conformatie RNA veranderen

Anonymous

Hey,

Wie kan mij vertellen hoe is de conformatie van RNA kan veranderen. Ik heb een RNA tag ingebouwd in een RNA molecuul. Alleen de tag heeft waarschijnlijk een verkeerde conformatie. Hoe kan ik dit verhelpen???

Zelf dacht ik aan verhitten van het RNA: Maar hoe lang moet dat dan?? en hoe snel moet ik afkoelen? En hoe heet moet het RNA worden??

alvast bedankt

groetjes Liski

Bas

Verhitting is een goede eerste stap om uit te proberen. Ik denk dat een graad of 80, hooguit 90 voldoende moet zijn. Niet te lang, varieer bijvoorbeeld van een minuut tot enkele minuten. Afkoelen zou ik ook variëren, van snel tot langzaam en dan kijken wat het beste werkt. Deze stappen kun je prima uitvoeren op een PCR-apparaat, als je tenminste niet met grote hoeveelheden werkt.

BioLog

Het is tamelijk eenvoudig om een vouwstructuur te voorspellen met een online-tool. KineFold is een hele mooie. Deze tool kan zelfs eenvoudige tertiaire structuren voorspellen. Zie onderstaande link:

http://kinefold.curie.fr/

Zet je RNA zonder en met tag tegen elkaar uit en correleer deze met je verwachtingen. Op deze wijze kun je je onvoorziene RNA conformatie bestuderen.

Je kunt je RNA ook bij een lagere temperatuur uitsmelten. 70 graden is meer dan voldoende. Om na uitsmelten je RNA lineair te behouden, dien je direct op ijswater te koelen.

Om je smelttemperatuur te bepalen verwijs ik wederom naar JineFold, deze geeft na berekening een aantal waarden waaronder Tm.

Ook te gebruiken:

http://www.bioinfo.rpi.edu/applications/mfold/old/rna/

Holkers

Als je de conformatie wil bekijken is je tag niet goed gekozen. Dus met behulp van de bovenstaande programma's een tag ontwerpen die aantoonbaar is zonder dat het de conformatie veranderd

Wetenschapsforum

Laatste berichten

Nieuwsberichten

conformatie RNA veranderen

conformatie RNA veranderen

Re: conformatie RNA veranderen

Re: conformatie RNA veranderen

Re: conformatie RNA veranderen