Orientatie van strengen in gen database opties

[student1050]

op de onderstaand site vindt men genomen en genen gegroepeerd in een databank.
Als men een gen aanklikt krijgt men een sequentie van het DNA van een van de strengen.
Bij het bekijken van een genoom vindt men vaak zelfs beide strengen terug in de database.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

met sequentie zal ik hieronder bedoelen: welke en de volgorde van de nucleotiden in een bepaalt stuk DNA(streng).

Mijn vragen zijn bij deze databank zijn:
*als men een gen opzoekt en men één streng geeft, de welke is dit dan, de 5' 3' streng (ik denk dat het deze is) of de complementaire 3' 5' streng.
(is dit steeds dezelfde streng in de database of hangt dit af van gen tot gen)

*bij de "grafische weergave van een genoom" (bvg. van E. Coli) geeft men beide stengen, welke streng (5' 3' en 3' 5') wordt bovenaan gegeven en welke onderaan?

*Men spreekt soms als men een gen in zo een genoom opzoekt van "gen X (bvb. LacZ), van ... bp tot ... bp, negatief".
Waar slaat deze negatief (of positief bij bepaalde andere genen) op.
(Verwijst dit naar de 5' 3' streng en 3' 5' of iets anders.)?

*Als men een gen opzoekt en men geeft één streng, en men zoekt bij de beschrijving van dat gen.
Dan staat er soms, "complement ... bp tot ... bp", de baseparen slaan op de positie van het gen in de gegeven sequentie. Maar waar slaag die complement op? Wil dit zeggen dat het gen wordt afgeschreven van de complementaire sequentie als van de sequentie die men geeft in de database (en je dus zelf het complement van de gegeven sequentie moet maken om de afgeschreven streng DNA te bekomen). Of wil dit zeggen dat de sequentie die men geeft voor dat gen reeds de complementaire sequentie is (die jij wil hebben om de afgeschreven sequentie te weten)?

Ik heb de info nodig om primers voor bepaalde genen in de database to maken ("theoretische" primers, dus met veel factoren die in de praktijk wel belangrijk zijn (melt temperature/totaal G-C gehalte/...) moet ik in mijn opdracht geen rekening houden, ik gebruik dan ook geen computerprogramma om de primers te maken)

Alvast bedankt voor de hulp.

[Wouter_Masselink]

Je klikt door de chromosomen heen, dit zou ik je niet aanraden. Als je simpelweg in de nucleotide database zoekt naar je gen van interesse dan zal je uiteindelijk een sequentie vinden.

Let wel op of je met genomisch DNA, RNA of cDNA te maken hebt. De strand die dan staat weergegeven is 5'-3'.
Als je primers moet hebben om een bijvoorbeeld een humaan gen in een vector te plaatsen, dan zal je specifiek naar het cDNA moeten kijken.