van je chip...
http://www.wetenscha...showtopic=59270

#10

kasper90

    kasper90


  • >100 berichten
  • 131 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 mei 2008 - 08:21

Sorry voor mijn fout, ik haal wel vaker namer door elkaar, codon streng moet zijn coderende streng (ik weet alleen niet hoe ik mijn eigen bericht kan aanpassen :S )

@Jan van de Velde
volgens mij zeggen jij, ik en Drs. P precies hetzelfde hoor, het enige verschil is dat jij het de hele tijd over het DNA hebt alsof het enkelstrengs is, terwijl er toch echt dubbelstrengs is (er is een coderende streng en een template streng)

dus als ik jou verhaal af mag maken:
mRNA is een (negatieve) kopie van (de template streng van) het DNA, en dus een positieve kopie van (de coderende streng van) het DNA
tRNA moet dus dezelfde code hebben als het stukje template DNA waarvan het MRNA gekopieerd werd, (dwz weer een negatief van het negatief, oftewel een positief) met dit verschil dat thymine is vervangen door uracil.
maar tRNA is dus een negatieve kopie van de coderende streng...

tenminste zo heb ik het op school geleerd...

Veranderd door kasper90, 20 mei 2008 - 08:21


#11

Jan van de Velde

    Jan van de Velde


  • >5k berichten
  • 44880 berichten
  • Moderator

Geplaatst op 20 mei 2008 - 08:59

uit ß3.3 van de cursus:

Daarom moet er, telkens als er een eiwit gebouwd moet worden, een stukje DNA (verantwoordelijk voor dat eiwit) gekopieerd worden. Allereerst wordt het betreffende stukje DNA (verantwoordelijk voor dat eiwit) opengeritst.
Van dat stuk van ťťn van de strengen wordt dan een (negatieve) kopie gemaakt, ongeveer zoals dat ook gebeurde voor de verdubbeling van DNA (zie ß 3.1). Dit wordt ook wel 'transcriptie' genoemd.

Dus als ik het goed begrijp zou deze passage duidelijker/vollediger kunnen/moeten ??
ALS WIJ JE GEHOLPEN HEBBEN....
help ons dan eiwitten vouwen, en help mee ziekten als kanker en zo te bestrijden in de vrije tijd van je chip...
http://www.wetenscha...showtopic=59270

#12

Klintersaas

    Klintersaas


  • >5k berichten
  • 8614 berichten
  • VIP

Geplaatst op 20 mei 2008 - 15:15

Dus als ik het goed begrijp zou deze passage duidelijker/vollediger kunnen/moeten ??

Inderdaad. Bij het maken van de cursus leek het me niet zo belangrijk om het te vermelden, maar blijkbaar is er toch behoefte aan.

Geloof niet alles wat je leest.

Heb jij verstand van PHP? Word Technicus en help mee om Wetenschapsforum nog beter te maken!


#13

Hurm

    Hurm


  • >25 berichten
  • 94 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 mei 2008 - 17:01

Kort gezegd draait het dus allemaal om de template streng. De andere streng is voor het verhaal gans niet interessant.

#14

kasper90

    kasper90


  • >100 berichten
  • 131 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 20 mei 2008 - 21:59

Kort gezegd draait het dus allemaal om de template streng. De andere streng is voor het verhaal gans niet interessant.


Tsja, dat zou je kunnen zeggen, maar in de wetenschap wordt de template streng juist de non-sense streng genoemd, en de coderende streng, de sense streng.

Oftewel, als er een DNA code gemaakt wordt van iets, kijken ze naar de coderende streng, niet naar de template streng. Dus het lijkt me wel ver om te zeggen dat deze streng niet interessant is voor het verhaal :D

Veranderd door kasper90, 20 mei 2008 - 21:59


#15

Claudia

    Claudia


  • 0 - 25 berichten
  • 2 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 18 juli 2008 - 14:00

Ik heb dit artikel gelezen om dingen duidelijk te krijgen voor een werkstuk dat ik moet maken voor school, en ik moet zeggen dat het voor een forum artikel erg goed en compleet is. De andere forums waar ik ben geweest zag ik met mijn nog niet zo brede kennis over dit soort dingen veel grove fouten. Bijvoorbeeld dat je bij RNA i.p.v. een T een U hebt, dat hadden ze er niet bij staan, en ook in de plaatjes was dit fout gedaan.
Het is lekker in vlotte begrijpbare taal geschreven en door het gebruik van plaatjes werd alles nog duidelijker.

Nu schrijf ik dit natuurlijk niet zomaar, alleen omdat het een supergoed artikel is in mijn ogen:
ik wilde vragen of ik plaatjes mag kopieren voor mijn werkstuk. Natuurlijk komt dan in ieder geval uw artikel in de bronnenlijst te staan.

Groetjes Claudia





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures