Hallo iedereen! Ik zit met een probleem over primers. in een praktische oefening moeten we voor een PCR van een bepaalde sequentie bepalen welke van vier primerparen meest geschikt is. Ik weet al dat primerkeuze o.a. kan bepaald worden door:
- Tm, deze mag niet te veel verschillen bij forward en backward primer
- de complementariteit tussen de 2 primers en intern in de primers(hairpin) moet laag zijn
-de complementariteit aan de 3' uiteinden tussen de primers en intern in de primers moet laag zijn.
nu vroeg ik me een paar dingen af:
- Speelt de lengte van een primer ook een rol? Persoonlijk zou ik denken dat een langere primer beter was omdat hierbij misschien minder kans is op volledige complementariteit, maar is mijn redenering wel correct????
- ik vroeg me ook af of een primer mag overlappen met de sequentie die door PCR vermenigvuldigd moet worden. Ik denk dat dit helemaal niet mag, maar zeker ben ik er niet van.
- zijn er nog andere elementen die de primerkeuze bepalen en welke van alle elementen is eigenlijk het belangrijkste(want daarop moet ik mijn keuze baseren)?
Ik hoop dat iemand me kan helpen! alvast bedankt!
groetjes
stef.
Laatste berichten
-
19:16
hall effect in vloeistof gebruiken als stromingssensor 3
-
18:43
Ervaringen met "herontdekkingen" 5
-
17:59
Gezocht: de/een naam voor een getallenrij met een cauchyrij als partieelsommenrij
-
17:28
Casus uit de praktijk: positief test THC 18
-
23:58
speciale rel. theorie 4
-
17 apr
Vreemde stank in huis 11
-
17 apr
3 vragen over mijn rooskleurige r.berekening H2netGekoppeldeHBrflowbatterij.
-
17 apr
Interpretatie reactie-energie 3
-
17 apr
Logistic equation (Pierre Verhulst,Belgian Mathematician) 5
-
16 apr
vB 9
-
15 apr
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 1
-
15 apr
Python: sockets sluiten 4
-
14 apr
Een eenvoudige logische redenering waarom tijd niet kan bestaan 'daarbuiten' 6
-
14 apr
Hoe kun je op quantumwijze getallen vinden in een rij die kleiner zijn dan getal k 3
-
13 apr
Rotatie van het heelal 22
-
13 apr
Documentenverdwijnen uit onedrive 1
-
12 apr
Behoud van impulsmoment en energie 5
-
12 apr
INLOG STORING / TIPS 4
-
09 apr
[natuurkunde] systeemgrafen 1
-
05 apr
afbuiging licht rond zware objecten via grondbeginselen relativiteitstheorie 490
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
primerkeuze
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 152
Re: primerkeuze
Bedankt, er zijn me al een paar dingen duidelijk geworden. ik wist namelijk niet dat forward en backward primer op een andere van de twee strengen werken.
Maar toch blijf ik nog wel een beetje met mijn vraag zitten. Wat is er eigenlijk het beste, een lange of een korte primer en waarom?
groetjes
stef.
Maar toch blijf ik nog wel een beetje met mijn vraag zitten. Wat is er eigenlijk het beste, een lange of een korte primer en waarom?
groetjes
stef.
-
- Berichten: 152
Re: primerkeuze
Ik vraag me ook af of een primer de te amplificeren DNA-sequentie volledig moet omvatten of dat er tussen de sequentie en de primer nog een aantal nucleotiden mogen zitten.
groetjes
stef.
groetjes
stef.
-
- Berichten: 337
Re: primerkeuze
Het beste (meest specifiek en efficient) werken primers tussen de 18-28 nucleotiden. Als ze te kort zijn gaan ze aspecifiek hybridiseren op andere plekken (mispriming) en krijg je veel bijproducten. Als ze te lang zijn, is de kans op primer complementariteit erg groot (o.a. ook hairpin vorming) en neemt de efficientie af.
Om je laatste vraag te beantwoorden: dat hangt er vanaf wat je wilt. Als je een gen wilt kloneren moet je in ieder geval de coderende sequentie hebben (in-frame). Wanneer je wilt kwantificeren maakt het allemaal niet zoveel uit wat je doet.
Om je laatste vraag te beantwoorden: dat hangt er vanaf wat je wilt. Als je een gen wilt kloneren moet je in ieder geval de coderende sequentie hebben (in-frame). Wanneer je wilt kwantificeren maakt het allemaal niet zoveel uit wat je doet.
-
- Berichten: 2.330
Re: primerkeuze
Nog meer informatie over primers Ik denk dat het ook wel leuk is om deze topic te lezen overal wat betreft de verschillende soorten primers en hoe je het moet toepassen.
MvG Ron
MvG Ron
