Hoi,
Weet iemand misschien hoe de techniek Comparative Genome Hybridization (CGH) werkt?
Ik heb hiernaar gezocht en heb gevonden dat er 'test DNA' (bijv Tumor DNA) gelabeld wordt met bijv Biotin.
Vervolgens wordt er 'normaal' DNA als controle DNA gelabeld met een ander label, zoals digoxigenin.
De test en controle DNA's worden vervolgens 1:1 met elkaar gemixt en daarna gehybridiseert aan 'normaal' chromosomaal DNA in de metaphase.
Met behulp van verschillende fluorochromen ( fluorescein isothiocyanate (FITC) en tetra-ethylrhodamine isothiocyanate (TRITC)) kan het gelabelde DNA gekleurd en bekeken worden onder o.a. de microscoop.
Wat ik hiervan niet snap is waarom het normale chromosomale DNA specifiek in de metaphase moet zijn.
Ook snap ik niet hoe ze test en controle DNA's tegelijkertijd aan hetzelfde chromosoom/chromosomen willen laten binden.
Alvast bedankt
Laatste berichten
-
08:29
Programmeren met vectoren 5
-
23:12
speciale rel. theorie 10
-
22:57
Straatklok loopt 5 minuten voor 11
-
22:57
wig 6
-
22:36
Gravity and gravitation 4
-
22:24
[scheikunde] vraag Chemie - wat is de oplossing? 10
-
19:47
Bruine vlekken op treinaanwijzerbord 10
-
19:44
Vogels in de stad zijn goede klussers 2
-
19:12
Rood laserlicht 3
-
17:30
Herleiden afmetingen vanaf een foto 21
-
16:34
[wiskunde] Prijs Product per KG; Alternatief Inzicht 3
-
13:57
do-re-mi-fa-so vliegtuigen 9
-
13:16
geen minkowski-ruimte toch? Doe ik dit nou fout? 17
-
13:12
[natuurkunde] kroon van koning op Syracuse 10
-
10:15
2013 – Augustus Vraag 3 3
-
24 apr
Vraag 2009 Juli Vraag 5 5
-
24 apr
positie 2
-
24 apr
Schroefdraad berekening 8
-
24 apr
[scheikunde] Kan chloorgas de geleiding van elektriciteit belemmeren? 9
-
23 apr
Weerfrustratie 9
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
Comparative genome hybridization (cgh)
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 339
Re: Comparative genome hybridization (cgh)
- Waarom test- en controle DNA tegelijk?
Daarin schuilt het "comparatieve" (vergelijkende) uit de naam:
Van het controle-DNA ga je ervan uit dat elk stukje van het genoom evenredig in je mengsel is vertegenwoordigd. Dus van elk stukje van elk chromosoom zijn bv. 100 kopieen aanwezig. Je voegt een gelijke hoeveelheid test-DNA toe. Als in het test-DNA ook van elk stukje 100 kopieen aanwezig zijn, houden de 2 kleuren elkaar in evenwicht: de kleur rood is even sterk als de kleur groen, het resultaat is de kleur geel.
Als in het test-DNA een stukje chromosoom ontbreekt (0 kopieen), zal de controlekleur overheersen.
Als er een stuk van het chromosoom verdubbeld is (bv. door een chromosomale duplicatie of aneuploidie; dat komt bij kankercellen nogal eens voor), zal juist het test-DNA vaker binden, en zal die kleur overheersen.
Kortom: je vergelijkt de hoeveelheid kopieen in het test-DNA met de hoeveelheid kopieen in het controle-DNA.
Daarin schuilt het "comparatieve" (vergelijkende) uit de naam:
Van het controle-DNA ga je ervan uit dat elk stukje van het genoom evenredig in je mengsel is vertegenwoordigd. Dus van elk stukje van elk chromosoom zijn bv. 100 kopieen aanwezig. Je voegt een gelijke hoeveelheid test-DNA toe. Als in het test-DNA ook van elk stukje 100 kopieen aanwezig zijn, houden de 2 kleuren elkaar in evenwicht: de kleur rood is even sterk als de kleur groen, het resultaat is de kleur geel.
Als in het test-DNA een stukje chromosoom ontbreekt (0 kopieen), zal de controlekleur overheersen.
Als er een stuk van het chromosoom verdubbeld is (bv. door een chromosomale duplicatie of aneuploidie; dat komt bij kankercellen nogal eens voor), zal juist het test-DNA vaker binden, en zal die kleur overheersen.
Kortom: je vergelijkt de hoeveelheid kopieen in het test-DNA met de hoeveelheid kopieen in het controle-DNA.
-
- Berichten: 339
Re: Comparative genome hybridization (cgh)
mmm... ik bedacht dat de vraag misschien juist ging over: waarom op deze manier.
Het wordt op deze manier gedaan om te compenseren voor spontaan aanwezige cikopieen (in de evolutie zijn sommige stukken chromosoom spontaan verdubbeld) , alsmede voor verschillen in bindingsneiging (het ene DNA-stuk zal makkelijker hybrideseren dan het andere).
