Hallo iedereen,
Ik moet een PCR uitvoeren van verschillende STR loci. Er werden telkens vier mogelijke printerparen voorgesteld. Hieronder heb ik enkel de gegevens gezet voor CD4.
Naar het schijnt zou
-de tm van left en right primer dicht bij elkaar moeten liggen
-gc% niet hoger dan 65 mogen zijn
-any (slaat op de zelfcomplementariteit vd primer) mag niet te hoog zijn
-3' mag ook niet te hoog zijn
(Ik heb echter geen idee van wat er met 'niet te hoog' wordt bedoeld)
(zijn er nog andere regels waar ik op moet letten?)
Kan iemand mij helpen het meest geschikte primerpaar te kiezen en argumenteren waarom het dat ene paar is, en waarom dan niet voor de drie overige primerparen gekozen werd?
primerA
No mispriming library specified
Using 1-based sequence positions
WARNING: Left primer is unacceptable: Tm too low/High self complementarity/Long poly-X
OLIGO ---------start --- len--- tm ------- gc% ----- any -- 3' ----- seq
LEFT PRIMER 12582 -- 20 -- 51.75 -- 30.00 -- 11.00 -- 3.00 -- ttttccagtctgaaaaaagt
RIGHT PRIMER 13073 -- 20 -- 59.99 -- 50.00 -- 4.00 -- 3.00 gttgcagtgagccaagatca
SEQUENCE SIZE: 13133
INCLUDED REGION SIZE: 13133
PRODUCT SIZE: 492, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
Primer B
No mispriming library specified
Using 1-based sequence positions
OLIGO ---------- start --- len --- tm ----- gc% ---- any --- 3' ------seq
LEFT PRIMER 12667 ---- 20 -- 59.98 --- 55.00 --- 4.00 --- 0.00 ---cttgagcccaggaagttgag
RIGHT PRIMER 12833 --- 19 --- 60.13 ---- 52.63 ---- 5.00 ---0.00 ----gttggagtcgcaagctgaa
SEQUENCE SIZE: 13133
INCLUDED REGION SIZE: 13133
PRODUCT SIZE: 167, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
Primer CNo mispriming library specified
Using 1-based sequence positions
OLIGO -------- start --- len ---- tm ------- gc% ----- any --- 3'------ seq
LEFT PRIMER 12734 ---- 25 --- 60.31---- 40.00 --- 5.00 --- 3.00 ---- gagtgagaacctgtcttgaaaagaa
RIGHT PRIMER 13073 --- 20 ---- 59.99 ---- 50.00 --- 4.00 ---- 3.00 ----gttgcagtgagccaagatca
SEQUENCE SIZE: 13133
INCLUDED REGION SIZE: 13133
PRODUCT SIZE: 340, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
Primer DNo mispriming library specified
Using 1-based sequence positions
OLIGO ------ start --- len ---- tm ---- gc% ------- any --- 3'------ seq
LEFT PRIMER 1752 --- 20 --- 59.86 --- 50.00 ---- 3.00 ---- 0.00 ----acccacctgtcaaccaaaag
RIGHT PRIMER 1938 --- 21 --- 60.07 --- 42.86 ---- 3.00 ---- 1.00 ---cacacaaatagcaaagcagca
SEQUENCE SIZE: 13133
INCLUDED REGION SIZE: 13133
PRODUCT SIZE: 187, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
Dank bij voorbaat
peggy
Laatste berichten
-
00:15
[scheikunde] Kan chloorgas de geleiding van elektriciteit belemmeren? 9
-
22:27
positie 1
-
21:15
Weerfrustratie 9
-
18:24
Schroefdraad berekening 5
-
18:08
geen minkowski-ruimte toch? Doe ik dit nou fout? 15
-
14:16
do-re-mi-fa-so vliegtuigen 7
-
14:16
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 3
-
13:57
De Euro Nederlandse 100 qubit computer komt eraan
-
10:42
projectiel 8
-
10:37
Verschil tussen deze 2 vragen 5
-
09:25
[scheikunde] berekeningen labo vitamine c bepaling 1
-
22 apr
[wiskunde] rode en witte ballen verdelen 8
-
22 apr
Rotatie van het heelal 41
-
22 apr
Muntje opgooien 14
-
21 apr
Reactiviteit silyl enol ethers 1
-
21 apr
Criterium voor vochtretentie
-
21 apr
speciale rel. theorie 5
-
21 apr
Vogels in de stad zijn goede klussers
-
21 apr
Ervaringen met "herontdekkingen" 15
-
20 apr
Herleiden afmetingen vanaf een foto 19
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
DNA
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 337
Re: DNA
Het laatste wat je wilt is dat je primers aan elkaar hybridseren op de 3' uiteinde, dit geeft namelijk grote kans op primer dimeren.
Zo op het eerste gezicht zou ik dus voor paar D gaan. Die heeft een complementariteitsscore van 0 op de 3' uiteinde en de laagste 'any' complementariteit. Dit zou dus inhouden dat dit de meest efficiente primers zijn.
Ik zou even zoeken op een Tm calculator, waarin je kunt zien wat je GC% is en of je smelttemperaturen dichter bij elkaar liggen dan bij de andere primers.
Zo op het eerste gezicht zou ik dus voor paar D gaan. Die heeft een complementariteitsscore van 0 op de 3' uiteinde en de laagste 'any' complementariteit. Dit zou dus inhouden dat dit de meest efficiente primers zijn.
Ik zou even zoeken op een Tm calculator, waarin je kunt zien wat je GC% is en of je smelttemperaturen dichter bij elkaar liggen dan bij de andere primers.
