Primer
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 320
Re: Primer
Primers voor welke procedure? kun je wat meer situering geven over waar je de primers gebruikt of nodig hebt?
Om dit stukje DNA:
5'- ACTGACTGACTAGCGTAGCTACGGCTAGCTAGCTAG- 3'
3'- TGACTGACTGATCGCATCGATGCCGATCGATCGATC- 5'
te repliceren heb je 2 primers nodig, één voor elke enkelstreng complementair met een uiteinde van de enkelstreng maar wel in de juiste richting! DNA polymerase synthetiseert de complementaire streng altijd van 5' naar 3' en "leest"de template streng dus van 3' naar 5'.
Voor bovenste enkelstreng
5'- ACTGACTGACTAGCGTAGCTACGGCTAGCTAGCTAG- 3'
heb je volgende primer nodig (minsten ongeveer 10 nucleotiden lang):
3' -TAGCTAGCTAG- 5' ( de juiste notatie voor DNA sequenties is normaal van 5' naar 3' maar hier even niet voor de duidelijkheid)
om volgend construct te hebben
5'- ACTGACTGACTAGCGTAGCTACGGCTAGCTAGCTAG- 3'
___________________________3' -TCGATCGATC- 5'
die kan gerepliceerd worden door DNA polymerase in de 5' => 3' richting
Voor de onderste enkelstreng
3'- TGACTGACTGATCGCATCGATGCCGATCGATCGATC- 5'
heb je een tweede primer nodig
5' -ACTGACTGAC- 3'
om volgend construct te hebben
5' -ACTGACTGAC- 3'___________________________
3'- TGACTGACTGATCGCATCGATGCCGATCGATCGATC- 5'
die kan gerepliceerd worden door DNA polymerase in de 5' => 3' richting
Om vooraf te weten welke primers je nodig hebt om een bepaald DNA fragment te repliceren moet je de sequentie kennen van dat stukje, alhoewel random primers ook gebruikt worden in sommige analyses.
Om achteraf te weten welke primers gebruikt werden moet je dus de sequentie van de verkregen DNA sequenties weten
Om dit stukje DNA:
5'- ACTGACTGACTAGCGTAGCTACGGCTAGCTAGCTAG- 3'
3'- TGACTGACTGATCGCATCGATGCCGATCGATCGATC- 5'
te repliceren heb je 2 primers nodig, één voor elke enkelstreng complementair met een uiteinde van de enkelstreng maar wel in de juiste richting! DNA polymerase synthetiseert de complementaire streng altijd van 5' naar 3' en "leest"de template streng dus van 3' naar 5'.
Voor bovenste enkelstreng
5'- ACTGACTGACTAGCGTAGCTACGGCTAGCTAGCTAG- 3'
heb je volgende primer nodig (minsten ongeveer 10 nucleotiden lang):
3' -TAGCTAGCTAG- 5' ( de juiste notatie voor DNA sequenties is normaal van 5' naar 3' maar hier even niet voor de duidelijkheid)
om volgend construct te hebben
5'- ACTGACTGACTAGCGTAGCTACGGCTAGCTAGCTAG- 3'
___________________________3' -TCGATCGATC- 5'
die kan gerepliceerd worden door DNA polymerase in de 5' => 3' richting
Voor de onderste enkelstreng
3'- TGACTGACTGATCGCATCGATGCCGATCGATCGATC- 5'
heb je een tweede primer nodig
5' -ACTGACTGAC- 3'
om volgend construct te hebben
5' -ACTGACTGAC- 3'___________________________
3'- TGACTGACTGATCGCATCGATGCCGATCGATCGATC- 5'
die kan gerepliceerd worden door DNA polymerase in de 5' => 3' richting
Om vooraf te weten welke primers je nodig hebt om een bepaald DNA fragment te repliceren moet je de sequentie kennen van dat stukje, alhoewel random primers ook gebruikt worden in sommige analyses.
Om achteraf te weten welke primers gebruikt werden moet je dus de sequentie van de verkregen DNA sequenties weten
-
- Berichten: 1
Re: Primer
Dit heb ik mij al dikwijls afgevraagd. Vooraleer een geschikte primer kan worden gemaakt, moet de onderzoeker weten welke sequentie er dient gezocht te worden. Hoe wordt de te zoeken sequentie bepaald? Als men dit eenmaal weet, hoe wordt dan een primer gemaakt. Ik kan mij moeilijk voorstellen dat alle ingrediënten worden gemengd op hoop van zegen. Hoe bepaalt men hierbij trouwens de juiste 5' - 3' richting?Sjitty schreef: ↑za 02 apr 2011, 23:29
Om vooraf te weten welke primers je nodig hebt om een bepaald DNA fragment te repliceren moet je de sequentie kennen van dat stukje, alhoewel random primers ook gebruikt worden in sommige analyses.
- Berichten: 4.220
Re: Primer
Primers voor PCR neem ik aan? De synthese kan je gewoon vinden op bijvoorbeeld wiki
Het ontwerpen van een primer kan op bijvoorbeeld ncbi
Het ontwerpen van een primer kan op bijvoorbeeld ncbi
Of course, the theory of relativity only works if you're going west.
-Calvin-
-Calvin-