DNA bij 100°C

Astridje85_CF

Tijdens mijn isolatie-procedure heb ik een stap waarbij ik mijn DNA-pellet na mijn ethanol-precipitatie droog 1 minuut bij 100°C; voorheen werd het pellet 15 minuten gedroogd in een vacuumcentrifuge.

Nu heb ik rare dingen op mijn gel, en vraag mij af of dit komt doordat deze stap vervangen is.

Kan het dus kwaad om je DNA pellet 1 minuut te drogen bij 100°C?

Raspoetin

Door zijn bijzonder grote lengte in vergelijking met ander belangrijke celcomponenten zoals enzymen is het DNA-molecuul erg stralingsgevoelig d.w.z. heeft een grote trefkans. Het molecuul betstaat gewoonlijk uit twee primaire ketens die zodanig om elkaar zijn gewonden dat ze een dubbele spiraal (zg. Helix) vormen. De ketens zijn door zwakke waterstofbruggen met elkaar verbonden. Door verhitting tot een temperatuur van 50 - 100 °C worden deze bruggen verbroken, waardoor de ruimtelijke structuur verloren gaat. Dit leidt tot denaturatie van het DNA en daarmee tot inactivatie van de cel.

http://www.fooddata.nl/Fooddata/content/co...=91&TopicID=200

Misschien een verklaring? Maar aan de andere kant:

De twee strengen, waaruit een DNA molecuul is opgebouwd, kunnen van elkaar worden gescheiden. Dit kan door een alkalibehandeling (pH groter dan 11) of door ze te verhitten (100°C). Door deze behandeling worden de waterstofbruggen tussen de basen verbroken.

Dit proces, waarbij een oplossing van enkelstrengs DNA ontstaat, wordt smelten of denatureren genoemd.

Als men deze oplossing langzaam laat afkoelen (65°C) of de pH verlaagt dan treedt er spontaan herstel op. De twee strengen vormen samen weer een dubbelstrengs DNA. Dit proces noemt men hybridisatie.

http://web.hasdb.nl/DienstenVoorBedrijven/.../5_bio_ger.html

Misschien te snel afgekoeld? Maar er zijn mensen op het forum die er veeeel meer vanaf weten dan ik, dus wacht ik daar maar even op.

biochemiefreak

Is dit een voorschrift van een isolatie Kit?

Wordt het DNA gebruikt voor realtime PCR?

Ik maakte gebruik van een vacuumcentrifuge bij een temperatuur van volgens mij 65 graden maar goed dat was RNA en geen DNA.

MVG Ron

Roy van Heesbeen

Ik doe het nooit verhitten, nadat ik alle ethanol heb afgepipetteerd, droog ik het met een vacuumpomp voor 10 á 15 minuten.

Was het pellet nog wit na het drogen, of kleurloos?

Astridje85_CF

biochemiefreak schreef:Is dit een voorschrift van een isolatie Kit?

Wordt het DNA gebruikt voor realtime PCR?

Ik maakte gebruik van een vacuumcentrifuge bij een temperatuur van volgens mij 65 graden maar goed dat was RNA en geen DNA.

MVG Ron

Niet van een kit, uit een artikel (Chen, W., Kuo, T., A simple and rapid method for the preparation of Gram-negative bacterial genomic DNA , Nucleic Acids Research, 1993, 21, p. 2260), met modificaties van onze afdeling (o.a. dus die 100°C)

DNA wordt niet gebruikt voor een realtime PCR, maar voor een DNA-DNA hybridisatie in microtiterplaten.

We hebben wel een vacuum-vac, maar vanwege tijdswinst kozen we voor de 100°C

Astridje85_CF

Roy van Heesbeen schreef:Ik doe het nooit verhitten, nadat ik alle ethanol heb afgepipetteerd, droog ik het met een vacuumpomp voor 10 á 15 minuten.

Was het pellet nog wit na het drogen, of kleurloos?

Dat deed ik dus in het begin ook, maar vanwege de tijdswinst ( 1 minuut bij 100°C)

hebben we hiervoor gekozen.

Het pellet is 9 van de 10 keer kleurloos.

Astridje85_CF

Ik heb de helft van mijn monsters behandeld met de vacuumcentrifuge en de andere helft 1 minuut bij 100 °C.

Het mocht helaas niet baten.

Wetenschapsforum

Laatste berichten

Nieuwsberichten

DNA bij 100°C

DNA bij 100

Re: DNA bij 100

Re: DNA bij 100

Re: DNA bij 100

Re: DNA bij 100

Re: DNA bij 100

Re: DNA bij 100