P-waarde berekenen

Moderators: ArcherBarry, Fuzzwood

Reageer
Berichten: 9

P-waarde berekenen

Beste mensen!

Ik ben bezig met een artikel te analyseren en ze beginnen te spreken over een berekende P-waarde, alleen weet ik niet hoe ze deze hebben berekend uit de volgende waardes:

IGF-I (ng/ml) 26 (= n) 369.9(=gemiddelde) 113.2 (+/- SD) 183.4 (medium) 386.3 (median) 637.8 (maximum)

De berekende P-waarde is 0,0051

Alvast bedankt ;)

Re: P-waarde berekenen

dat soort P-waarden betekent dat er een parametrische toets is losgelaten op de gevonden waarden van gemiddelde en standaardafwijking. Welke toets, dat hoort ofwel volgens conventie bekend te zijn, ofwel duidelijk te zijn uit de aard van de berekende waarde, ofwel genoemd te worden bij het geven van de P-waarde.

Berichten: 9

Re: P-waarde berekenen

dat soort P-waarden betekent dat er een parametrische toets is losgelaten op de gevonden waarden van gemiddelde en standaardafwijking. Welke toets, dat hoort ofwel volgens conventie bekend te zijn, ofwel duidelijk te zijn uit de aard van de berekende waarde, ofwel genoemd te worden bij het geven van de P-waarde.


Geachte dat is nu juist mijn probleem! Van alle andere gegevens zeggen ze dat het niet-significant is maar ze geven er geen P-waardes bij. Nu moeten wij van die andere ook P-waardes berekenen, maar ik weet echt niet hoe dit gaat. De andere metingen zijn ook allemaal gegeven zoals in mijn voorbeeld...

Re: P-waarde berekenen

OK, tenzij iemand met ervaring in deze materie inspringt, zal ik proberen het samen met je uit te vinden, want zoveel toetsen zijn er nou ook weer niet. Bovendien ben ik ook altijd benieuwd geweest waarom deze P-waarden worden gegeven zonder te zeggen hoe ze zijn berekend.

Ik weet niet wat een IGF-waarde is, maar ik denk dat dat niet helemaal van belang is. Je krijgt enkele kengetallen en die kan ik invoeren in mijn TI-84 om mee te toetsen, misschbien heb jij ook zoiets. Ik moet alleen zien uit te vinden welke toets het is (kwestie van proberen) en hoeveel extra gegevens je dan nodig hebt.

Berichten: 9

Re: P-waarde berekenen

bessie schreef:OK, tenzij iemand met ervaring in deze materie inspringt, zal ik proberen het samen met je uit te vinden, want zoveel toetsen zijn er nou ook weer niet. Bovendien ben ik ook altijd benieuwd geweest waarom deze P-waarden worden gegeven zonder te zeggen hoe ze zijn berekend.

Ik weet niet wat een IGF-waarde is, maar ik denk dat dat niet helemaal van belang is. Je krijgt enkele kengetallen en die kan ik invoeren in mijn TI-84 om mee te toetsen, misschbien heb jij ook zoiets. Ik moet alleen zien uit te vinden welke toets het is (kwestie van proberen) en hoeveel extra gegevens je dan nodig hebt.
en als je gewoon een t-test toepast? Dan neem

je de mediaan als x en trek je van het gemiddelde die x af, deel je het door SD en verm je dit met de wortel van n...

Berichten: 1.116

Re: P-waarde berekenen

IGF1-waarde is Insulin-like Growth Factor 1. Het wordt in de medische wereld gebruikt voor onderzoek naar hoe veel groeihormoon je aanmaakt (dus voor groeistoornissen als acromegalie of groeihormoondeficiëntie), omdat het een veel lagere halfwaardetijd heeft dan groeihormoon zelf en de aanmaak er van door groeihormoon wordt gestimuleerd. Maar in zoverre het verhaal over IGF1.

TS: Als het mogelijk is kun je beter de volgende keer ook even de link naar het artikel meeposten.
en als je gewoon een t-test toepast?
De T-test is voor normaal verdeelde populaties en daarbij gaat het om het gemiddelde. Niet om de mediaan (die is enkel voor niet-normaal verdeelde populaties). Vrijwel biologische meetwaarden zijn normaal verdeeld, tenminste als het gaat om meetwaarden op interval- of rationiveau. Alleen kun je hebben dat dit niet het geval is wanneer je steekproef te klein is (n van 26 is niet zo heel groot).
IGF-I (ng/ml) 26 (= n) 369.9(=gemiddelde) 113.2 (+/- SD) 183.4 (medium) 386.3 (median) 637.8 (maximum)
Ik vraag me af of we hier iets zinnigs mee kunnen. Gezien het feit dat ze hier een standaarddeviatie neerzetten, lijkt het mij dat men uitgaat van een normaal-verdeelde steekproef. Alleen vraag ik me af wat wij met die andere waarden dan moeten. `Medium` ken ik niet als term in de statistiek. Ik ken enkel `minimum`, `mediaan` en `maximum`, met daarbij nog evt. de waarden van de 25e en 75e percentiel.

