Ik heb hierbij het volgende gedaan:
- sample meten in SCAN mode voor de retentietijden en identificatie van de pieken m.b.v. bekende massaspectra
- sample meten in Product-SCAN: MS1 is ingesteld dat hij vooraf ingestelde pre-cursor ionen moet doorlaten, waarbij MS2 in scan mode staat om te kijken welke fragmenten dat specifieke pre-cursor ion geeft
- sample meten in MRM (multiple reaction monitoring, ook wel SRM genoemd): MS1 is ingesteld dat hij vooraf ingestelde pre-cursor ionen moet doorlaten, waarbij MS2 enkel de product-ionen doorlaat die vooraf zijn opgegeven
Bij de product-SCAN hebben we de vier meest zwaarste ionen gekozen die zijn verkregen tijdens SCAN-mode. Stel dat ik hieruit het volgende heb verkregen:
- 320 --> 224, 119, 112
- 318 --> 222, 117, 110
- 119 --> 109, 85, 45
- 117 --> 107, 83, 43
Daarvan heb ik het meest intense ion gekozen. Omdat 320 en 318 veel op elkaar leken, en ook 119 en 117 op elkaar leken, hebben ik gekozen voor 320 en 119 voor MRM. Oftewel:
- 320 --> 224
- 119 --> 109
Als ik dit meet in MRM dan krijg ik na Extract chromatogram 3 mooie pieken: de TIC piek en de twee MRM pieken.
Op welke manier kan ik nu de target ionen en de qualifier ionen bepalen? Als ik extract chromatogram doe in Agilent Masshunter, dan krijg ik bijvoorbeeld een TIC van 1 x 10^4, de MRM piek van 320 wordt dan 1x10^6, en de MRM piek van 119 wordt dan 1x10^5.
Let op al deze getallen zijn puur als voorbeeld. Iemand een idee hoe ik nu de target en de qualifiers kan vaststellen? Zijn de targets in dit geval gewoon 320 en 224 omdat deze piek het meest intens is na Extract chromatogram? En de qualifiers 119 en 109?
Ik hoor graag van iemand. Mijn begeleider is ziek, en voor de rest weet niemand op het lab iets van deze theorie. Maar graag zou ik verder willen
Boris.
