Springen naar inhoud

Mastermix cdna-synthese


  • Log in om te kunnen reageren

#1

zwitterion

    zwitterion


  • >100 berichten
  • 108 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 03 december 2008 - 17:22

Is er iemand van jullie die iets kent van cDNA-synthese?
Daarbij gebruik je een mastermix en daaraan wordt DTT of dithiotriŽtol toegevoegd. Dat is een reducerend agens, het breekt dus zwavelbruggen.
Nu vroeg ik mij af wrm dat wordt toegevoegd aan die mastermix? Om tertiaire van het mRNA te verbreken msh? Hoewel, vormt mRNA S-bruggen dan?

Ik hoop dat iemand mij kan helpen.

Zwitterion
Everything is chemistry.

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Bas

    Bas


  • >250 berichten
  • 824 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 03 december 2008 - 23:23

Ik heb even wat gezocht en mijn eigen vermoeden werd deels bevestigd: waarschijnlijk dient het (mede) om de RNAses, die eigenlijk altijd wel aanwezig zijn, te inactiveren. Maar je kunt de discussie hierover hier even nalezen.
Ik wou dat ik een elektron was, dan kon ik altijd paren

#3

Mrtn

    Mrtn


  • >1k berichten
  • 4220 berichten
  • VIP

Geplaatst op 04 december 2008 - 00:15

Voor zover mij bekend wordt het daar inderdaad voor gebruikt. Ook bijvoorbeeld cRNA probes voor ISH worden vaak 'beschermd' met DTT, waar na synthese van de probe geen enzymen meer voor nodig zijn. Uit mijn hoofd doe ik het zelf met een paar ul 2,5 M: een flinke dosis.
Zoals wordt opgemerkt in de discussie waar Bas naar verwijst zou mercaptoethanol dezelfde functie hebben, hoewel dat een stuk giftiger is dan DTT (en een veel sterkere geur heeft, waar ik zelf echt een hekel aan heb).

Omdat er in principe geen zwavel voorkomt in RNA zou ik er niet van uit gaan dat mRNA een structuur vormt met S-bruggen.
Of course, the theory of relativity only works if you're going west.
-Calvin-

#4

zwitterion

    zwitterion


  • >100 berichten
  • 108 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 04 december 2008 - 23:15

Dus eigenlijk heeft DTT 2 belangrijke functies: destabiliseren van Rnasen en stabilisatie van het reverse transcriptase.
Ik heb ook al hier en daar gelezen dat het secundaire mRNA-structuren zou verwijderen. Maar inderdaad, waar komt die zwavel dan vandaan...
Everything is chemistry.

#5

Mrtn

    Mrtn


  • >1k berichten
  • 4220 berichten
  • VIP

Geplaatst op 05 december 2008 - 12:08

Dus eigenlijk heeft DTT 2 belangrijke functies: destabiliseren van Rnasen en stabilisatie van het reverse transcriptase.

Een reverse transcriptase (RT) is ook een enzym en dus zou ik verwachten dat het net zo als een RNase gedenatureerd wordt DTT.
Dit is echt zo'n voorbeeld waar heel veel mensen heel veel verschillende dingen over zeggen. En niemand lijkt te weten wat nou waar is.. ook dat kan soms bij wetenschap horen.
Of course, the theory of relativity only works if you're going west.
-Calvin-

#6

zwitterion

    zwitterion


  • >100 berichten
  • 108 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 07 december 2008 - 16:14

Het punt is dat ik dat moet weten voor de verdediging van mijn project, als ze mij die vraag stellen. Altijd vervelend als er geen sluitende antwoorden zijn, maar ik kan natuurlijk altijd zeggen dat er discussie over is ;-)
Everything is chemistry.





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures