Hallo,
welke invloed heeft SDS op een eiwitoplossing. Ik weet dat het SDS zorgt voor de strekking van mijn eiwit (denaturatie), het zorgt voor een uniforme negatieve lading doordat het zich aan een eiwit hecht.
Zijn er nog andere zaken waarvoor men SDS gebruikt? Kan het soms leiden tot de afbraak van eiwitten of het dikker maken van een oplossing?
Laatste berichten
-
22:54
Herleiden afmetingen vanaf een foto 12
-
18:53
Ik wil studeren via afstandsonderwijs, kennen jullie Tech?
-
18:09
Rotatie van het heelal 32
-
17:19
Ervaringen met "herontdekkingen" 12
-
18 apr
hall effect in vloeistof gebruiken als stromingssensor 6
-
18 apr
Gezocht: de/een naam voor een getallenrij met een cauchyrij als partieelsommenrij
-
18 apr
Casus uit de praktijk: positief test THC 18
-
17 apr
speciale rel. theorie 4
-
17 apr
Vreemde stank in huis 11
-
17 apr
3 vragen over mijn rooskleurige r.berekening H2netGekoppeldeHBrflowbatterij.
-
17 apr
Interpretatie reactie-energie 3
-
17 apr
Logistic equation (Pierre Verhulst,Belgian Mathematician) 5
-
16 apr
vB 9
-
15 apr
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 1
-
15 apr
Python: sockets sluiten 4
-
14 apr
Een eenvoudige logische redenering waarom tijd niet kan bestaan 'daarbuiten' 6
-
14 apr
Hoe kun je op quantumwijze getallen vinden in een rij die kleiner zijn dan getal k 3
-
13 apr
Documentenverdwijnen uit onedrive 1
-
12 apr
Behoud van impulsmoment en energie 5
-
12 apr
INLOG STORING / TIPS 4
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
SDS
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 125
Re: SDS
"SDS, oftwel natriumdodecylsulfaat, denatureert eiwitten en maakt deze uniform negatief zodat alle eiwitten opbasis van lading te scheiden zijn in gelelectroforese. (hiervoor wordt er ook 2mercaptoethanol toegevoegd om zwvelbruggen te reduceren.)"
Hier moet ik als 2D elektroforese expert wel even op reageren, want dit is wel een beetje snel door de bocht.
SDS bindt inderdaad aan eiwitten, en wel zodanig dat alle eiwitten netto negatief geladen zijn. SDS-eiwit complexen worden gevormd in een verhouding van ongeveer 1.4 g SDS per gram protein. De scheiding die vervolgens in SDS-PAGE plaatsvindt, kan dus niet meer op basis van lading plaatsvinden. Dat gebeurt immers in de eerste dimensie tijdens de isoelektro fokussering (IEF), waar juist absoluut geen SDS of ander geladen detergens aanwezig mag zijn. Tijdens IEF is dan ook meestal CHAPS of NP-40 als detergens aanwezig. Door aanwezigheid van SDS speelt de intrinsieke lading van het eiwit geen rol meer, en vindt de scheiding van eiwitten juist op relatieve grootte plaats. DTT of 2-mercaptoethanol wordt inderdaad nog toegevoegd om de disulfide bruggen te verbreken.
Sjouke
Hier moet ik als 2D elektroforese expert wel even op reageren, want dit is wel een beetje snel door de bocht.
SDS bindt inderdaad aan eiwitten, en wel zodanig dat alle eiwitten netto negatief geladen zijn. SDS-eiwit complexen worden gevormd in een verhouding van ongeveer 1.4 g SDS per gram protein. De scheiding die vervolgens in SDS-PAGE plaatsvindt, kan dus niet meer op basis van lading plaatsvinden. Dat gebeurt immers in de eerste dimensie tijdens de isoelektro fokussering (IEF), waar juist absoluut geen SDS of ander geladen detergens aanwezig mag zijn. Tijdens IEF is dan ook meestal CHAPS of NP-40 als detergens aanwezig. Door aanwezigheid van SDS speelt de intrinsieke lading van het eiwit geen rol meer, en vindt de scheiding van eiwitten juist op relatieve grootte plaats. DTT of 2-mercaptoethanol wordt inderdaad nog toegevoegd om de disulfide bruggen te verbreken.
Sjouke
-
- Berichten: 704
Re: SDS
dus de hoeveelheid negatieve lading maakt niet uit ? (Ja het is een uiteindelijk een scheiding op grootte, maar je scheidt eigenlijk op basis van een grotere negatieve lading (die wordt beter aangetrokken door de pluspool). Ook als eiwitten eenzelfde lading maar een andere grootte hebben zal het grrotste molecuul langzamer gaan vanwege de hogere weerstand in de gel.)
Ik ben het daarom ook niet helemaal eens met de term scheiding op basis van grootte want een groter molecuul met een grotere negatieve lading kan evenver komen als een klein molecuul met nauwelijks negatieve lading.
Ik ben het daarom ook niet helemaal eens met de term scheiding op basis van grootte want een groter molecuul met een grotere negatieve lading kan evenver komen als een klein molecuul met nauwelijks negatieve lading.
-
- Berichten: 125
Re: SDS
SDS electroforese is geintroduceerd door Shapiro (BBRC 28 (1967) 815-822. Scheiding vindt uitsluitend plaats op grond van molecuul gewicht. Door toevoegn van het anionische detergent SDS wordt de lading van de individuele eiwitten zodanig gemaskeerd, dat dit resulteert in anionische micellen met een constante netto lading per massa eenheid (met resultaat 1.4 g SDS per g protein). Daarnaast worden tertiatire and secundaire structuren verbroken (verbreken van waterstof bruggen en ontvouwen van het eiwit).
Disulfide bindingen (tussen cysteine residuen) worden verbroken door een reducerend thiol reagens (zoals DTT, 2-mercaptoethanol). De SH groepen kunnen eventueel gealkyleerd worden om oxidatie tegen te gaan (iodoacetamide, vinylpyridine).
De ontvouwde aminozuur ketens, gebonden aan SDS, vormen "ellipsoiden". Tijdens elekroforese in polyacrylamide gels is er een lineair verband tussen de logarithme van het molecuul gewicht en de relatieve migratie afstand van de SDS-polypetide micelle.
Zie ook: R. Westermeier Electrophoresis in Practice (3rd Edition), Wiley VCH.
Sjouke
Disulfide bindingen (tussen cysteine residuen) worden verbroken door een reducerend thiol reagens (zoals DTT, 2-mercaptoethanol). De SH groepen kunnen eventueel gealkyleerd worden om oxidatie tegen te gaan (iodoacetamide, vinylpyridine).
De ontvouwde aminozuur ketens, gebonden aan SDS, vormen "ellipsoiden". Tijdens elekroforese in polyacrylamide gels is er een lineair verband tussen de logarithme van het molecuul gewicht en de relatieve migratie afstand van de SDS-polypetide micelle.
Zie ook: R. Westermeier Electrophoresis in Practice (3rd Edition), Wiley VCH.
Sjouke
-
- Berichten: 2.330
Re: SDS
Hallo sjouke,
Welkom op het chemieforum.
Ik las in de berichten dat je een specialist bent in 2D elektroforese.
Natuurlijk kunnen wij op het forum specialisten gebruiken.
Vooral op het gebied van de medische en biochemische onderwerpen hebben wij op het forum nog een beetje te weinig specifieke specialisten, omdat het zo'n breed gebied is.
Veel plezier op het forum.
MvG Ron
Welkom op het chemieforum.
Ik las in de berichten dat je een specialist bent in 2D elektroforese.
Natuurlijk kunnen wij op het forum specialisten gebruiken.
Vooral op het gebied van de medische en biochemische onderwerpen hebben wij op het forum nog een beetje te weinig specifieke specialisten, omdat het zo'n breed gebied is.
Veel plezier op het forum.
MvG Ron
-
- Berichten: 1.153
Re: SDS
sjouke is toch al een tijd lid hier? ik heb haar al eerder zien reageren!biochemiefreak schreef: Hallo sjouke,
Welkom op het chemieforum.
Ik las in de berichten dat je een specialist bent in 2D elektroforese.
Natuurlijk kunnen wij op het forum specialisten gebruiken.
Vooral op het gebied van de medische en biochemische onderwerpen hebben wij op het forum nog een beetje te weinig specifieke specialisten, omdat het zo'n breed gebied is.
Veel plezier op het forum.
MvG Ron
Maar toch hoe meer specialisten hoe beter!
