Onderzoekers hebben een nieuwe methode ontwikkeld om eiwitten met elkaar te vergelijken. Hierdoor kunnen biologen beter achterhalen wat de functie van een eiwit is. De methode is vrij beschikbaar als online applicatie.
Biologen vergelijken eiwitten om vanuit de structuur de functie van een eiwit te achterhalen. Eiwitmoleculen bestaan uit tientallen tot duizenden aminozuren die in complexe driedimensionale structuren in elkaar gevouwen zitten. Deze structuur bepaalt wat het eiwit doet. Om de functie van een onbekend eiwit te achterhalen, vergelijken biologen daarom vaak de structuur met dat van een bekend eiwit. Daarnaast zijn vergelijkingen ook bruikbaar in de evolutiebiologie: ze geven de evolutionaire relatie tussen eiwitten weer.
Omdat het correct vergelijken van eiwtten vanwege hun complexe structuur zo ingewikkeld is, gebruiken biologen computeralgoritmes om dit te doen. Maar over de te gebruiken methode zijn ze het nog altijd niet eens. ‘Er zijn veel criteria te bedenken zijn waarop je eiwitten kunt vergelijken, waardoor er veel verschillende methoden in omloop zijn, ‘. De methode van de onderzoekers is geen nieuw criterium, maar pakt alle criteria samen die eerder bedacht zijn, en berekent op basis daarvan de optimale oplossing.
De applicatie:
CSA
Wetenschappelijke publicatie:
Wohlers, Malod-Dognin, Andonov, Klau: CSA: comprehensive comparison of pairwise protein structure alignments
Bron:
CWI