Ik vermoed dat men de P-waarde heeft verkregen uit de T-toets, Chi-kwadraattoets of Wilcoxon-toets heeft. Maar het is nog een beetje gokken, gezien ik totaal niet weet hoe het er uitziet. Overigens gaat het normaal om twee groepen met waarden. Nu hebben we hier maar één groep. Ze hebben het in elk geval niet enkel met die waarden die jij weergeeft berekend. Wellicht hebben ze het afgezet tegen de normaalwaarden of een controlegroep?

Berichten: 9

Re: P-waarde berekenen

JWvdVeer schreef:IGF1-waarde is Insulin-like Growth Factor 1. Het wordt in de medische wereld gebruikt voor onderzoek naar hoe veel groeihormoon je aanmaakt (dus voor groeistoornissen als acromegalie of groeihormoondeficiëntie), omdat het een veel lagere halfwaardetijd heeft dan groeihormoon zelf en de aanmaak er van door groeihormoon wordt gestimuleerd. Maar in zoverre het verhaal over IGF1.

TS: Als het mogelijk is kun je beter de volgende keer ook even de link naar het artikel meeposten.

De T-test is voor normaal verdeelde populaties en daarbij gaat het om het gemiddelde. Niet om de mediaan (die is enkel voor niet-normaal verdeelde populaties). Vrijwel biologische meetwaarden zijn normaal verdeeld, tenminste als het gaat om meetwaarden op interval- of rationiveau. Alleen kun je hebben dat dit niet het geval is wanneer je steekproef te klein is (n van 26 is niet zo heel groot).

Ik vraag me af of we hier iets zinnigs mee kunnen. Gezien het feit dat ze hier een standaarddeviatie neerzetten, lijkt het mij dat men uitgaat van een normaal-verdeelde steekproef. Alleen vraag ik me af wat wij met die andere waarden dan moeten. `Medium` ken ik niet als term in de statistiek. Ik ken enkel `minimum`, `mediaan` en `maximum`, met daarbij nog evt. de waarden van de 25e en 75e percentiel.

Ik vermoed dat men de P-waarde heeft verkregen uit de T-toets, Chi-kwadraattoets of Wilcoxon-toets heeft. Maar het is nog een beetje gokken, gezien ik totaal niet weet hoe het er uitziet. Overigens gaat het normaal om twee groepen met waarden. Nu hebben we hier maar één groep. Ze hebben het in elk geval niet enkel met die waarden die jij weergeeft berekend. Wellicht hebben ze het afgezet tegen de normaalwaarden of een controlegroep?
Hej iedereen!

De pest is is dat het een betaald artikel is en dat ik de PDF niet kan uploaden (is te groot!).

Berichten: 1.116

Re: P-waarde berekenen

De pest is is dat het een betaald artikel is en dat ik de PDF niet kan uploaden (is te groot!).
Maak je een screendump van de desbetreffende pagina? Of je post de titel van het artikel hier, zodat we zelf evt. op pubmed of uptodate op kunnen zoeken?

Berichten: 9

Re: P-waarde berekenen

Maak je een screendump van de desbetreffende pagina? Of je post de titel van het artikel hier, zodat we zelf evt. op pubmed of uptodate op kunnen zoeken?
De titel is: Predictor of Calcium Retention in Adolescent Boys

Auteur(s): K.Hill et al.

Berichten: 339

Re: P-waarde berekenen

http://jcem.endojournals.org/cgi/content/full/93/12/4743
The fitted nonlinear model for predicting Ca retention from dietary intake in boys (6) is shown in Fig. 1Go. Ca intake explained 21.7% (P = 0.0022) of the variation in Ca retention. Based on an examination of residual plots, serum IGF-I, IGFBP3, and testosterone were identified as candidate predictors for inclusion in the model. IGF-I was the best predictor and explained an additional 11.5% (P = 0.0051) of the variation. With IGF-I in the model, neither IGFBP3 nor testosterone was statistically significant.
Ik denk dat de p-waarde berekend wordt op basis van de R2. Oftewel: wat is de correlatie tussen Calcium-retentie (na correctie voor calcium intake) en IGF-1 concentratie. Lijkt me niet zo makkelijk na te rekenen.

Berichten: 9

Re: P-waarde berekenen

Gesp schreef:http://jcem.endojournals.org/cgi/content/full/93/12/4743

Ik denk dat de p-waarde berekend wordt op basis van de R2. Oftewel: wat is de correlatie tussen Calcium-retentie (na correctie voor calcium intake) en IGF-1 concentratie. Lijkt me niet zo makkelijk na te rekenen.


hmmm das rot:( ik heb de rest berekend met een t-test... Ook de igf-1 waarde en daar kwam ik een miniem verschil uit....

Berichten: 1.116

Re: P-waarde berekenen

hmmm das rot:( ik heb de rest berekend met een t-test... Ook de igf-1 waarde en daar kwam ik een miniem verschil uit....
Het voordeel voor je is dat r en t een verband met elkaar hebben dat wordt beschreven met de formule:
\(t = \frac{r}{\sqrt{\frac{1-r^2}{n-2}}}\)
. Hij is niet helemaal exact, maar meestal kom je er wel een heel eind mee weg. Zie ook wikipedia.

Reageer