Het wordt op deze manier gedaan om te compenseren voor spontaan aanwezige cikopieen (in de evolutie zijn sommige stukken chromosoom spontaan verdubbeld) , alsmede voor verschillen in bindingsneiging (het ene DNA-stuk zal makkelijker hybrideseren dan het andere).
-
- Berichten: 9
Re: Comparative genome hybridization (cgh)
Bedankt voor je reactie
Ik snap wat ze uiteindelijk willen bereiken, uiteindelijk willen ze in een chromosoom/chromosomen kunnen zien welk gedeelte van het 'test' en 'controle' DNA in welke deel van het 'normale' chromosoom bindt. Dit kunnen ze dan zien aan de kleuren die als label zijn gebruikt. (als voorbeeld: zie bijlage)
In het voorbeeld van de bijlage is een groene kleur het 'test' DNA en de rode kleur het 'controle' DNA. Blauw betekend dat het 'test' en 'controle' DNA er allebei binden.
Bij een rode kleur bindt er dus alleen het 'controle' DNA omdat dit gedeelte niet aanwezig is in het 'test' DNA.
Terwijl bij de groene kleur het 'test' DNA wel aanwezig is maar het 'controle' DNA niet of het 'test' DNA is meer aanwezig dan het 'controle' DNA. Bij een blauwe kleur bindt het test en controle DNA allebei waardoor dus de blauwe kleur ontstaat.
(corrigeer me aub als ik hierin iets fout heb gezegd)
Ik snap niet hoe het Test chromosoom en het controle genoom tegelijkertijd aan 1 ander chromosoom kan binden. In dacht namelijk dat er maar een chromosoom tegelijk aan een ander kan binden ( als het tweede chromosoom aan het eerste bindt, dan kan het derde chromosoom toch niet nog eens aan het eerste binden want het tweede chromosoom zit in de weg).
Ik snap wat ze uiteindelijk willen bereiken, uiteindelijk willen ze in een chromosoom/chromosomen kunnen zien welk gedeelte van het 'test' en 'controle' DNA in welke deel van het 'normale' chromosoom bindt. Dit kunnen ze dan zien aan de kleuren die als label zijn gebruikt. (als voorbeeld: zie bijlage)
- cgh_results.JPG (23.53 KiB) 505 keer bekeken
Bij een rode kleur bindt er dus alleen het 'controle' DNA omdat dit gedeelte niet aanwezig is in het 'test' DNA.
Terwijl bij de groene kleur het 'test' DNA wel aanwezig is maar het 'controle' DNA niet of het 'test' DNA is meer aanwezig dan het 'controle' DNA. Bij een blauwe kleur bindt het test en controle DNA allebei waardoor dus de blauwe kleur ontstaat.
(corrigeer me aub als ik hierin iets fout heb gezegd)
Ik snap niet hoe het Test chromosoom en het controle genoom tegelijkertijd aan 1 ander chromosoom kan binden. In dacht namelijk dat er maar een chromosoom tegelijk aan een ander kan binden ( als het tweede chromosoom aan het eerste bindt, dan kan het derde chromosoom toch niet nog eens aan het eerste binden want het tweede chromosoom zit in de weg).
-
- Berichten: 339
Re: Comparative genome hybridization (cgh)
* Zowel het test-DNA als het controle-DNA wordt eerst in kleine stukjes gehakt. Inderdaad verwacht je dat er maar 1 stukje tegelijk bindt aan 1 chromosoom. In dat geval mengen de kleuren, doordat de verschillende kleuren zo dicht bij elkaar zitten (behalve als 1 van beide kleuren in overmaat aanwezig is).
* Jouw voorbeeld gebruikt inderdaad chromosomen. Maar tegenwoordig worden vaak 'array's' gebruikt. In dat geval wordt een klein stukje DNA op bepaalde plek op de plaat vast gezet. Bij een array kunnen wel meerdere DNA-stukken op dezelfde plaats binden.
* Jouw voorbeeld gebruikt inderdaad chromosomen. Maar tegenwoordig worden vaak 'array's' gebruikt. In dat geval wordt een klein stukje DNA op bepaalde plek op de plaat vast gezet. Bij een array kunnen wel meerdere DNA-stukken op dezelfde plaats binden.
-
- Berichten: 9
Re: Comparative genome hybridization (cgh)
Oke nu snap ik het,
Ik wist niet dat het test en controle DNA eerst nog geknipt werden, dacht namelijk dat ze ongeknipt controle en test DNA wilden later hybridiseren. Maar daar zat ik dus fout.
harstikke bedankt ^^
Ik wist niet dat het test en controle DNA eerst nog geknipt werden, dacht namelijk dat ze ongeknipt controle en test DNA wilden later hybridiseren. Maar daar zat ik dus fout.
harstikke bedankt ^^
