), kan ik eindelijk beginnen met het echte werk, namelijk mijn DNA-DNA hybridisatie.Ik doe de DNA-DNA hybridisatie in een speciale microtiterplaat waarop ik het referentie DNA (van een bekende stam) bind (de Nucleolink van Nalge Nunc).
Hierbij wordt dan gelabeld test DNA (van een onbekende stam) gedaan, dit wordt gehybridiseerd en m.b.v. fluorescentie wordt dan de hybridisatie gemeten.
Maar ter controle moet je ook de achtergrond hybridisatie meenemen.
Nu heb ik zelf de volgende ideeen:
- Je bind geen referentie DNA aan het welletje en doet er ook geen test DNA bij (als het goed is meet je dan geen fluorescentie)
- Je bind wel referentie DNA aan het welletje maar doet er geen test DNA bij (als het goed is moet je dan ook geen fluorescentie meten).
- Je bind geen referentie DNA maar doet er wel (gelabeld!) test DNA bij (maar dan kan het test DNA aan het welletje binden, ondanks dat er blocking reagens bij gedaan wordt, en kun je dus wel fluorescentie meten).
Wat is nu de beste methode? Ik neig zelf het meest naar de een van de eerste twee, maar kan dit niet goed onderbouwen waarom ik daarvoor kies.
Alvast bedankt!
