eiwitten

Moderator: ArcherBarry

Reageer
Berichten: 14

eiwitten

ik ben op zoek naar de verschillende eiwit samenstellingen.

een voorbeeld myoglobulin, dit is een eiwit, maar er moet toch bekend zijn welke aminozuren dit eiwit vormen?

ik ben al 2 dagen fulltime aan het zoeken en heb alleen insuline gevonden in Strayer.

wie helpt mij aan een leuke website?

:)

Berichten: 1.153

Re: eiwitten

je hebt verschillende databasen op het web die je de sequencen van eiwitten vertellen.

Twee daarvan zijn:

expasy: vul in het zoekveld je eiwit (engelse naam) in

je krijgt een lijst met alles waar de naam in voor komt. Zoek dan het juiste organisme (voor myoglobin, meestal "horse heart"). Klik en je bent er.

Een verder handleinding vind je on-line bij de link die hierboven staat.

entrez Pubmed vul in het zoekveld je eiwit in, zeg dat je een protein zoekt (via dat tab blaadje)

Verder heb je Profound, Mascot...er is genoeg te vinden als je weet waar te zoeken.

Gebruikersavatar
Berichten: 6.314

Re: eiwitten

Misschien dat het een handig idee is om een lijstje van deze websites over te nemen in onze weblinks? Heeft iemand toevallig een uitgebreide lijst van deze sites?
You can't possibly be a scientist if you mind people thinking that you're a fool. (Douglas Adams)

Berichten: 1.153

Re: eiwitten

nou deze twee kan je zeker neerzetten.

Verder worden dit soort wewbsites veel gebruikt in de "proteomics"

Dan heb je bv. een digestie uitgevoerd en bepaald met LC-MS/MS en vult je gevonden massa's (van de gevormde peptiden) en sequencen in. Deze websites geven dan de mogelijke eiwitten. Helaas moet je vaak voor deze websites een soort licentie hebben, anders zie je door de bomen het bos niet meer. (er staan nu ongeveer 15000000 sequencen en die wil je echt niet allemaal doorzoeken) Door een licentie verklein je de zoekvelden. bv. je koopt een licentie "mamals" of "bacteria"

kortom. met deze twee links vind je de eiwitten, maar wil je meer dan heb je andere websites nodig.

Gebruikersavatar
Berichten: 6.853

Re: eiwitten

Het "Sequence Retrieval System" (SRS) van Thure Etzold (een oud collega van me) is een web-applicatie die een heel netwerk aan databanken aan elkaar koppelt. Dat gaat om eiwitvolgordes, DNA segmenten, 3D structuren, en van alles ertussenin.

Zie bijvoorbeeld:

http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?...rsq2+-noSession

Reageer