Springen naar inhoud

Comparative genome hybridization (cgh)


  • Log in om te kunnen reageren

#1

666macho

    666macho


  • 0 - 25 berichten
  • 9 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 28 december 2008 - 12:59

Hoi,

Weet iemand misschien hoe de techniek Comparative Genome Hybridization (CGH) werkt?
Ik heb hiernaar gezocht en heb gevonden dat er 'test DNA' (bijv Tumor DNA) gelabeld wordt met bijv Biotin.
Vervolgens wordt er 'normaal' DNA als controle DNA gelabeld met een ander label, zoals digoxigenin.
De test en controle DNA's worden vervolgens 1:1 met elkaar gemixt en daarna gehybridiseert aan 'normaal' chromosomaal DNA in de metaphase.
Met behulp van verschillende fluorochromen ( fluorescein isothiocyanate (FITC) en tetra-ethylrhodamine isothiocyanate (TRITC)) kan het gelabelde DNA gekleurd en bekeken worden onder o.a. de microscoop.

Wat ik hiervan niet snap is waarom het normale chromosomale DNA specifiek in de metaphase moet zijn.
Ook snap ik niet hoe ze test en controle DNA's tegelijkertijd aan hetzelfde chromosoom/chromosomen willen laten binden.
Alvast bedankt

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Gesp

    Gesp


  • >250 berichten
  • 339 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 28 december 2008 - 14:53

- Waarom test- en controle DNA tegelijk?
Daarin schuilt het "comparatieve" (vergelijkende) uit de naam:
Van het controle-DNA ga je ervan uit dat elk stukje van het genoom evenredig in je mengsel is vertegenwoordigd. Dus van elk stukje van elk chromosoom zijn bv. 100 kopieen aanwezig. Je voegt een gelijke hoeveelheid test-DNA toe. Als in het test-DNA ook van elk stukje 100 kopieen aanwezig zijn, houden de 2 kleuren elkaar in evenwicht: de kleur rood is even sterk als de kleur groen, het resultaat is de kleur geel.
Als in het test-DNA een stukje chromosoom ontbreekt (0 kopieen), zal de controlekleur overheersen.
Als er een stuk van het chromosoom verdubbeld is (bv. door een chromosomale duplicatie of aneuploidie; dat komt bij kankercellen nogal eens voor), zal juist het test-DNA vaker binden, en zal die kleur overheersen.
Kortom: je vergelijkt de hoeveelheid kopieen in het test-DNA met de hoeveelheid kopieen in het controle-DNA.

#3

Gesp

    Gesp


  • >250 berichten
  • 339 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 28 december 2008 - 18:05

mmm... ik bedacht dat de vraag misschien juist ging over: waarom op deze manier.
Het wordt op deze manier gedaan om te compenseren voor spontaan aanwezige cikopieen (in de evolutie zijn sommige stukken chromosoom spontaan verdubbeld) , alsmede voor verschillen in bindingsneiging (het ene DNA-stuk zal makkelijker hybrideseren dan het andere).

#4

666macho

    666macho


  • 0 - 25 berichten
  • 9 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 28 december 2008 - 19:20

Bedankt voor je reactie

Ik snap wat ze uiteindelijk willen bereiken, uiteindelijk willen ze in een chromosoom/chromosomen kunnen zien welk gedeelte van het 'test' en 'controle' DNA in welke deel van het 'normale' chromosoom bindt. Dit kunnen ze dan zien aan de kleuren die als label zijn gebruikt. (als voorbeeld: zie bijlage)
cgh_results.JPG
In het voorbeeld van de bijlage is een groene kleur het 'test' DNA en de rode kleur het 'controle' DNA. Blauw betekend dat het 'test' en 'controle' DNA er allebei binden.
Bij een rode kleur bindt er dus alleen het 'controle' DNA omdat dit gedeelte niet aanwezig is in het 'test' DNA.
Terwijl bij de groene kleur het 'test' DNA wel aanwezig is maar het 'controle' DNA niet of het 'test' DNA is meer aanwezig dan het 'controle' DNA. Bij een blauwe kleur bindt het test en controle DNA allebei waardoor dus de blauwe kleur ontstaat.
(corrigeer me aub als ik hierin iets fout heb gezegd)

Ik snap niet hoe het Test chromosoom en het controle genoom tegelijkertijd aan 1 ander chromosoom kan binden. In dacht namelijk dat er maar een chromosoom tegelijk aan een ander kan binden ( als het tweede chromosoom aan het eerste bindt, dan kan het derde chromosoom toch niet nog eens aan het eerste binden want het tweede chromosoom zit in de weg).

#5

Gesp

    Gesp


  • >250 berichten
  • 339 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 28 december 2008 - 20:57

* Zowel het test-DNA als het controle-DNA wordt eerst in kleine stukjes gehakt. Inderdaad verwacht je dat er maar 1 stukje tegelijk bindt aan 1 chromosoom. In dat geval mengen de kleuren, doordat de verschillende kleuren zo dicht bij elkaar zitten (behalve als 1 van beide kleuren in overmaat aanwezig is).
* Jouw voorbeeld gebruikt inderdaad chromosomen. Maar tegenwoordig worden vaak 'array's' gebruikt. In dat geval wordt een klein stukje DNA op bepaalde plek op de plaat vast gezet. Bij een array kunnen wel meerdere DNA-stukken op dezelfde plaats binden.

#6

666macho

    666macho


  • 0 - 25 berichten
  • 9 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 29 december 2008 - 14:27

Oke nu snap ik het,
Ik wist niet dat het test en controle DNA eerst nog geknipt werden, dacht namelijk dat ze ongeknipt controle en test DNA wilden later hybridiseren. Maar daar zat ik dus fout.
harstikke bedankt ^^





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures