Clusteren microbiële genen

Moderator: ArcherBarry

Reageer
Berichten: 6

Clusteren microbi

Hoi,

Ik ben een student bio-ingenieurswetenschappen en ik zit met een technisch probleem. In onze les bio-informatica hebben we een sequencing experiment uitgevoerd (nuja, de data gekregen) om het effect van polyfenolen op microbiële flora te bepalen.

Na mapping en statistiek heb ik nu enkele lijstjes van genen die differentieel geëxpresseerd zijn in bepaalde behandelingen (bv. vlak na toediening polyfenolen). Die lijstjes zijn zo'n honderd tot duizend accession numbers (bv K00248) lang. Als ik er een paar op ncbi opzoek kom ik logische dingen uit.

Nu zoek ik een goede browser waar ik mijn lijstjes kan ingeven zodat ik terug krijg welke GO's of pathways overgerepresenteerd zijn. Probleem is dat ik er enkel vind voor ofwel genen van de modelorganismen ofwel voor maar één organisme tergelijkertijd. Weet iemand een manier hoe ik de functies van mijn lijstjes kan vinden op een of andere automatische manier?

Bedankt!

Michiel

Gebruikersavatar
Berichten: 8.557

Re: Clusteren microbi

"Meep meep meep." Beaker

Reageer