Primer Design

Moderator: ArcherBarry

Gesloten
Berichten: 740

Primer Design

Hallo allemaal,

Weet er iemand een goede bron (internet of literatuur) over hoe primer design in precies werkt (met behulp van computerprogramma's zoals bijvoorbeeld oligo of DNase)?

Alvast bedankt.

Berichten: 162

Re: Primer Design

Dit is totaal niet (meer) mijn vakgebied, maar gelukkig kan je met google ook boeken opzoeken:

Analysing Gene Expression, A Handbook of Methods: Possibilities and Pitfalls

geredigeerd door Stefan Lorkowski, Paul Cullen - Science - 2003 - 992 pagina"s

en een website: PCR PRIMER DESIGN AND REACTION OPTIMISATION

en nog een: Design of Primers for Automated Sequencing

ik weet niet zeker of dit exact is wat je bedoelt, maar hoop dat je er wat aan hebt...

Groentjes Ansje

Berichten: 740

Re: Primer Design

Ja, zoiets had ik ook al gevonden, ik ben eigelijk meer op zoek naar een snelle en makkelijke handleiding voor primer design programma's.

Berichten: 740

Re: Primer Design

Heeft biochemiefreak geen idee war ik meer info kan vinden? :lol:

Gebruikersavatar
Berichten: 2.330

Re: Primer Design

Ik zal eens wat gaan rong kijken deze dagen. Ik heb het afgelopen weekend te druk gehad. Ik was maar 10 minuten on-line dit weekend.

MvG Ron

Berichten: 740

Re: Primer Design

Mooi :lol:

Wat ik niet precies begrijp:

Je hebt een bepaalde sequentie, bij voor beeld, van bp -50 tot bp 200

Stel, je wilt het stuk tussen 0 en 150 hebben.

Waar zoek je dan precies de beste primer mbv bijv. oligo.

moet je dan een F-primer hebben die start bij ongeveer 0 en een R-primer die start bij ongeveer 150?

(verder houdt je dan nog rekening met de eisen van de primer zoals G-C gehalte Tm enz.)

Of is het niet zo simpel als ik nu opschrijf?

Gebruikersavatar
Berichten: 2.330

Re: Primer Design

Tm = 4(G + C) + 2(A + T)oC. is de formule kun je hier op vinden. MCB

Voor primer designs kun je ook bij invitrogen terecht.

Het is voor mij al een poosje geleden dat ik manueel primers heb gemaakt. Ik ben nu specieel analist en dan doe je dat werk niet meer.

Volgens mij moet je het gebied wat ruimer overlappen maar hoe dit precies zit moet ik ff uitzoeken.

MvG Ron

Berichten: 6

Re: Primer Design

1 ding

NCBI BLAST

<table border='0' align='left' cellpadding='3' cellspacing='0'><tr><td padding='0' celspacing='0' align='left'><font size='1'># Moderatoropmerking</font></td></tr><tr><td id='moderator'><font size='1'>biochemiefreak: Even op de datum van de laatste post kijken. Deze topic is al behoorlijk oud en Roy weet nu echt wel hoe je dit kunt doen.</font></td></tr></table>

<div class='postcolor'>

Gesloten