Wetenschapsforum

Oi,

Ik zal maar meteen met de deur in huis vallen; wij moeten met een aantal studenten een werkje maken over het kraken van de DNA-code van de populier (populus trichocarpa). Voor het technisch gedeelte, moesten we wat opzoekwerk verrichten.

Via een aantal artikels en websites hebben we ontdekt dat er een aantal stappen zijn gebruikt om uiteindelijk de genen van de boom te identificeren. Het genoom werd ontcijferd via shotgun sequencing. Gene annotation m.b.v. EST, homologisch gebaseerde methoden.

Nu snap ik de principes wel van de twee methoden, (shotgun; indelen in contigs enz... homologische methode; een bekomen sequentie vergelijken met reeds gekende en daaruit eventueel besluiten dat het om hetzelfde gen gaat,...) maar ik kan ze moeilijk in verband brengen.

Kan iemand uitleggen hoe EST precies werkt? En hoe ze via shotgunsequencing precies aan de A,T,G,C,C,G,... komen? (computer? merken?)

Ik heb wikipedia, enkele artikels (oa. van Science mag) gelezen maar het mechanisme wordt me gewoon niet duidelijk...