Springen naar inhoud

conformatie RNA veranderen


  • Log in om te kunnen reageren

#1


  • Gast

Geplaatst op 21 mei 2005 - 21:45

Hey,

Wie kan mij vertellen hoe is de conformatie van RNA kan veranderen. Ik heb een RNA tag ingebouwd in een RNA molecuul. Alleen de tag heeft waarschijnlijk een verkeerde conformatie. Hoe kan ik dit verhelpen???

Zelf dacht ik aan verhitten van het RNA: Maar hoe lang moet dat dan?? en hoe snel moet ik afkoelen? En hoe heet moet het RNA worden??

alvast bedankt

groetjes Liski

Dit forum kan gratis blijven vanwege banners als deze. Door te registeren zal de onderstaande banner overigens verdwijnen.

#2

Bas

    Bas


  • >250 berichten
  • 824 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 21 mei 2005 - 22:36

Verhitting is een goede eerste stap om uit te proberen. Ik denk dat een graad of 80, hooguit 90 voldoende moet zijn. Niet te lang, varieer bijvoorbeeld van een minuut tot enkele minuten. Afkoelen zou ik ook variŽren, van snel tot langzaam en dan kijken wat het beste werkt. Deze stappen kun je prima uitvoeren op een PCR-apparaat, als je tenminste niet met grote hoeveelheden werkt.
Ik wou dat ik een elektron was, dan kon ik altijd paren

#3

BioLog

    BioLog


  • >100 berichten
  • 116 berichten
  • Ervaren gebruiker

Geplaatst op 23 mei 2005 - 18:50

Het is tamelijk eenvoudig om een vouwstructuur te voorspellen met een online-tool. KineFold is een hele mooie. Deze tool kan zelfs eenvoudige tertiaire structuren voorspellen. Zie onderstaande link:

http://kinefold.curie.fr/

Zet je RNA zonder en met tag tegen elkaar uit en correleer deze met je verwachtingen. Op deze wijze kun je je onvoorziene RNA conformatie bestuderen.
Je kunt je RNA ook bij een lagere temperatuur uitsmelten. 70 graden is meer dan voldoende. Om na uitsmelten je RNA lineair te behouden, dien je direct op ijswater te koelen.
Om je smelttemperatuur te bepalen verwijs ik wederom naar JineFold, deze geeft na berekening een aantal waarden waaronder Tm.

Ook te gebruiken:
http://www.bioinfo.r.../mfold/old/rna/
BioLog.nl Life Sciences and BioNews

#4

Holkers

    Holkers


  • >25 berichten
  • 27 berichten
  • Gebruiker

Geplaatst op 31 mei 2005 - 20:15

Als je de conformatie wil bekijken is je tag niet goed gekozen. Dus met behulp van de bovenstaande programma's een tag ontwerpen die aantoonbaar is zonder dat het de conformatie veranderd





0 gebruiker(s) lezen dit onderwerp

0 leden, 0 bezoekers, 0 anonieme gebruikers

Ook adverteren op onze website? Lees hier meer!

Gesponsorde vacatures

Vacatures