Primer Design
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 740
Primer Design
Hallo allemaal,
Weet er iemand een goede bron (internet of literatuur) over hoe primer design in precies werkt (met behulp van computerprogramma's zoals bijvoorbeeld oligo of DNase)?
Alvast bedankt.
Weet er iemand een goede bron (internet of literatuur) over hoe primer design in precies werkt (met behulp van computerprogramma's zoals bijvoorbeeld oligo of DNase)?
Alvast bedankt.
-
- Berichten: 162
Re: Primer Design
Dit is totaal niet (meer) mijn vakgebied, maar gelukkig kan je met google ook boeken opzoeken:
Analysing Gene Expression, A Handbook of Methods: Possibilities and Pitfalls
geredigeerd door Stefan Lorkowski, Paul Cullen - Science - 2003 - 992 pagina"s
en een website: PCR PRIMER DESIGN AND REACTION OPTIMISATION
en nog een: Design of Primers for Automated Sequencing
ik weet niet zeker of dit exact is wat je bedoelt, maar hoop dat je er wat aan hebt...
Groentjes Ansje
Analysing Gene Expression, A Handbook of Methods: Possibilities and Pitfalls
geredigeerd door Stefan Lorkowski, Paul Cullen - Science - 2003 - 992 pagina"s
en een website: PCR PRIMER DESIGN AND REACTION OPTIMISATION
en nog een: Design of Primers for Automated Sequencing
ik weet niet zeker of dit exact is wat je bedoelt, maar hoop dat je er wat aan hebt...
Groentjes Ansje
-
- Berichten: 740
Re: Primer Design
Ja, zoiets had ik ook al gevonden, ik ben eigelijk meer op zoek naar een snelle en makkelijke handleiding voor primer design programma's.
- Berichten: 2.330
Re: Primer Design
Ik zal eens wat gaan rong kijken deze dagen. Ik heb het afgelopen weekend te druk gehad. Ik was maar 10 minuten on-line dit weekend.
MvG Ron
MvG Ron
-
- Berichten: 740
Re: Primer Design
Mooi
Wat ik niet precies begrijp:
Je hebt een bepaalde sequentie, bij voor beeld, van bp -50 tot bp 200
Stel, je wilt het stuk tussen 0 en 150 hebben.
Waar zoek je dan precies de beste primer mbv bijv. oligo.
moet je dan een F-primer hebben die start bij ongeveer 0 en een R-primer die start bij ongeveer 150?
(verder houdt je dan nog rekening met de eisen van de primer zoals G-C gehalte Tm enz.)
Of is het niet zo simpel als ik nu opschrijf?
Wat ik niet precies begrijp:
Je hebt een bepaalde sequentie, bij voor beeld, van bp -50 tot bp 200
Stel, je wilt het stuk tussen 0 en 150 hebben.
Waar zoek je dan precies de beste primer mbv bijv. oligo.
moet je dan een F-primer hebben die start bij ongeveer 0 en een R-primer die start bij ongeveer 150?
(verder houdt je dan nog rekening met de eisen van de primer zoals G-C gehalte Tm enz.)
Of is het niet zo simpel als ik nu opschrijf?
- Berichten: 2.330
Re: Primer Design
Tm = 4(G + C) + 2(A + T)oC. is de formule kun je hier op vinden. MCB
Voor primer designs kun je ook bij invitrogen terecht.
Het is voor mij al een poosje geleden dat ik manueel primers heb gemaakt. Ik ben nu specieel analist en dan doe je dat werk niet meer.
Volgens mij moet je het gebied wat ruimer overlappen maar hoe dit precies zit moet ik ff uitzoeken.
MvG Ron
Voor primer designs kun je ook bij invitrogen terecht.
Het is voor mij al een poosje geleden dat ik manueel primers heb gemaakt. Ik ben nu specieel analist en dan doe je dat werk niet meer.
Volgens mij moet je het gebied wat ruimer overlappen maar hoe dit precies zit moet ik ff uitzoeken.
MvG Ron
-
- Berichten: 6
Re: Primer Design
1 ding
NCBI BLAST
<table border='0' align='left' cellpadding='3' cellspacing='0'><tr><td padding='0' celspacing='0' align='left'><font size='1'># Moderatoropmerking</font></td></tr><tr><td id='moderator'><font size='1'>biochemiefreak: Even op de datum van de laatste post kijken. Deze topic is al behoorlijk oud en Roy weet nu echt wel hoe je dit kunt doen.</font></td></tr></table>
<div class='postcolor'>
NCBI BLAST
<table border='0' align='left' cellpadding='3' cellspacing='0'><tr><td padding='0' celspacing='0' align='left'><font size='1'># Moderatoropmerking</font></td></tr><tr><td id='moderator'><font size='1'>biochemiefreak: Even op de datum van de laatste post kijken. Deze topic is al behoorlijk oud en Roy weet nu echt wel hoe je dit kunt doen.</font></td></tr></table>
<div class='postcolor'>