Beste mensen,
Ik ben bezig met het ontwerpen van primers voor een positieve controle pcr, welke ik draai met 5 verschillende bacterien. Deze primers wil ik ontwerpen voor een housekeeping gene die in alle 5 voorkomt. Ik ben al een tijd aan het zoeken, maar ik kan maar geen gen vinden. Kan iemand mij helpen.
Bedankt
Laatste berichten
-
23:25
2013 – Augustus Vraag 3
-
23:07
Rood laserlicht 2
-
23:04
Bruine vlekken op treinaanwijzerbord 5
-
15:28
Vraag 2009 Juli Vraag 5 5
-
12:51
positie 2
-
10:44
Schroefdraad berekening 8
-
24 apr
[scheikunde] Kan chloorgas de geleiding van elektriciteit belemmeren? 9
-
23 apr
Weerfrustratie 9
-
23 apr
geen minkowski-ruimte toch? Doe ik dit nou fout? 15
-
23 apr
do-re-mi-fa-so vliegtuigen 7
-
23 apr
Kunnen quantum Zonnecellen 190% quantum efficiënt zijn 3
-
23 apr
De Euro Nederlandse 100 qubit computer komt eraan
-
23 apr
projectiel 8
-
23 apr
Verschil tussen deze 2 vragen 5
-
23 apr
[scheikunde] berekeningen labo vitamine c bepaling 1
-
22 apr
[wiskunde] rode en witte ballen verdelen 8
-
22 apr
Rotatie van het heelal 41
-
22 apr
Muntje opgooien 14
-
21 apr
Reactiviteit silyl enol ethers 1
-
21 apr
Criterium voor vochtretentie
Nieuwsberichten
-
04 mar
Een nieuw soort magnetisme: altermagnetisme
-
31 okt
AI kan via stem diabetes vaststellen 11
-
21 okt
Einstein krijgt wéér gelijk 45
-
07 feb
witter dan wit 20
-
19 jun
irrigatie en de aardas
housekeeping gene
Moderator: ArcherBarry
-
- Berichten: 2.330
Re: housekeeping gene
Ik heb even wat meer informatie nodig. Welke bacterie stammen heb je? Dan kunnen we wat gerichter zoeken.
MvG Ron
MvG Ron
-
- Berichten: 21
Re: housekeeping gene
Dit zijn de bacterien
MRSA
S. aureus
Legionella pneumophila
Klebsiella pneumoniae
Salmonella choleraesuis
MRSA
S. aureus
Legionella pneumophila
Klebsiella pneumoniae
Salmonella choleraesuis
-
- Berichten: 2.330
Re: housekeeping gene
MRSA is S. Aureus die meticilline-resistent is. Het huishoudgen voor deze stam is pta .
pta FP: AGAAGCAATCATTGATGGCGA RP: ACCTGGCGCTTTTTTCTCAG
Legionella pneumophila gevonden huishoudgenen.
acn, asd, rpoB
Klebsiella pneumoniae gevonden huishoudgenen
gyrA, mdh
Salmonella choleraesuis gevonden huishoudgenen
CD47/IAP, CXCL10 and SCARB2
Ik kom nergens dezelfde huishoud genen tegen misschien kun je een paar testen op homogenesis.
MvG Ron
pta FP: AGAAGCAATCATTGATGGCGA RP: ACCTGGCGCTTTTTTCTCAG
Legionella pneumophila gevonden huishoudgenen.
acn, asd, rpoB
Klebsiella pneumoniae gevonden huishoudgenen
gyrA, mdh
Salmonella choleraesuis gevonden huishoudgenen
CD47/IAP, CXCL10 and SCARB2
Ik kom nergens dezelfde huishoud genen tegen misschien kun je een paar testen op homogenesis.
MvG Ron
-
- Berichten: 21
Re: housekeeping gene
Bedankt
Maar ik zoek eigenlijk 1 gen welke in alle 5 voorkomt zodat 1 primerset afdoende is.
Maar ik zoek eigenlijk 1 gen welke in alle 5 voorkomt zodat 1 primerset afdoende is.
-
- Berichten: 740
Re: housekeeping gene
Mag het alleen positief zijn voor deze bacterien?
Dan wordt het vrij lastig...
Zelf denk ik dat het niet eens mogelijk is...
Je zal dan je product moeten sequencen.
Dan wordt het vrij lastig...
Zelf denk ik dat het niet eens mogelijk is...
Je zal dan je product moeten sequencen.
-
- Berichten: 21
Re: housekeeping gene
Nee, het hoeft niet alleen positief te zijn voor deze bacterien. Het gen mag ook in andere bacterien voorkomen. Als het maar in ieder geval in deze 5 voorkomt. Zodat aangetoond kan worden dat er opzich DNA in oplossing aanwezig is.
-
- Berichten: 740
Re: housekeeping gene
Voor identificatie van bacterien wordt altijd een deel van het rRNA gen gepakt.
Deze is voor elke soort anders maar kan wel met dezelfde primers worden geamplificceerd. Door het gevormde product te sequencen en te blasten kun je vervolgens de bacterie identificeren.
Deze is voor elke soort anders maar kan wel met dezelfde primers worden geamplificceerd. Door het gevormde product te sequencen en te blasten kun je vervolgens de bacterie identificeren.
-
- Berichten: 21
Re: housekeeping gene
Voor de positieve controle is het niet nodig om bacterien te identificeren. Ik moet alleen een primerset hebben welke in alle 5 bacterien een stuk dna kan amplificeren, zodat ik kan aantonen dat er dna aanwezig is.
-
- Berichten: 740
Re: housekeeping gene
Tja, dat moet je denk ik toch zelf uitzoeken door primers te maken voor genen die bij elke bacterie aanwezig zijn, dit zullen er vast een hoop zijn, maar de sequentie kan toch verschillen per stam.
Ik weet zo gauw geen site oid waar je dit kan vinden.
Ik weet zo gauw geen site oid waar je dit kan vinden.
