hallo,
wat heb ik? 30 genen met dezelfde transcriptie factor binding sites.
wat wil ik? diezelfde genen screenen op meer overeenkomsten in hun sequentie..
omdat er waarschijnlijk nog meer factoren aanwezig zijn die ik graag wil weten.
kent iemand een mogelijkheid of een programma wat me hierbij kan helpen? het gaat dus alleen over deze genen, ik heb dus niks aan grote databases als die van ncbi etc.
wie kan helpen?
thanks,
Tom
Laatste berichten
-
23:12
speciale rel. theorie 10
-
22:57
Straatklok loopt 5 minuten voor 11
-
22:57
wig 6
-
22:36
Gravity and gravitation 4
-
22:24
[scheikunde] vraag Chemie - wat is de oplossing? 10
-
19:47
Bruine vlekken op treinaanwijzerbord 10
-
19:44
Vogels in de stad zijn goede klussers 2
-
19:12
Rood laserlicht 3
-
17:30
Herleiden afmetingen vanaf een foto 21
-
16:34
[wiskunde] Prijs Product per KG; Alternatief Inzicht 3
-
13:57
do-re-mi-fa-so vliegtuigen 9
-
13:16
geen minkowski-ruimte toch? Doe ik dit nou fout? 17
-
13:12
[natuurkunde] kroon van koning op Syracuse 10
-
10:15
2013 – Augustus Vraag 3 3
-
24 apr
Vraag 2009 Juli Vraag 5 5
-
24 apr
positie 2
-
24 apr
Schroefdraad berekening 8
-
24 apr
[scheikunde] Kan chloorgas de geleiding van elektriciteit belemmeren? 9
-
23 apr
Weerfrustratie 9
-
23 apr
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 3
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
graven in genen
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 102
Re: graven in genen
Als je bijv. gen 1 met gen 2 wil vergelijken kan je gebruik maken van ClustalW
Je moet dan uiteraard je basevolgorde weten. Bij input moet je eraan denken dat je dit teken er voor zet: >
Bijv.
>gen 1
ATGCTATA
>gen 2
ATGCTATT
Je moet dan uiteraard je basevolgorde weten. Bij input moet je eraan denken dat je dit teken er voor zet: >
Bijv.
>gen 1
ATGCTATA
>gen 2
ATGCTATT
-
- Berichten: 6.853
Re: graven in genen
Wil je een "multiple sequence alignment" maken? Daarvoor zijn inderdaad verschillende programma's te krijgen. Je moet voor het beste resultaat er echter wel even je gedachten bijhouden: helemaal automatisch geeft een goed resultaat, maar niet noodzakelijkerwijze het beste resultaat. Zeker niet als je nog kleine extra stukjes informatie uit de literatuur hebt, bijvoorbeeld een zogenaamde alanine-scan.
-
- Berichten: 18
Re: graven in genen
he dank je broekhem, ik zal het eens uitpluizen!!!
maar voor de rest weet ik niet veel uit de literatuur... alleen dat er andere transcriptiefactoren een rol móeten spelen, het kan haast niet adners, het is mn doel ze te vinden, ik probeer het dus via deze weg... het is een beginnetje als ik de sequentie weet..
zijn er nog andere programmas bij jullie bekend? die ergens te downloaden of te gebruiken zijn?
thanks!
Tom
maar voor de rest weet ik niet veel uit de literatuur... alleen dat er andere transcriptiefactoren een rol móeten spelen, het kan haast niet adners, het is mn doel ze te vinden, ik probeer het dus via deze weg... het is een beginnetje als ik de sequentie weet..
zijn er nog andere programmas bij jullie bekend? die ergens te downloaden of te gebruiken zijn?
thanks!
Tom
-
- Berichten: 102
Re: graven in genen
generunner, hiermee kijk ik altijd naar de restrictieplaatsen. Het heeft meerdere functies (welke allemaal, geen idee), dus moet je maar eens kijken.
-
- Berichten: 740
Re: graven in genen
een beetje fatsoenlijk programma kost al snel een berg geld...
Downloaden lukt meestal ook niet.
Downloaden lukt meestal ook niet.
-
- Berichten: 18
Re: graven in genen
generunner, thanks! zal het proberen!
met clustalW kom ik volgens mij ook al best een eindje!
groeten
met clustalW kom ik volgens mij ook al best een eindje!
groeten
